6. De beoordeling van het beroep
6.1 Het College overweegt allereerst dat de handelwijze aan de zijde van appellante, bestaande uit het herhalen van in een eerder stadium van de procedure ingebrachte argumenten, gevolgd door de constatering dat deze argumenten niet het beoogde effect hebben gesorteerd, niet kan worden aangemerkt als een steekhoudend argument tegen het bestreden besluit, waarbij overeenkomstig het advies van de meerderheid van de Commissie uitvoering op evenbedoelde argumenten is ingegaan. In het beroepschrift had appellante concreet dienen aan te geven en te onderbouwen waarom zij zich niet kon verenigen met de bij het bestreden besluit gegeven reactie op de ingebrachte bedenkingen. Het College ziet geen grond om hetgeen verweerder bij het bestreden besluit aangaande evenbedoelde bezwaren heeft overwogen en beslist onjuist te achten. Derhalve kan het beroep, in zoverre het de desbetreffende onderdelen van het bestreden besluit betreft, niet slagen.
6.2 De stelling van appellante dat het bestreden besluit onrechtmatig is omdat het onbevoegdelijk is genomen, treft geen doel. Het College overweegt in dit verband allereerst dat in beginsel geen rechtsregel zich ertegen verzet dat een bestuursorgaan een door hem genomen besluit (intrekt en) vervangt door een nieuw besluit. In het onderhavige geval is dat niet anders, waarbij het volgende in aanmerking wordt genomen.
Het bestreden besluit is vrijwel gelijkluidend aan het besluit van 16 mei 2000. Naar het oordeel van het College dient de wijziging van het besluit van 16 mei 2000 te worden aangemerkt als wijziging van geringe aard als bedoeld in artikel 6, tweede lid, van het Besluit. Gelet op artikel 12, derde lid, van het Besluit wordt een wijziging van geringe aard niet voorbereid met toepassing van afdeling 3.5 Awb, maar met toepassing van afdeling 4.1.2 van deze wet. Appellante heeft ter zitting van het College bevestigd dat de in het bestreden besluit doorgevoerde wijziging ten opzichte van het besluit van 16 mei 2000 een versterking betekent van de positie van proefdieren. Gelet hierop behoefde verweerder niet te verwachten dat appellante specifieke bedenkingen zou hebben tegen de voorgenomen wijziging, zodat op grond van artikel 4:8, eerste lid, Awb van het (opnieuw) horen van appellante kon worden afgezien. Mitsdien is de wijziging van het besluit van 16 mei 2000 op juiste wijze tot stand is gekomen.
6.3 Aangaande de stelling van appellante dat verweerder zich onvoldoende heeft verdiept in de aard en ernst van het dierenleed waarmee de vergunde dierproeven gepaard zullen gaan, overweegt het College dat de Commissie en vervolgens ook verweerder zich blijkens het bestreden besluit en de daaraan voorafgaande stukken van de gevolgen van het onderzoek voor de dieren rekenschap hebben gegeven en gemotiveerd hebben overwogen waarom deze argumenten niet tot weigering van de aangevraagde vergunning hebben geleid. Naar het oordeel van het College kan niet worden staande gehouden dat de totstandkoming of de inrichting van het bestreden besluit in dit opzicht gebreken vertoont. Evenmin kan worden staande gehouden dat verweerder, zich baserend op het advies van de Commissie en de daaraan ten grondslag liggende beweegredenen, niet in redelijkheid aan het belang dat het onderhavige onderzoek heeft voor de geneeskunde een overwegende betekenis heeft kunnen toekennen ten opzichte van de bezwaren van ethische aard, die het onderzoek heeft voor de betrokken proefdieren. Zoals het College eerder heeft beslist (zie de uitspraak van 16 januari 2001, AWB 99/553, te raadplegen op http://www.rechtspraak.nl onder LJN-nummer AA9525) is niet ieder bezwaar van ethische aard prohibitief voor het verlenen van een vergunning, doch moet er sprake zijn van doorslaggevende ethische bezwaren wil een vergunning kunnen worden geweigerd op grond van artikel 66, derde lid, Gwd.
6.4 Aangaande appellantes standpunt, inhoudende dat verweerder niet aannemelijk heeft gemaakt dat het achterwege laten van het vergunde onderzoek schadelijk is voor mens en maatschappij, oordeelt het College dat in het advies van de Commissie en het bestreden besluit voldoende is gemotiveerd dat het vergunde onderzoek van belang is voor patiënten die lijden aan FSHD. Reeds nu appellante voor haar andersluidende stelling geen argumenten heeft aangevoerd, kan deze stelling niet leiden tot gegrondverklaring van het beroep.
6.5 Naar het oordeel van het College falen ook de eerst ter zitting van het College voorgedragen grieven, inhoudende dat onvoldoende inzichtelijk is op welke wijze de aanvraag is getoetst, dat de status van het rapport van september 1996 onvoldoende duidelijk is, dat de Commissie ongemotiveerd van dit rapport is afgeweken en dat dit rapport onvoldoende is bekendgemaakt. In de eerste plaats omdat, zoals verweerder terecht heeft gesteld, het eerst ter zitting aanvoeren van nieuwe argumenten in strijd is met de beginselen van een goede procesorde. Ook afgezien daarvan treffen deze grieven geen doel. Uit de bijlage bij het bestreden besluit blijkt naar het oordeel van het College voldoende duidelijk hoe verweerder tot dit besluit is gekomen en welke criteria hij hierbij, in navolging van de Commissie, heeft gehanteerd. Naar het oordeel van het College zijn de Commissie en verweerder niet verplicht expliciet aan te geven welke rol het rapport van september 1996 in hun oordeelsvorming heeft gespeeld. Met betrekking tot eerdergenoemde grieven moet voorts in aanmerking worden genomen dat de secretaris van de Commissie ter zitting van het College onweersproken heeft verklaard dat tijdens eerdere hoorzittingen van de Commissie naar aanleiding van ontwerpbesluiten, waar ook appellante was vertegenwoordigd, het rapport is genoemd en dat de inhoud van dit rapport bij andere betrokkenen bekend bleek te zijn. Voorts is ter zitting van de zijde van appellante verklaard dat appellante op de hoogte was van de inhoud van het rapport, wat ook voor de hand ligt, omdat zij anders geen beroep had kunnen doen op de inhoud van het rapport.
6.6 Al het vorenstaande leidt tot de slotsom dat het beroep ongegrond dient te worden verklaard.
Het College acht geen termen aanwezig voor een proceskostenveroordeling met toepassing van artikel 8:75 Awb.