5. De beoordeling van het geschil
5.1 Thans is nog in geschil is of de besluiten van verweerder, waarbij aan appellante naheffingen over de jaren 2001-2005 op grond van de in paragraaf 2.1 genoemde handelsverordeningen zijn opgelegd, in rechte stand kunnen houden.
5.2 Appellante heeft aangevoerd dat zij geen handel drijft in de zin van de onderhavige handelsverordeningen en dat haar vanwege het ontbreken van een heffingsplicht geen naheffingen hadden mogen worden opgelegd. Appellante onderbouwt deze stelling met het argument dat zij uitsluitend tomaten aan- en verkoopt die zijn geteeld door een bedrijf dat deel uitmaakt van hetzelfde concern, zodat geen sprake is van handel in de zin van de beide verordeningen.
Het College stelt vast dat appellante blijkens het verslag van verweerder van 11 oktober 2006, dat is opgemaakt naar aanleiding van de bedrijfscontrole bij appellante, in de periode in geding cherrytomaten aankocht van het teeltbedrijf C, een bedrijf dat niet is gelieerd aan het concern waartoe appellante behoort. Op enig moment in 2005 is die relatie verbroken en is appellante de producten van B, een 100% dochteronderneming, gaan afnemen.
De stelling van appellante, dat in de periode 2001-2005 louter intra-concern transacties plaatsvonden, faalt derhalve reeds bij gebrek aan feitelijke grondslag. Het betoog over het ontbreken van de heffingsplicht kan reeds hierom niet slagen.
Appellante heeft niet bestreden dat de aan- en verkoop transacties met B in de boeken van appellante staan geregistreerd als reguliere aan- en verkopen van producten. De aan- en verkoop van tomaten is een handelsactiviteit die valt binnen de reikwijdte van de beide handelsverordeningen. Nu het bovendien niet gaat om transacties rechtstreeks met consumenten, is sprake van handelstransacties die voldoen aan de definitiebepalingen van de beide verordeningen. Mitsdien is appellante als onderneming waarin de handel in deze producten wordt uitgeoefend, ook voorzover het aankopen van B betreft, terecht als heffingsplichtig aangemerkt.
Daaraan doet niet af dat een onderneming als B, waarvan appellante de producten thans kennelijk in hoofdzaak betrekt, zakelijk is verbonden met appellante. Deze onderneming is uit eigen hoofde op grond van de teeltactiviteiten onderworpen aan de heffingsplicht op grond van de teeltverordeningen. Verweerder is ingesteld voor ondernemingen op het gebied van de teelt, de be- en verwerking van en de handel in fruit, groenten en siergewassen en legt de heffingen als bedoeld in artikel 126, eerste lid, Wbo op naar een grondslag die het bestuur passend acht. Kennelijk voorziet de heffingssystematiek in de oplegging van heffingen aan alle ondernemingen die van de activiteiten van verweerder kunnen profiteren en verschilt de heffing per afzonderlijke activiteit in de productieketen, zodat ondernemingen waarin de producten worden geteeld evenals ondernemingen waarin deze worden verhandeld, beide heffingsplichtig zijn. Aldus is geen sprake van dubbele heffing op dezelfde activiteiten. De beslissing van appellante, om de activiteiten van de uiteenlopende in de sector werkzame ondernemingen zakelijk te bundelen, is een ondernemingsbeslissing die niet kan leiden tot onverbindendverklaring van de handelsverordeningen op de grond dat sprake is van een willekeurige heffingsplicht.
5.3 Met betrekking tot het betoog van appellante dat, naar het College begrijpt, ziet op de schending van de opschortingsverplichting van artikel 88, derde lid, laatste volzin EG (thans artikel 108 VWEU), overweegt het College het volgende.
Tussen partijen is niet in geschil dat de algemene verordening terecht niet bij de Commissie ter goedkeuring als steunmaatregel is aangemeld, omdat met de opbrengst van de heffingsgelden slechts de apparaatskosten van verweerder worden betaald en deze niet worden besteed aan steunmaatregelen in de zin van artikel 87 EG (thans artikel 107 VWEU).
Appellante stelt dat de algemene verordening vanwege de financiële koppeling met de verordening bestemmingsheffing niettemin als steunmaatregel moet worden gekenmerkt, omdat laatstgenoemde verordening wel als steunmaatregel is aangemeld en de algemene verordening daarvan niet los kan worden gezien.
Blijkens jurisprudentie van het Hof van Justitie (zie de arresten van 13 januari 2005, Streekgewest Westelijk Noord-Brabant, C-174/02, Jur. 2005, blz. I-85, punt 26 en Pape, C-175/02, Jur. 2005, blz. I-127, punt 15) moet, om een heffing als een integrerend onderdeel van een steunmaatregel aan te kunnen merken, krachtens de relevante nationale regeling noodzakelijkerwijs een dwingend bestemmingsverband bestaan tussen de heffing en de steun, in die zin dat de opbrengst van de heffing noodzakelijkerwijs voor de financiering van de steun wordt bestemd.
Naar het oordeel van het College heeft appellante onvoldoende aannemelijk gemaakt dat zodanig bestemmingsverband tussen de algemene verordening en de uit de verordening bestemmingsheffing gefinancierde steunmaatregelen bestaat. De doelstelling van de verordening bestemmingsheffing is om activiteiten te financieren die liggen op het terrein van controle, promotie, onderzoek en verbetering van het milieu in de groenten- en fruitsector, waar tegenover staat dat de opbrengsten van de heffingen van de algemene verordening aan de huishoudelijke uitgaven van verweerder worden besteed. De beide verordeningen dienen verschillende doelen en als er al een financiële relatie is, hetgeen verweerder overigens uitdrukkelijk betwist, is deze, zoals appellante zelf al aangeeft, slechts indirect. Er is geen concrete aanwijzing dat de omvang van de steunmaatregelen rechtstreeks wordt beïnvloed door de heffingsopbrengst van de algemene verordening en omgekeerd. Een rechtstreekse wisselwerking tussen de hoogte van het budget en de omvang van de steunuitgaven ontbreekt.
