Op grond van de stukken van het geding en het verhandelde ter zitting staat, als tussen partijen niet in geschil, dan wel door een van hen gesteld en door de wederpartij niet of onvoldoende weersproken, het volgende vast.
2.1. In het jaar 2004 heeft belanghebbende het project 'Aanpassing en Uitbreiding rwzi' opgestart. In dat kader hebben in juni 2004 vier afzonderlijke aanbestedingen plaatsgevonden. Het betreft de aanbesteding van de volgende projecten:
a. civiele en bouwkundige werken
b. elektrotechnische werken
c. mechanische werken en
d. besturingstechnische werken.
Deze werken zijn gegund aan verschillende aannemers die allen, in verband met de raakvlakken en de samenhang tussen alle werken, een coördinatieovereenkomst met belanghebbende en de directievoerende partij hebben gesloten. Hierin is vastgelegd dat de werkzaamheden in goede samenwerking en volgens een algemeen tijdschema en werkplan moeten worden uitgevoerd.
2.2. De civiele en bouwkundige werken kunnen worden omschreven als de nieuwbouw van een influentgebouw, een beluchtingstank, een nabezinktank, retourslibgemalen, een blowergebouw, kelders, putten, lavafilters, slibsilo's en leidingwerk, evenals aanpassing en renovatie van de voorbezinktank, een beluchtingstank, drie nabezinktanks, slibgistingstanks, de WKK-installatie en het bedrijfsgebouw.
De elektrotechnische werken zijn nodig ten behoeve van de onbemande automatische bedrijfsvoering van de rwzi en voor de continuering van het zuiveringsproces. De werken bestaan uit het verwijderen en afvoeren van de bestaande elektro- en besturings-technische installatie, het ontwerpen, fabriceren, leveren, monteren en bedrijfsvaardig opleveren van de nieuwe elektro- en besturingstechnische installatie ten behoeve van de aangepaste rwzi.
De mechanische werken (bijvoorbeeld bruggen, bordessen, pompen, mengers, voortstuwers, zandvangers en -wassers, ventilatie en verwarming van de civiel en bouwkundige werken) omvatten het engineeren, vervaardigen, leveren, monteren, beproeven, bedrijfsvaardig opleveren, in gebruik stellen en garanderen van de mechanische installaties. Deze werkzaamheden zijn verdeeld in zes afzonderlijk aanbestede percelen, te weten: 1) Ontvangwerk, 2) Aëratietanks 1 en 2, 3) Bezinktanks, 4) Slibpompinstallaties,
5) Utilities en 6) Slibgisting.
De besturingstechnische werken betreffen het uitvoeren van de elektro- en besturingstechnische installaties volgens een door belanghebbende voorgeschreven standaard.
2.3. Voor het aanpassen en uitbreiden van de rwzi heeft belanghebbende op 25 maart 2004 een bouwvergunning eerste fase aangevraagd en op 7 juli 2004 een bouwvergunning tweede fase. In beide aanvragen vermeldt belanghebbende bij punt 8 'Kosten, Aanneemsom of raming van de kosten, exclusief BTW' een bedrag van € 9.150.000,-. Met dagtekening 14 juli 2004 verlenen Burgemeester en wethouders van de gemeente X de bouwvergunning eerste fase en met dagtekening 1 september 2004 de bouwvergunning tweede fase. De heffingsambtenaar heeft vervolgens ter zake van deze bouwvergunningen de onder 1.1 vermelde bouwleges geheven. Omdat door belanghebbende geen aannemingssom was overgelegd, heeft de heffingsambtenaar voor de berekening van de bouwleges het door belanghebbende in de aanvraag vermelde bedrag aan bouwkosten, vermeerderd met 19% omzetbelasting, ofwel € 10.888.500,-, als grondslag genomen. Bij de uitspraken op de bezwaarschriften heeft de heffingsambtenaar deze grondslag verminderd tot een bedrag van € 10.789.878,75 (inclusief omzetbelasting) omdat uit de overgelegde begrotingen en bestekken bleek dat de bouwkosten op een te hoog bedrag waren vastgesteld. Dit heeft geresulteerd in een vermindering van de bouwleges van in totaal € 1.536,60 (2 x € 768,30). Ook in de bezwaarfase is geen aannemingssom overgelegd.
2.4. Belanghebbende heeft tegen de uitspraken op bezwaar een beroepschrift ingediend bij de rechtbank. De rechtbank heeft bij uitspraak van 20 juli 2007 het beroep gegrond verklaard en de berekeningsgrondslag voor de legesheffing bepaald op een bedrag aan bouwkosten van € 4.079.061,10 (inclusief omzetbelasting). Daartoe heeft de rechtbank overwogen dat de elektrotechnische, mechanische en besturingstechnische werken niet gerekend kunnen worden tot de normaal te verwachten inrichtingen van gebouwen, maar specifiek zijn aangebracht teneinde het gebouw te laten functioneren als rwzi, zodat zij niet tot de bouwkosten gerekend kunnen worden als bedoeld in de Legesverordening 1999 en de daarbij behorende tarieventabel en dus geen onderdeel uitmaken van de heffingsgrondslag van de bouwleges. In voornoemd door de rechtbank vastgesteld bedrag zijn naast de bouwkosten voor de elektrotechnische, mechanische en besturingstechnische werken, ook zogenaamde 'grondkosten' en 'inrichtingskosten' van de civiele en bouwkundige werken ten bedrage van in totaal € 1.361.997,06 (exclusief omzetbelasting) uit de heffingsgrondslag verwijderd. De rechtbank heeft niet overwogen waarom deze kosten niet tot de heffingsgrondslag voor de berekening van de leges behoren.