5. De beoordeling van het geschil
5.1 Vaststaat dat de aanvraag voor een nieuwe milieuvergunning van appellante niet is ingediend voor 10 juli 1997, zoals vereist op grond van (artikel 13 juncto) artikel 9, eerste lid, Bhv. Verweerder was derhalve in beginsel gehouden het verzoek van appellante haar in aanmerking te brengen voor een (mede) in dat artikel geregeld hardheidsgeval, af te wijzen.
5.2 Anders dan appellante stelt behoefde verweerder naar het oordeel van het College in het vonnis van de economische politierechter te Zutphen van 16 oktober 2006, ook al is dat vonnis in kracht van gewijsde gegaan, in dit geval geen aanleiding te vinden van het bepaalde in de Bhv af te wijken. Allereerst wijst het College er in navolging van verweerder op dat de economisch politierechter in zijn vonnis geen oordeel heeft gegeven over het tijdstip waarop appellante geacht zou moeten worden een nieuwe aanvraag voor een milieuvergunning te hebben gedaan, waaraan wordt toegevoegd dat dit in het kader van de strafprocedure ook niet de taak was van die rechter.
Op grond van vaste jurisprudentie van het College (o.m. uitspraak van 13 januari 2004, AWB 03/91, www. rechtspraak.nl, AO2300) zou van een rechtsplicht van verweerder om van het Bhv af te wijken slechts sprake kunnen zijn indien de hier aan de orde zijnde situatie door de Besluitgever niet is voorzien en deze - wanneer dat wel het geval zou zijn geweest - onmiskenbaar in artikel 9 (en volgende) van het Bhv zou zijn opgenomen. Hiervan is naar het oordeel van het College geen sprake, waartoe als volgt wordt overwogen.
5.2 Uit de hiervoor onder 2.2 weergegeven feiten en omstandigheden blijkt dat appellante op 14 februari 1997 aanmerkelijk meer vleesvarkens op haar bedrijf hield dan haar op grond van de toenmalige milieuvergunning was toegestaan en dat zij haar stallen destijds al had aangepast om meer varkens te kunnen huisvesten. Voorts blijkt daaruit dat pas naar aanleiding van de controle correspondentie tussen de gemeente C en de Stichting Vernieuwing E op gang is gekomen.
Het College leidt hieruit af dat appellante pas naar aanleiding van de op haar bedrijf gehouden (milieu)controle tot het voornemen is gekomen de reeds door haar gerealiseerde uitbreiding van het aantal varkens op haar bedrijf te legaliseren en overweegt dat dit een omstandigheid is, die voor haar rekening en risico komt. Dat de gemeente C het vervolgens, naar het College aanneemt overigens mede in het belang van appellante, wenselijk achtte voordat een definitieve aanvraag voor een milieuvergunning zou worden ingediend een preadvies van genoemde stichting te ontvangen, kan onder de gegeven omstandigheden niet leiden tot de slotsom dat de correspondentie tussen de gemeente en genoemde stichting op een lijn zou moeten worden gesteld met een tijdig aangevraagde milieuvergunning. Ten overvloede merkt het College in dit verband nog op dat uit die correspondentie blijkt dat destijds nog niet duidelijk was hoeveel extra ammoniakrechten appellante met het oog op de door haar gewenste legalisatie van de bestaande situatie diende aan te kopen, terwijl de uiteindelijke vergunningaanvraag betrekking had op een geringer aantal varkens dan ten tijde van de controle op het bedrijf is geconstateerd. Derhalve is aannemelijk dat voor 10 juli 1997 nog niet (voldoende) duidelijk was hoe de aanvraag zou komen te luiden en kan ook om die reden van het op een lijn stellen met een vergunningaanvraag naar het oordeel van het College geen sprake zijn.
5.3 Hierbij komt dat, zoals hiervoor al overwogen en ook door verweerder in het bestreden besluit is opgemerkt, de uiteindelijk door appellante ingediende aanvraag voor een nieuwe milieuvergunning niet zag op een vergroting van het aantal op het bedrijf aanwezige varkens. Evenmin blijkt uit de feiten en omstandigheden van het geval dat die vergunningaanvraag zag op een vergroting van het aantal varkens, onder gelijktijdige vermindering van het aantal andere dieren dan varkens. Ook om die redenen voldoet appellante niet aan de voorwaarden voor toepassing van de artikelen 9 en 13 Bhv.
5.4 Het beroep is derhalve ongegrond. Het College ziet geen aanleiding voor een proceskostenveroordeling.