5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College stelt voorop dat verweerder het bezwaar van appellant terecht verschoonbaar te laat en op die grond ontvankelijk heeft verklaard.
5.2 In het Bhv wordt, anders dan in de regeling van hardheidsgevallen met betrekking tot pluimveerechten in Meststoffenwet, onderscheid gemaakt al naar gelang de hardheidscategorie waarop een melding betrekking heeft. Aangezien de door appellant vermelde uitspraak van het College van 18 maart 2004 betrekking heeft op de hardheidsregeling voor pluimveerechten, is deze voor de beoordeling van de onderhavige zaak niet van belang.
Vaststaat dat appellant zich na de inwerkingtreding van het Bhv voor de terzake geldende uiterste indieningsdatum (14 oktober 1998) uitsluitend heeft aangemeld voor hardheidscategorie 5. Pas in zijn aanvullend bezwaarschrift van 25 maart 2002 heeft appellant gesteld dat hij van mening is (tevens) te voldoen aan de voorwaarden voor de hardheidscategorieën 3 en 4. Daargelaten dat die stelling niet kan worden aangemerkt als een melding ingevolge het Bhv, heeft verweerder zich terecht op het standpunt gesteld dat zelfs indien dat anders zou zijn, deze te laat is gedaan. Dat, zoals appellant in beroep heeft aangevoerd, de reden van het achterwege laten van een melding voor andere hardheidscategorieën zou zijn gelegen in verweerders toenmalige uitleg van - artikel 9 van - het Bhv, acht het College niet aannemelijk. Ook voor toepassing van het hardheidsgeval waarvoor appellant zich wel heeft aangemeld is ingevolge artikel 16 Bhv immers van belang of sprake is van een milieuvergunning die aan daarbij gestelde voorwaarden voldoet, terwijl uit de in 1993 aan appellant verleende Wm-vergunning niet blijkt dat sprake is van een vergroting van het aantal fokzeugen. Kennelijk heeft dit appellant er niet van weerhouden zich voor dit hardheidsgeval aan te melden, zodat niet valt in te zien waarom dat met betrekking tot de hardheidsgevallen 3 en 4 anders zou zijn geweest. Ten overvloede wijst het College er op dat appellant op de in het bestreden besluit vermelde gronden niet voor toepassing van de hardheidscategorieën 3 en 4 in aanmerking had kunnen komen.
5.3 Niet in geschil is dat de aan appellant op 21 september 1993 verleende Wm-vergunning niet ziet op een groter aantal vergunde fokzeugen dan dat ingevolge de Hinderwetvergunning. Dat sprake zou zijn geweest van het van rechtswege vervallen van een deel van laatstgenoemde vergunning is door appellant niet aangetoond en acht het College gelet op het onweersproken aantal van 139 gehouden fokzeugen in 1992 - derhalve voor de verlening van de Wm-vergunning - ook niet aannemelijk.
Voorts heeft appellant verweerders stelling dat de beweerdelijke uitbreiding van het aantal fokzeugen niet gepaard is gegaan met een structurele afname van het aantal gehouden niet-fokzeugen, niet inhoudelijk weersproken. Derhalve is niet voldaan aan de voorwaarde van artikel 16, eerste lid, aanhef, Bhv dat het moet gaan om een vergroting van het aantal - te houden - fokzeugen "onder vermindering van het aantal andere varkens dan fokzeugen".
De stelling dat verweerder appellant in dit verband zou moeten houden aan zijn onjuiste opgaven overschotheffing 1995/1996 kan niet tot het door appellant gewenste resultaat leiden. In die aangiften, die - ruimschoots - na verlening van de Wm-vergunning zijn gedaan, zijn immers (vrijwel) uitsluitend opfokzeugen, derhalve niet-fokzeugen, vermeld, zodat de aangiften er niet op duiden dat die vergunning is aangevraagd/verleend ten behoeve van een vergroting van het aantal fokzeugen.
5.4 Het beroep op het vertrouwensbeginsel faalt. Weliswaar heeft verweerder appellant in december 2003 en op 2 februari 2004 ten onrechte bericht dat hij over voorwaardelijke varkensrechten ingevolge het Bhv zou beschikken, maar gelet op de uitdrukkelijke afwijzing van de Bhv-melding op 15 maart 2000 heeft appellant hieraan niet het gerechtvaardigd vertrouwen kunnen ontlenen dat die berichten juist zouden zijn.
Hierbij komt dat verweerder de onjuiste mededelingen kort nadien heeft hersteld en gesteld noch gebleken is dat appellant door die mededelingen in een nadeliger positie is komen te verkeren.
5.5 Het beroep is gelet op het vorenstaande ongegrond.
5.6 Ten overvloede merkt het College op dat gelet op de omstandigheden van het geval niet valt uit te sluiten dat appellant bij de aangifte overschotheffing die aan de berekening van zijn varkensrechten op grond van de Whv ten grondslag ligt, een fout heeft gemaakt.
Gelet op de terzake door verweerders gemachtigde ter zitting gemaakte opmerking, gaat het College ervan uit dat verweerder, aan de hand van de in zijn bezit zijnde gegevens van appellant, na zal gaan of hiervan sprake is en zo nodig tot een andere berekening van die varkensrechten zal overgaan.
5.7 Het College ziet geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling op de voet van artikel 8:75 Awb.