2. Feiten:
Blijkens de gedingstukken en het verhandelde ter zitting stelt het hof als tussen partijen niet in geschil dan wel door één der partijen gesteld en door de wederpartij niet of onvoldoende weersproken, de volgende feiten vast.
2.1 Belanghebbende heeft tezamen met zijn broers de heer C en de heer D in het jaar 1999 diverse percelen weiland, gelegen in E, met een gezamenlijke oppervlakte van 22.14.45 hectare verkocht en geleverd aan de gemeente F (hierna: de gemeente).
2.2 In de notariële verkoopovereenkomst d.d. 24 juni 1999 is opgenomen dat “Indien verkoper in het kader van de onderhavige verkoop met betrekking tot de gerealiseerde meerwaarde van het verkochte geen beroep kan doen op de landbouwvrijstelling als bedoeld in artikel 8, lid 1, sub b van de Wet op de Inkomstenbelasting, casu quo een beroep op de hiervoor bedoelde vrijstelling niet wordt gehonoreerd, dan zal de op laatstbedoelde grond door verkoper verschuldigde belasting (verschil bruto koopprijs - netto koopprijs) - onder overlegging van de daarop betrekking hebbende bescheiden - op eerste vordering van verkoper door koper aan verkoper worden vergoed, boven de hiervoor aangehaalde koopprijs berekend naar netto negenentwintig gulden (ƒ 29,00) per vierkante meter”. De waarde in het economische verkeer bij agrarische bestemming (: WEVAB) van de verkochte percelen grond is ƒ 1.771.560, - (ƒ 8, - per vierkante meter), zodat het verschil tussen de netto koopprijs en de WEVAB van de percelen grond een bedrag van ƒ 4.650.345, - is. De helft van de waarde van de percelen grond is toe te rekenen aan belanghebbende, zodat van het laatste bedrag hem ƒ 2.325.173, - ten deel valt.
2.3 Bij een aanvulling van omstreeks 25 juni 2002 op de verkoopovereenkomst is in punt 10 bepaald dat de gemeente ook de belasting ter zake van het onder 2.2 vermelde verschil tussen de bruto koopprijs en de netto koopprijs moet betalen indien geen of minder belasting betaald hoeft te worden omdat op grond van andere feiten dan het van toepassing zijn van de landbouwvrijstelling het belastbare inkomen wordt verlaagd.
2.4 In de aanslag IB/PV over het jaar 2000 heeft de inspecteur het belastbare inkomen berekend op ƒ 4.636.768, -. De in artikel 8, eerste lid, onderdeel b, van de Wet bedoelde landbouwvrijstelling is niet toegepast. In het belastbare inkomen van de aanslag IB/PV is een bedrag van ƒ 4.552.202, - opgenomen als belaste opbrengst uit het aan belanghebbende toe te rekenen deel van de verkoopopbrengst (inclusief het bedrag boven de ƒ 29, - per vierkante meter). Dit bedrag is berekend aan de hand van het bepaalde van punt 3 van het Besluit van 2 juli 1999, nr. DB99/1736M (: het Besluit), welk besluit onder meer de door de belastingdienst gehanteerde uitgangspunten ter zake (de berekening) van belastingvergoeding betreft. In de aangifte daarentegen heeft belanghebbende het aan hem toe te rekenen deel van de bruto verkoopopbrengst berekend op ƒ 6.696.017, -. De daarbij als uitgangspunt gehanteerde bruto verkoopprijs is berekend aan de hand van een brutering van de netto prijs van ƒ 29, - per vierkante meter (hierna: de bruto-nettomethode). Na aftrek van de WEVAB van de percelen grond resteert voor belanghebbende een bedrag van ƒ 5.810.237, -. Beide partijen hebben bij de berekening van de belastbare inkomens geen rekening gehouden met de vervangingsreserve.
