2. De beoordeling van het geschil
2.1 Ingevolge artikel 6:19, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) wordt het beroep geacht mede te zijn gericht tegen het besluit van 28 maart 2011. Nu het eerdere besluit van 11 oktober 2010 hierbij is herzien en niet gebleken is dat appellante nog belang heeft bij handhaving van haar beroep tegen dat besluit, dient het beroep in zoverre niet-ontvankelijk te worden verklaard.
Ter beoordeling van het College staat of het besluit tot vaststelling van een randvoorwaardenkorting van 3% in rechte stand kan houden. Dienaangaande wordt het volgende overwogen.
2.2 Verweerder stelt in het nu bestreden besluit dat tijdens een fysieke controle op 8 juli 2009 is geconstateerd dat appellante geen bedrijfsregister heeft bijgehouden voor haar schapen en geiten en dit evenmin ten minste drie jaar op haar bedrijf heeft bewaard. Hiermee staat vast dat appellante niet heeft voldaan aan de in artikel 36 van de Regeling identificatie en registratie van dieren (hierna: Regeling I&R) gestelde randvoorwaarde. De korting hiervoor bedraagt 3%. De oorspronkelijk vastgestelde korting van 5% is bij het besluit van 28 maart 2011 herzien, omdat verweerder is gebleken dat in dit geval ten onrechte tevens een korting was opgelegd voor het niet naleven van artikel 13, tweede lid, van het Varkensbesluit. Van strijd met het evenredigheidsbeginsel is geen sprake.
Ter zitting heeft verweerder in aanvulling op het voorgaande gesteld dat - anders dan appellante betoogt - de veesaldoregistratie van appellante beduidend minder informatie bevat dan het voorgeschreven bedrijfsregister. De veesaldoregistratie bevat slechts de mutaties in de aan- en afvoerlijn, terwijl het bedrijfsregister daarnaast informatie bevat over onder meer de identificatie van de dieren en vervoersbewijzen bij aan- en afvoer van het bedrijf. Die informatie in het bedrijfsregister is nu juist van belang voor een snelle tracering van dieren in het geval van bijvoorbeeld de uitbraak en bestrijding van dierziektes.
2.3 Appellante voert aan dat zij alle mutaties in haar veebestand bijhoudt door middel van een tweetal registers. In één register vermeldt appellante op volgorde van datum alle mutaties in de aanvoerlijn, dat wil zeggen de geboortes van lammeren en aanvoer van alle aangekochte dieren. In het andere register worden - eveneens op volgorde van datum - alle mutaties in de afvoerlijn geregistreerd. Appellante biedt daarmee een compleet inzicht in alle gegevens die ingevolge artikel 36 van de Regeling I&R geregistreerd dienen te worden. Zij stelt zich daarom primair op het standpunt dat zij aan de hier bedoelde randvoorwaarde heeft voldaan. Subsidiair is zij van mening dat, nu de door haar bijgehouden registers de gegevens bevatten die ingevolge artikel 36 van de Regeling I&R zijn voorgeschreven, er sprake is van een dermate geringe overtreding dat deze een korting op haar Europese inkomenssteun niet rechtvaardigt.
2.4.1 Het College overweegt als volgt. Op grond van de artikelen 4 en 23, alsmede Bijlage II, onder 8, van Verordening (EG) nr. 73/2009 van de Raad van 19 januari 2009 is de volledige betaling van de door de landbouwer aangevraagde rechtstreekse landbouwsteun afhankelijk gesteld van de naleving van regels op het gebied van milieu, voedselveiligheid, diergezondheid en dierenwelzijn en eisen inzake een goede landbouw- en milieuconditie. Bij niet-naleving van deze randvoorwaarden wordt het steunbedrag gekort of ingetrokken.
Tot de uit deze regelgeving voortvloeiende beheerseisen behoort op grond van artikel 5 van Verordening (EG) nr. 21/2004 van de Raad van 17 december 2003, zoals uitgewerkt in artikel 36 van de Regeling I&R, de verplichting om voor schapen en geiten een bedrijfsregister bij te houden en drie jaar op het bedrijf te bewaren.
2.4.2 Op grond van artikel 36 van de Regeling I&R dienen - afgezien van de gegevens bedoeld in deel B, onderdeel I, van de bijlage van Verordening 21/2004 - onder meer de volgende gegevens in het bedrijfsregister te worden geregistreerd: a. het jaar van geboorte en de identificatiedatum van de op het bedrijf geboren schapen en geiten; b. de maand en het jaar waarin een schaap of geit op het bedrijf is gestorven; c. het land van herkomst en het nummer van het gezondheidscertificaat, indien de op het bedrijf aangevoerde schapen en geiten zijn aangevoerd uit een derde land; d. het aantal op het bedrijf aanwezige schapen of geiten die overeenkomstig artikel 4, eerste lid, van Verordening 21/2004 en artikel 34 zijn geïdentificeerd, en e. het uitscharen van schapen of geiten, onder vermelding van het aantal betrokken dieren, het UBN van de vestiging van het inscharende bedrijf, dan wel de naam, het adres en de woonplaats, alsmede het UBN of de individuele code op het merk, de geboorte en sterfte met datum en de datum waarop het uitscharen is aangevangen en is beëindigd. f. indien een houder schapen of geiten die zijn gemerkt met identificatiemiddelen als bedoeld in artikel 12e, eerste lid, onderdelen b, c, d, e, h, i, j of k, houdt, maakt hij aantekening van de desbetreffende gegevens, bedoeld in artikel 12j, in de vierde kolom van de tabel van het bedrijfsregister.
2.5 Appellantes primaire betoog dat zij heeft voldaan aan de genoemde randvoorwaarde doordat de door haar bedrijf gehanteerde registers een compleet inzicht bieden in alle gegevens die ingevolge artikel 36 van de Regeling I&R geregistreerd dienen te worden slaagt niet. Appellante heeft niet aangetoond dat alle vereiste gegevens beschikbaar waren op haar bedrijf. Het College stelt voorts vast dat artikel 36 van de Regeling I&R verplicht tot het bijhouden van meer gegevens dan de door appellante genoemde aan- en afvoergegevens.
Het College is daarom van oordeel dat verweerder terecht heeft geconcludeerd dat appellante geen bedrijfsregister schaap en geit bijhield en dit evenmin drie jaar op haar bedrijf bewaarde.
Dit betekent dat appellante niet heeft voldaan aan de randvoorwaarde voor Europese inkomenssteun die in artikel 5, eerste lid, van Verordening (EG) nr. 21/2004, in samenhang met de relevante bepalingen van de Regeling I&R, is gesteld en dat verweerder gehouden was om een randvoorwaardenkorting toe te passen.
2.6 Tot slot is het College van oordeel dat niet is gebleken van omstandigheden als bedoeld in artikel 66 van Verordening (EG) nr. 796/2004 van de Commissie van 21 april 2004 die aanleiding hadden kunnen zijn voor een verlaging van de geldende korting van 3% of het achterwege laten hiervan.
Van strijd met het evenredigheidsbeginsel is evenmin sprake. Verweerder is gebonden aan het sanctiestelsel zoals neergelegd in de Europese verordeningen en is niet bevoegd hiervan af te wijken.
2.7 Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het beroep ongegrond dient te worden verklaard.
Voor een proceskostenveroordeling ziet het College geen aanleiding.