2. De beoordeling van het geschil
2.1 Bij het bestreden besluit heeft verweerster de bezwaarschriften van appellanten niet-ontvankelijk verklaard. De bezwaarschriften van appellanten richtten zich tegen de tariefbeschikkingen van verweerster van 22 september 2008 en 30 maart 2009 voor zover daarin verrekenbedragen voor opbrengstverschillen zijn opgenomen. De beschikking van 22 september 2008 betrof, naast de nacalculatie over de jaren 2005 en 2006, ook de opbrengstverrekening over die jaren. De beschikking van 30 maart 2009 en de nadien gewijzigde besluiten betrof de opbrengstverrekening over het jaar 2007.
2.2 Verweerster heeft in het bestreden besluit opgemerkt dat de bezwaarschriften betrekking hebben op de gevolgen van de vaststelling van de budgetten in de opbrengstverrekening. Het gaat hierbij volgens verweerster voornamelijk om de verwerking van budgetmutaties van de jaren 2000, 2001 en 2002 die na 1 januari 2003 hebben plaatsgevonden. Uit de op de hoorzitting door appellanten overgelegde stukken heeft verweerster opgemaakt dat per saldo sinds 1 januari 2003 een verschil is ontstaan tussen de mutaties in de rekenstaten over 2000, 2001 en 2002 en het totaal van alle blijkens de opbrengstregistratie verrekende bedragen. Dit verschil is door appellante berekend op € 995.367,-. Hoewel door appellante niet is gespecificeerd op welk moment of in welk jaar dit verschil is ontstaan, heeft verweerster uit de chronologie van de mutaties afgeleid dat in de visie van appellante in de rekenstaat van 12 mei 2004 ten onrechte een correctie heeft plaatsgevonden van € 2.833.851,-. In dit geval had het volgens verweerster op de weg van appellanten gelegen om bezwaar te maken tegen de bij die rekenstaat behorende tariefbeschikking van dezelfde datum. Verweerster is van mening dat de opbrengstregistratie en de vertaling ervan in het verrekenpercentage in voorafgaande beslissingen, en met name in de beslissing van 12 mei 2004, onherroepelijk is vastgesteld en dat het bezwaar voor zover het daartegen is gericht, niet tijdig is ingediend.
2.3 Appellanten hebben betoogd dat zij op grond van het vertrouwensbeginsel niet eerder bezwaar hoefden te maken dan het moment waarop de definitieve opbrengstverrekening 2005, 2006 respectievelijk 2007 bij tariefbeschikking werd vastgesteld. Pas toen was de nacalculatie 2002 definitief afgewikkeld. Voor zover de bezwaarschriften niet tijdig zijn ingediend, is de termijnoverschrijding volgens appellanten verschoonbaar. Appellanten hadden voldoende redenen om aan te nemen dat tot het moment van definitieve nacalculatie de te verrekenen opbrengst frequent aan verandering onderhevig zou zijn en een voorlopig karakter zou hebben. Het was bovendien ongebruikelijk om bezwaar aan te tekenen tegen de opbrengstregistratie zelf. Appellanten achten het onredelijk en onbillijk dat zij voor € 995.367,- worden benadeeld. Doordat de handmatige procedures van verweerster om tot een volledige opbrengstregistratie te komen niet goed hebben gewerkt, heeft verweerster ten onrechte steeds van de verzoeken afwijkende besluiten genomen. Verweerster had appellanten en verzekeraars moeten horen op de momenten dat zij een ander besluit nam op basis van de verstrekte gegevens mocht worden verwacht.
2.4 Het geschil heeft betrekking op de hoogte van de te verrekenen bedragen die verweerster heeft vastgesteld als verschillen tussen de opbrengsten van de diagnosebehandel-combinaties (DBC’s) en de budgetten van appellante in 2005, 2006 en 2007, ook wel de opbrengstverrekeningen of de verrekenbedragen genoemd. Verweerster heeft appellante bij brief van 22 september 2008 geïnformeerd over de verschillen in 2005 en 2006. Bij deze brief is tevens een tariefbeschikking 2008 gevoegd, eveneens gedateerd 22 september 2008, waarin onder andere de bedragen voor opbrenstverrekening voor 2005 en 2006 zijn opgenomen. Verder heeft verweerster bij tariefbeschikking, gedateerd 30 maart 2009, het verrekenbedrag voor 2007 vastgesteld. Verweerster heeft dit verrekenbedrag 2007 bij brieven van 27 augustus 2009 en 18 september 2009 gewijzigd.
Het College ziet zich - ambtshalve - voor de vraag geplaatst of verweerster op grond van de Wet marktordening gezondheidszorg de bevoegdheid toekwam om verrekenbedragen zoals hier aan de orde, vast te stellen. Het College beantwoordt deze vraag ontkennend en verwijst naar zijn uitspraak van 15 september 2011 (AWB 10/294 <www.rechtspraak.nl> LJN: BT1518), met name rechtsoverweging 5.3 en verder. Gelet hierop is het College van oordeel dat de tariefbeschikking van 22 september 2008 voor zover daarin de opbrengstverrekeningen voor de jaren 2005 en 2006 zijn opgenomen, de tariefbeschikking van 30 maart 2009 waarin het verrekenbedrag voor 2007 is opgenomen, alsmede de brieven van 27 augustus 2009 en 18 september 2009 waarin dit verrekenbedrag is gewijzigd, geen besluiten in de zin van de Algemene wet bestuursrecht behelzen. Verweerster heeft de bezwaarschriften van appellanten gericht tegen voormelde documenten daarom terecht, zij het op onjuiste gronden, niet-ontvankelijk verklaard.
2.4 Gezien het vorenstaande dient het beroep ongegrond te worden verklaard. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.