De beoordeling
1. De kantonrechter heeft in rechtsoverweging 3 (3.1 tot en met 3.9) van het beroepen vonnis de feiten waarop dit geschil betrekking heeft weergegeven. Tegen die weergave richten zich de grieven I en II. Deze strekken ten betoge dat niet zondermeer vaststaat dat Copernicusstaete in het geheel geen BTW over de stichtingskosten meer kan terugvorderen. Ten pleidooie is Tredin van dit standpunt teruggekomen, ten gevolge waarvan het belang aan deze, feitelijke, grieven is komen te ontvallen.
Het hof zal dan ook uitgaan van de feiten die de kantonrechter heeft vastgesteld en die, voor zover in appel van belang, hierna herhalen, aangevuld met enige feiten die in hoger beroep tevens als vaststaand hebben te gelden.
1.1. Tussen Tredin als huurder en Clou Beheer B.V. (verder: Clou) als verhuurder is op 29 november 1999 een huurovereenkomst tot stand gekomen betreffende de huur van een gedeelte van het kantoorpand Copernicusstaete, [adres], zulks voor de duur van vijf jaar ingaande 1 januari 2000 met mogelijkheid tot verlenging.
1.2. Tredin verrichte ten tijde van het aangaan van de huurovereenkomst in hoofdzaak niet-BTW-plichtige werkzaamheden. Partijen hebben niet geopteerd voor belaste verhuur.
1.3. In de huurovereenkomst is de navolgende bepaling opgenomen.
Compensatie niet verrekenbare omzetbelasting.
9.1.1 Ter compensatie van niet verrekenbare omzetbelasting op de investeringen door verhuurder gedaan en nog te doen in dat gedeelte van het kantoorgebouw waarop de onderhavige overeenkomst betrekking heeft, zijn verhuurder en huurder een vergoeding overeengekomen. Het bedrag van deze vergoeding is tussen partijen gefixeerd op een bedrag groot fl. 267.800,--(zegge ... ).
9.1.2 Betaling van de vergoeding ad fl 35.854,-- per jaar en als in het vorige lid bepaald, geschiedt middels annuïteiten groot fl 8.896,-- (...) per kwartaal. (...)
9.1.3 Indien huurder na de eerste huurperiode niet ex artikel 3.2 verlengd tot 31 december 2009, dan is huurder gehouden om bij het einde van deze overeenkomst aan verhuurder in één bedrag te voldoen het bedrag dat alsdan nog niet door de huurder is afgeloste middels de termijnbetaling als in het vorige lid omschreven.
9.1.4. Indien huurder deze overeenkomst binnen de herzieningsperiode die geldt voor de omzetbelasting heeft beëindigd en heeft voldaan aan zijn verplichting als in het vorige lid omschreven en verhuurder binnen bedoelde herzieningsperiode het geheel of gedeelte van de onderhavige ruimte gaat gebruiken voor BTW-belaste prestaties als gevolg waarvan verhuurder achteraf omzetbelasting op stichtingskosten kan verrekenen, dan is verhuurder gehouden om aan huurder te voldoen dat deel van de door huurder ineens betaalde vergoeding alsdan door verhuur kan worden verrekend een en ander in dien voege dat verhuurder zich alsdan zal inspannen het totaal bedrag van niet verrekenbare omzetbelasting en daarmee de vergoedingsverplichting van huurder, zoveel als redelijkerwijs mogelijk is, te beperken.