Onder deze omstandigheden kan niet worden gezegd dat de algemene verordening een integrerend onderdeel uitmaakt van de in de verordening bestemmingsheffing vervatte steunmaatregelen. Bijgevolg valt de algemene verordening buiten de werkingssfeer van de europeesrechtelijke bepalingen betreffende staatssteun.
5.4 Appellante heeft niet aannemelijk gemaakt dat de oorspronkelijk voor de onderhavige steunregeling voorziene middelen, opgebracht door de heffing op grond van de verordening bestemmingsheffing, zoals goedgekeurd door de Commissie bij beschikking van de Commissie van 13 januari 2000 (N131/99), gedurende de jaren 2001 tot en met 2005 met meer dan 20% zijn overschreden. Bij goedkeuringsbeschikking van 12 april 2006 (N438/2005) heeft de Commissie enkele nieuw aangemelde wijzigingen in de steunmaatregelen in de groenten- en fruitsector goedgekeurd, ondermeer inhoudende een verhoging van het maximale budget tot 20 miljoen euro. Uit de tekst van de goedkeuringsbeschikking van 12 april 2006 (N438/2005) volgt, dat bij die gelegenheid ook de eerder goedgekeurde steunmaatregel NN131/99 is onderzocht, wat heeft geleid tot de conclusie van de Commissie dat aan alle voorschriften inzake staatssteun is voldaan. De goedkeuringsbeschikking biedt derhalve geen steun aan de stelling van appellante, dat door verweerder is gehandeld in strijd met artikel 4, eerste lid, van Verordening (EG) 794/2004 van de Commissie van 21 april 2004 tot uitvoering van Verordening (EG) nr. 659/1999, doordat zou zijn verzuimd substantiële verhogingen bij de Commissie aan te melden.
Voorzover het betoog van appellante inzake de overschrijding van het budget is gebaseerd op de stelling dat de opbrengst uit de algemene verordening wordt aangewend ten behoeve van de staatssteunmaatregelen die worden gefinancierd uit de verordening bestemmingsheffing, stelt het College vast dat de stukken hiervoor geen aanknopingspunten bieden. Integendeel, blijkens punt 2.1 van de Toelichting bij de verordening bestemmingsheffing 2005 dient 18% - dit percentage verschilt jaarlijks - van de opbrengst van de bestemmingsheffing als bijdrage in de organisatiekosten ten behoeve van de steunuitgaven, wat het zelfstandige karakter van dit budget onderstreept. Voor een verkapte verhoging van het budget uit de middelen van de algemene verordening is geen aanwijzing.
5.5 De grief van appellante dat de verordeningen van verweerder onverbindend zijn, omdat zij slechts zijn goedgekeurd door de Minister van LNV, slaagt niet. Het College verwijst hiertoe naar het bij de reparatiewet aan de Wbo toegevoegde artikel 128a, alsmede naar hetgeen ten aanzien van de terugwerkende kracht van de reparatiewet door het College is overwogen in de beschikking van 4 juni 2008 (LJN: BD4081). In het betoog van appellante ziet het college geen nieuwe gezichtspunten die aanleiding zouden zijn voor een heroverweging. Hieruit volgt dat het College blijft bij zijn oordeel dat de verordeningen op dit punt niet onverbindend zijn.
Dat verweerder in strijd zou hebben gehandeld met de Code Goed Bestuur is, gelet op hetgeen verweerder daartegen heeft ingebracht in het aanvullend verweerschrift van 16 februari 2009, niet komen vast te staan, nog daargelaten of dit enige consequentie zou hebben voor wat betreft de rechtsgeldigheid van de opgelegde nota’s. Dit geldt evenzeer ten aanzien van appellantes stelling dat de heffingen in strijd zijn met de aanbestedingsrichtlijnen, de Communautaire richtsnoeren voor staatssteun in de landbouwsector en de Communautaire richtsnoeren inzake staatssteun voor reclame.
5.6 Appellante stelt dat het in de algemene verordening neergelegde heffingensysteem in strijd is met het discriminatieverbod van artikel 90 EG (thans artikel 110 VWEU), omdat de opbrengst - de heffing wordt berekend over factuurbedragen van door appellante in Nederland en in het buitenland aangekochte producten - deels wordt aangewend ter financiering van de organisatiekosten van de met de verordening bestemmingsheffing beoogde activiteiten en aldus uitsluitend het nationale product ten goede komt.
Dit betoog faalt, reeds omdat ieder bewijs ontbreekt voor de door appellante veronderstelde financiële koppeling tussen beide heffingsverordeningen. Van de opbrengst van de heffing op grond van de verordening bestemmingsheffing - die uitsluitend de handel van in Nederland geteelde groenten- en fruitproducten betreft - is een bepaald percentage (18% in 2005) geoormerkt om te worden aangewend ten behoeve van de organisatie van de uitgaven van de steunmaatregelen. Dat de algemene verordening een extra bron van financiering vormt, is niet gebleken.
5.7 Uit het vorenstaande volgt dat het beroep ongegrond moet worden verklaard.
5.8 Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.