5. De beoordeling van het geschil
5.1 In geschil is of het besluit van verweerder waarbij aan appellant een heffing op grond van de Verordening is opgelegd, in rechte stand kan houden.
5.2 Het College stelt vast dat de onderhavige heffingsnota op 24 augustus 2007 is opgelegd, nadat de Verordening op 5 augustus 2007 in werking was getreden. In artikel 5 van de Verordening is bepaald dat deze terugwerkt tot 1 januari 2006, maar uit de vermelding van het jaar 2004 en de verwijzing naar de peildatum van 1 november 2004 in de artikelen 2 en 3 van de Verordening komt naar voren dat met de Verordening is beoogd verder terug te grijpen.
Het College begrijpt deze bepalingen aldus, dat de relevante heffingsplichtige activiteit als bedoeld in artikel 2 is het drijven van een onderneming in het kalenderjaar 2004. Ingevolge artikel 3 is beoogd een heffing op te leggen over de omvang van de op 1 november 2004 gehouden veestapel. Nu de Verordening na haar inwerkingtreding op 3 augustus 2007 rechtsgevolg verbindt aan feiten die zich in 2004 voorafgaand aan de inwerkingtreding hebben voorgedaan, betekent dit dat de Verordening terugwerkt tot 2004.
5.3 Het College volgt appellant in zijn betoog dat hij er in 2004 niet op bedacht was of moest zijn dat hij ingevolge een nader vast te stellen Verordening een bijdrage aan het Veeziektenfonds verschuldigd zou raken. Het College overweegt hiertoe dat volgens de afspraken van het toen geldende Convenant de slacht of de uitvoer van de schapen en/of geiten werd beheven. Pas bij het sluiten van het nieuwe Convenant op 2 februari 2005 voor de periode 2005 tot en met 2009 is afgesproken dat voortaan de houders van de voor besmettelijke dierziekten vatbare dieren de kosten verband houdend met de bestrijding van die dierziekten (direct) zouden dragen. In het ontwerp van de Verordening, gepubliceerd op 23 september 2005, is aan dit voornemen tot wijziging van de heffingssystematiek uitvoering gegeven. Desgevraagd heeft verweerder niet kunnen aangeven dat de wijziging in de heffingsplicht en de uitwerking ervan in de Verordening eerder dan in september 2005 ter gelegenheid van de publicatie van het ontwerp van de Verordening aan de bedrijfsgenoten kenbaar is gemaakt.
De vraag rijst of inbreuk op het vertrouwen dat appellant had dat hij niet achteraf zou worden verrast door andere heffingsmaatregelen die met terugwerkende kracht zijn onderneming zouden belasten, gerechtvaardigd was.
5.4 Verweerder noemt als bijzondere omstandigheid die de terugwerkende kracht zou rechtvaardigen, de noodzaak te beschikken over betrouwbare I&R gegevens, die slechts konden worden ontleend aan de novembertelling 2004. Uit een oogpunt van kostenbesparing was het opzetten van een nieuw systeem van controle van diergegevens geen optie. De goedkeuringsprocedure bij de Commissie en de noodzaak van tussentijdse verhoging van de tarieven leidden echter tot niet voorzienbare vertraging van de inwerkingtreding van de Verordening tot in 2007.
Hetgeen verweerder heeft aangevoerd vormt geen rechtvaardiging dat bij het ontwerp van 23 september 2005 en bij de vaststelling van de Verordening op 26 oktober 2005, voor de omvang van de veestapel niet is gerefereerd aan de I&R gegevens van de novembertelling van 2005, met gelijktijdige algemene bekendmaking daarvan. Immers, verweerder heeft niet gesteld, en zonder meer valt ook niet in te zien, dat de heffingsoplegging die verweerder aanvankelijk had voorzien voor de eerste helft van 2006, niet met een aantal maanden had kunnen worden uitgesteld indien bedoelde I&R gegevens in het voorjaar 2006 nog niet volledig zouden zijn uitgewerkt. Bovendien hield verweerders voornemen om reeds in de eerste helft van 2006 de heffingen op te leggen, geen rekening met de rechtens vereiste en aldus voorzienbare aanmelding aan, en het onderzoek door, de Europese Commissie, waarvan de goedkeuring door de minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit afhankelijk was.
5.5 Het vorenoverwogene leidt tot de slotsom dat toepassing van de artikelen 2 en 3 van de Verordening strijd oplevert met het beginsel der rechtszekerheid. Verweerder heeft bij het bestreden besluit de nota van 24 augustus 2007 dan ook ten onrechte gehandhaafd.
5.6 Het College ziet aanleiding om verweerder op te dragen het betaalde griffierecht aan appellant te vergoeden.
5.7 Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.