2. De beoordeling van het geschil
2.1 Ingevolge artikel 72n (oud) van de Wet bedraagt, voor zover hier van belang, de subsidie ter stimulering van de milieukwaliteit van de elektriciteitsproductiesector (Mep-subsidie) het product van de vermenigvuldiging van een vast bedrag per kWh met het aantal kWh dat correspondeert met het aantal aan de producent in de voor subsidie in aanmerking komende periode uitgegeven certificaten voor elektriciteit opgewekt door warmtekrachtkoppeling, die aantonen dat de producent met zijn productie-installatie een hoeveelheid elektriciteit heeft opgewekt en op een Nederlands net of een Nederlandse installatie heeft ingevoed.
2.2 In het besluit van 5 december 2008 is de subsidie voor het jaar 2004 op nihil vastgesteld. Ter zitting is gebleken dat het geschil zich thans beperkt tot de maanden juli tot en met december 2004.
In het bestreden besluit heeft verweerder overwogen dat hij geen subsidie kan vaststellen wanneer geen certificaten zijn uitgegeven. De uitgifte van certificaten en de verstrekking van subsidie zijn twee aparte bevoegdheden. De bevoegdheid tot de uitgifte van certificaten is nog steeds voorbehouden aan TenneT. Op het moment van de beslissing op bezwaar had TenneT nog niet beslist op het verzoek om certificaten uit te geven voor de in geding zijnde periode, aldus verweerder. Verweerder is niet bereid de beslissing op bezwaar over de subsidievaststelling aan te houden totdat op het verzoek om afgifte van certificaten is beslist en houdt vast aan een strikte naleving van de hem gestelde termijnen. Ten slotte zegt verweerder in het bestreden besluit toe dat, indien alsnog certificaten worden verstrekt, hij dit zal bezien als een nieuw gebleken feit of veranderde omstandigheid in de zin van artikel 4:6 van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb).
2.3 Appellante heeft, samengevat, aangevoerd dat verweerder bij de vaststelling van de subsidie dient te bezien of, en zo ja, in hoeverre certificaten kunnen worden uitgeboekt. Verweerder is daarbij niet afhankelijk van beslissingen van TenneT. De beslissing over de certificaten berust niet op een publiekrechtelijke bevoegdheid en is derhalve geen besluit in de zin van artikel 1:3 Awb en zo al wordt aangenomen dat sprake is van een besluit, dan betreft het een voorbereidingshandeling in de zin van artikel 6:3 Awb. Verweerder is bij uitstek bevoegd om te beslissen omtrent de vaststelling van de subsidie en dus ook over de vraag of certificaten kunnen worden uitgeboekt. Verweerder heeft ten onrechte niet het verzoek van appellante ingewilligd om de beslissing op bezwaar aan te houden totdat TenneT de certificaten daadwerkelijk heeft uitgeboekt.
2.4 Het College heeft in de uitspraak van heden (AWB 08/1027) in de zaak van appellante over de weigering van de certificaten over 2005 geoordeeld dat de beslissing over de uitgifte van certificaten een besluit is in de zin van artikel 1:3 Awb en geen beslissing inzake de procedure ter voorbereiding van een besluit als bedoeld in artikel 6:3 Awb.
Tegen dit besluit kunnen rechtsmiddelen worden aangewend en in die procedure kan de juistheid van het aantal uitgegeven certificaten aan de orde worden gesteld. Gelet hierop dient verweerder het besluit over de uitgifte van certificaten tot uitgangspunt te nemen bij de vaststelling van de subsidie. Zolang appellante niet beschikt over certificaten, heeft verweerder geen grond om de subsidie anders dan op nihil vast te stellen.
Niet in geschil is dat appellante niet beschikt over certificaten met betrekking tot de in geding zijnde periode. Gelet op het voorgaande heeft verweerder de subsidie derhalve terecht op nihil vastgesteld.
Het College ziet geen aanknopingspunten voor het oordeel dat verweerder rechtens gehouden zou zijn het besluit tot de door appellante zelf gevraagde subsidievaststelling te verdagen totdat TenneT een besluit heeft genomen met betrekking tot de uitgifte van certificaten.
2.5 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het beroep ongegrond dient te worden verklaard. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.