4. De overwegingen omtrent het geschil
4.1 Ingevolge artikel 15, eerste lid, van de Uitvoeringsbeschikking omzetbelasting 1968 wordt de belasting welke drukt op het houden - met inbegrip van de aanschaffing - door de ondernemer, van een personenauto welke mede wordt gebezigd anders dan in het kader van zijn onderneming (privé-gebruik), eerst in aftrek gebracht alsof de auto uitsluitend in het kader van de onderneming wordt gebezigd; vervolgens is ter zake van het privé-gebruik jaarlijks 12 percent belasting verschuldigd over het bedrag aan kosten dat bij de heffing van de inkomstenbelasting beschouwd wordt niet te zijn gemaakt ten behoeve van de onderneming. Deze belasting is verschuldigd in het laatste belastingtijdvak van het boekjaar.
4.2 Zoals weergegeven in de uitspraken met de nummers BK 331/03, BK 333/03 en 335/03, die het hof vandaag ten aanzien van belanghebbende eveneens heeft gedaan, heeft belanghebbende voor de heffing van de inkomstenbelasting/premie volksverzekeringen niet overtuigend kunnen aantonen dat in de jaren 1998, 1999 en 2000 met de bedrijfsauto minder dan 1000 kilometer op jaarbasis voor privédoeleinden is gereden met als gevolg dat voor ieder jaar afzonderlijk de autokostenfictie van artikel 42, tweede lid, van de Wet op de inkomstenbelasting 1964 is gerekend tot de winst.
4.3 Uit het vorenoverwogene volgt dat de inspecteur terecht op grond van artikel 15, eerste lid, van de Uitvoeringsbeschikking omzetbelasting 1968 een deel van de vooraftrek van de omzetbelasting als privé-gebruik van de bedrijfsauto van belanghebbende heeft nageheven.
4.4. Indien het aan grove schuld van de belastingplichtige is te wijten dat belasting welke op aangifte moet worden voldaan niet, gedeeltelijk niet, dan wel niet binnen de belastingwet gestelde termijn is betaald, vormt dit een vergrijp ter zake, waarvan de inspecteur hem een boete kan opleggen van 25% (artikel 67f van de Algemene wet inzake rijksbelastingen en Hoofdstuk IV, paragrafen 25 en 28 van het Besluit Bestuurlijke Boeten Belastingdienst 1998). Belanghebbende maakt bij het doen van zijn aangifte voor de inkomstenbelasting/premie volksverzekeringen over de jaren 1999 en 2000 gebruik van de diensten van een administratiekantoor E, zijnde de opvolger van mevrouw A, die de aangifte over het jaar 1998 verzorgde. Mevrouw A en haar opvolger de heer B meenden zonder artikel 42, tweede lid, van de Wet op de inkomstenbelasting 1964 toe te passen op een juiste wijze aangifte te doen voor de inkomstenbelasting/premie volksverzekeringen. Alhoewel dit standpunt onjuist is bevonden (zie de uitspraken met de nummers BK 331/03, BK 333/03 en BK 335/03) heeft belanghebbende zodanige argumenten aangevoerd dat niet kan worden gezegd dat hij of zijn boekhouders door bedoeld standpunt in te nemen dermate lichtvaardig heeft gehandeld dat het aan zijn grove schuld is te wijten dat van hem te weinig belasting is geheven. De zienswijze dat het houden van een personenauto in privé buiten een bedrijfsauto om met zich bracht dat belanghebbende geen kilometeradministratie hoefde bij te houden heeft belanghebbendes bewijspositie als bedoeld in artikel 42, vijfde lid, van de Wet op de inkomstenbelasting 1964 bemoeilijkt. Echter, daaruit kan naar het oordeel van het hof niet afgeleid worden dat zijn standpunt van een privé-gebruik van minder van 1000 kilometer reeds aanstonds niet overtuigend aangetoond zou kunnen worden. Het hof acht het vorenoverwogene voldoende reden om de boete te laten vervallen.
4.5 Belanghebbende is ter zake van de beschikking heffingsrente niet-ontvankelijk in zijn beroep, omdat hij ter zake daarvan geen bezwaar heeft gemaakt en de inspecteur daaromtrent ook geen uitspraak heeft gedaan. Ter zake van de heffingsrente heeft belanghebbende overigens niet gesteld dat de inspecteur bij het in rekening brengen van heffingsrente is afgeweken van enige wettelijke regeling en het hof is dit ook anderszins niet gebleken.
4.6 Voor zover belanghebbende bedoelt te stellen dat van schending van artikel 10:3, derde lid, van de Algemene wet bestuursrecht of van enig beginsel van behoorlijk bestuur sprake is, is het hof daarvan niet gebleken.
4.7 Het vorenoverwogene leidt ertoe dat het beroep van belanghebbende deels gegrond wordt verklaard. Het overvloede merkt het hof op dat het hof het niet tot zijn taak rekent om te oordelen over al de klachten die belanghebbende heeft geuit in het kader van de klachtenprocedure. Immers, een klacht in het kader van de klachtenprocedure en het beroep zijn verschillende middelen voor een belastingplichtige om grieven tegen de belastingdienst naar voren te brengen. Deze middelen kennen hun eigen verloop.