2.5 Namens belanghebbende is tegen de onder 2.4 vermelde aanslag bezwaar gemaakt. In het bezwaar doet belanghebbende voor het geval de landbouwvrijstelling niet van toepassing zou zijn een beroep op de (verruimde) vervangingsreserve voor een bedrag van ƒ 4.500.000, -, bij welke berekening hij als uitgangspunt het in de aanslag betrokken bedrag van ƒ 4.552.202, - neemt. Voor een bedrag van ƒ 52.202, - wenst belanghebbende de vervangingsreserve niet toe te passen. Indien de landbouwvrijstelling en de vervangingsreserve niet worden toegepast, claimt belanghebbende de toepassing van het bijzondere tarief van 45 percent ter zake van - naar de stelling van belanghebbende - gedeeltelijke staking van de onderneming.
2.6 In de uitspraak op het bezwaar d.d. 27 juni 2003 heeft de inspecteur de landbouwvrijstelling niet van toepassing verklaard. Tevens heeft hij zich bereid verklaard om de verruimde vervangingsreserve toe te passen op het onder 2.2 vermelde bedrag van ƒ 2.325.172, -. De inspecteur wil de vervangingsreserve niet van toepassing laten zijn op het in de berekening van de aanslag IB/PV als belaste belastingvergoeding aangeduide bedrag (het verschil tussen het bruto en netto bedrag per vierkante meter). Tegen deze uitspraak is namens belanghebbende op 31 juli 2003 beroep aangetekend.
2.7 Op 8 december 2003 heeft er een bespreking plaatsgevonden tussen (onder andere) de inspecteur en de gemachtigde van belanghebbende. Daarbij waren ook personen namens de gemeente aanwezig. Uit deze bespreking blijkt dat de gemeente en belanghebbende het niet eens kunnen worden over de hoogte van de verkoopprijs van de percelen grond. Voor de bepaling van de koopprijs zijn de gemeente en belanghebbende namelijk in afwachting van het resultaat van de gerechtelijke procedure betreffende de onderhavige belastingaanslag. Ter bepaling van zijn standpunten wacht de inspecteur daarentegen op de door voormelde partijen te bepalen hoogte van de verkoopprijs.
2.8 Ten tijde van het instellen van het beroep was tussen partijen de toepassing van landbouwvrijstelling van artikel 8, eerste lid, onderdeel b, van de Wet in geschil. De gemeente F mocht namens belanghebbende in beroep (en ook in bezwaar) optreden ter zake van dit geschilpunt. Op 13 januari 2005 wordt namens belanghebbende zijn beroep ter zake van de landbouwvrijstelling ingetrokken gelet op de hierna onder 2.9 genoemde onderhandelingen. Hij handhaaft zijn beroep voor wat betreft de vervangingsreserve.
2.9 In het najaar 2004 hebben de gemeente en belanghebbende over de uiteindelijk door de gemeente te betalen overdrachtsprijs onderhandeld. De gemeente en belanghebbende zijn ter zake daarvan tot overeenstemming gekomen dat een percentage van 77,5 als uitgangspunt moet gelden voor de vaststelling van de vermindering van de overdrachtsprijs. Voor het hof is onduidelijk op welk bedrag dat percentage toegepast moet worden. Ter zitting van 30 januari 2006 hebben de inspecteur en belanghebbende ter beslechting van het onderhavige rechtsgeding afgesproken dat het percentage van 77,5 toegepast moet worden op de in de onderhavige aangifte gehanteerde bruto opbrengst minus de WEVAB, hetgeen resulteert in een vermindering van de overdrachtsprijs van ƒ 1.307.303, -.
2.10 Ter zitting van 30 januari 2006 heeft de inspecteur toegezegd dat hij voor het door belanghebbende in zijn bezwaarschrift genoemde bedrag van ƒ 52.202, - de vervangingsreserve buiten toepassing laat ongeacht het oordeel van het hof over de omvang van de vervangingsreserve.