5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het College stelt voorop dat verweerder niet heeft betwist dat appellante het bestreden besluit pas op 11 januari 2006 heeft ontvangen en concludeert dat het op die datum ontvangen beroepschrift zo spoedig als redelijkerwijs van appellante mag worden verwacht, is ingediend. Derhalve is de termijnoverschrijding ingevolge artikel 6:11 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) verschoonbaar en het beroep ontvankelijk.
5.2 Het geschil spitst zich toe op de vraag of verweerder zich terecht op het standpunt stelt dat het bedrijf van appellante niet kan worden aangemerkt als "het desbetreffende bedrijf" in de zin van artikel 9, eerste lid, aanhef, Bhv, waarvoor in de relevante periode een milieuvergunning in de zin van dat artikellid is verleend.
5.3 Het College beantwoordt die vraag bevestigend en overweegt daartoe als volgt.
5.4 Vaststaat dat in het onderhavige geval na 1992 en voor 10 juli 1997 een milieuvergunning is verleend aan B (waarvoor het College leest: B, directeur van appellante), doch tevens dat die vergunning is aangewend door D die inmiddels de grond waarop de varkensinrichting kon worden gerealiseerd van appellante had gekocht. Met verweerder concludeert het College dat de ten tijde van de verkrijging van de milieuvergunning aanwezige relatie tussen de aan de landbouwgrond van appellante verbonden mestproductierechten en die vergunning, door de overdracht aan D in beginsel is verbroken.
5.5 Dit lijdt uitzondering indien op grond van de feiten en omstandigheden vast zou staan dat appellante voor 10 juli 1997 als de feitelijke houder van (een deel van de) varkens in de inrichting van D kan worden aangemerkt.
Gelet op het AID-rapport heeft verweerder op goede gronden beslist dat dit niet het geval is. Vaststaat dat D eigenaar is van zowel de inrichting (de stallen) als de varkens en dat hij in ieder geval over de maanden juni tot en met augustus 1997 het loon van H, die feitelijk met de verzorging van de varkens was belast, rechtstreeks aan deze werknemer heeft betaald. Voorts heeft B aan H meegedeeld dat deze in een akkerbouwconstructie zou (gaan) werken. H heeft bovendien verklaard dat hij eventuele problemen niet besprak met B, die volgens hem geen verstand had van varkens, maar met D. Gelet op de hiervoor in § 2.1 vermelde memo van mr. G van WEA was voorts tussen D en appellante afgesproken dat de brutosalariskosten van de werknemer door D aan appellante zouden worden voldaan.
De loonkosten van de latere werknemer J, die heeft verklaard D als zijn feitelijke werkgever te zien, zijn blijkens het AID-rapport door appellante aan D doorberekend, terwijl D ten behoeve van deze werknemer loonkostensubsidie heeft ontvangen.
5.6 Naar het oordeel van het College is op grond van het vorenstaande de conclusie gerechtvaardigd dat de werknemers die zich - onder meer - met de verzorging van de varkens in de door appellante gepachte stal(de)len bezighielden feitelijk niet voor appellante, maar voor D werk(t)en. Overigens is gesteld noch gebleken dat appellante, afgezien van haar formele betrokkenheid middels de pacht- en verzorgingsovereenkomsten, feitelijk enige bemoeienis had met de varkenshouderij.
Van de door haar in dit verband gestelde werkzaamheden is, behoudens incidentele activiteiten van K waarover H heeft verklaard, niet gebleken.
Voorts acht het College in dit verband van belang dat het bijhouden van veesaldokaarten evenmin door appellante, maar door D werd verricht.
5.7 Reeds op grond van het vorenstaande kan appellante - voor noch na 10 juli 1997 - niet als de feitelijk houder van die varkens worden aangemerkt, zodat de band tussen haar mestproductierechten en de (investering in de) onderhavige varkensstal na de verkoop aan D niet is hersteld.
5.8 Hierbij komt dat gelet op voormelde memo van G/WEA was afgesproken dat D aan appellante een maandelijkse vergoeding van f 1204,- zou betalen en dat de afrekeningen over 1997/1998 er blijkens het AID-rapport op neerkwamen dat appellante per jaar f 14.450,- van D heeft ontvangen. Gelet op het hiervoor overwogene hebben deze betalingen geen betrekking op verzorging van varkens door appellante (na eventuele aftrek van de door haar verschuldigde pachtgelden).
Mede gelet op het beroep van de (voormalige) medepachter van appellante, I, waarop het College eveneens bij uitspraak van heden heeft beslist, heeft verweerder - in navolging van de AID - aan de hoogte van die vergoeding in verbinding met de bij I aangetroffen nadere overeenkomst met D, het gerechtvaardigd vermoeden mogen ontlenen dat (slechts) sprake is van een door D - ook - aan appellante betaalde vaste vergoeding voor haar landbouwgrond (85 hectare).
5.9 Het beroep op het vertrouwensbeginsel faalt. Dat beginsel staat er immers in zijn algemeenheid niet aan in de weg dat een bestuursorgaan, indien het op grond van nadere informatie tot de conclusie komt dat niet is voldaan aan de voorwaarden, die in de toepasselijke regelgeving aan een gebonden, begunstigende beschikking worden gesteld, die beschikking ongedaan maakt, ondanks daaraan inmiddels verbonden formele rechtskracht. Ten tijde van de aanvankelijke registratie van varkensrechten voor het bedrijf van appellante, op 24 mei 2000, had het AID-onderzoek nog niet plaatsgevonden, zodat verweerder reeds om die reden niet met de daarop gebaseerde bevindingen bekend was.
Pas door het AID-onderzoek en -rapport is verweerder op de hoogte gekomen van de wijze waarop appellante haar formele samenwerking met D feitelijk vorm heeft gegeven. Gesteld noch gebleken is dat appellante verweerder(s uitvoerende instantie Bureau Heffingen) ten tijde van haar melding voor hardheidsgeval 3 over de feitelijke werkwijze - spontaan - informatie heeft verschaft en/of vragen terzake de interpretatie daarvan heeft gesteld. Juist nu de wijze waarop appellante haar samenwerking met D vorm heeft gegeven niet op voorhand maakte dat zij als feitelijk varkenshouder kon worden aangemerkt, had een dergelijke handelwijze wel in de rede gelegen.
Aangezien appellante heeft nagelaten bij haar Bhv-melding inzicht te verschaffen met betrekking tot de feitelijke gang van zaken en verweerder daarvan pas na de aanvankelijke registratie op de hoogte is gekomen, dient haar beroep op het vertrouwensbeginsel te worden verworpen.
5.10 Het beroep van appellante is derhalve ongegrond.
5.11 Het College ziet geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling op de voet van artikel 8:75 Awb.
6. De beslissing
Het College verklaart het beroep ongegrond.