2.1 Belanghebbende houdt zich - gezien haar statuten - bezig met de exploitatie en het beheer van ongeveer 20.000 huurwoningen in de provincie Friesland. Zij is een toegelaten instelling in de zin van artikel 70 van de Woningwet.
2.2 De doelstelling van belanghebbende luidt volgens artikel 3 van haar statuten als volgt:
"De stichting exploiteert een private onderneming, die geïnspireerd door maatschappelijke visies op mens en samenleving, zich uitsluitend ten doel stelt op het gebied van wonen werkzaam te zijn en daarbinnen:
1. te werken aan een sociaal verantwoorde woonkwaliteit voor ieder, met het accent op diegenen die een zwakke positie innemen op de woonmarkt en
2. te werken aan de leefbaarheid in haar werkgebied, met als invalshoek wonen."
2.3 De activiteiten van belanghebbende bestaan voor meer dan 50% uit de verhuur van sociale huurwoningen. Daarnaast is belanghebbende betrokken bij stedelijke vernieuwings¬projecten en verricht zij commerciële activiteiten.
2.4 De Stichting F (hierna: F), gevestigd te L, is een toegelaten instelling in de zin van artikel 70 van de Woningwet. Haar doelgroep omvat de huisvesting van ouderen en gehandicapten en met name diegenen die niet zelf in woonruimte kunnen voorzien.
2.5 Het F heeft in haar jaarverslag over het jaar 2005 aangekondigd, dat zij tot een ingrijpende transformatie van haar huidige bezit aan onroerende zaken heeft besloten vanwege de vaststelling van een strategisch voorraadbeleid voor de jaren 2005-2015. Daarbij heeft zij zich voorgenomen aanzienlijk te investeren in de kwaliteit van de woningvoorraad. Daartoe heeft zij haar werkingsgebied binnen Nederland beperkt, waarbij zij onder andere heeft besloten haar woningbezit in Friesland te verminderen.
2.6 Belanghebbende heeft aanvankelijk belangstelling getoond voor de overname van het woningbezit van F in de drie noordelijke provincies. Daartoe is tussen belanghebbende en F in 2003 een intentieovereenkomst gesloten, gericht op de overdracht van het woningbezit van F in Friesland, Groningen en Drenthe aan belanghebbende.
2.7 Onder andere in verband met de onder punt 2.6 vermelde voorgenomen overdracht, heeft belanghebbende het Ministerie van Financiën in haar brief van 20 oktober 2004 verzocht om kwijtschelding van overdrachtsbelasting ingevolge onderdeel 4, sub b, van de kwijtscheldingsresolutie van 27 december 1988, nr. IB88/1084 (hierna: de Kwijtscheldingsresolutie).
2.8 De voorzitter van het managementteam van de Belastingdienst/Centrum voor proces- en productontwikkeling heeft namens de Staatssecretaris van Financiën het onder 2.7 vermelde verzoek in zijn brief van 17 maart 2005 afgewezen en tevens aangegeven dat hij toepassing van de hardheidsclausule van artikel 63 van de Algemene wet inzake rijksbelastingen (hierna: AWR) op andere gronden niet mogelijk acht. In deze brief staat onder andere het volgende:
"(…) Het is de vraag of in casu is voldaan aan het vereiste in de resolutie dat de overdracht van de onroerende zaken plaatsvindt in het kader van een gehele of gedeeltelijke taakoverdracht (...). U lijkt er daarbij, ten onrechte, van uit te gaan dat, met name waar het betreft F, de uitsluitende overdracht van woningbezit óók al is aan te merken als een overdracht van een (gedeelte van) een ten algemene nutte verrichte taak. Voorts blijkt uit uw brief en de daarbij meegezonden bescheiden (...) niet dat Y (...) en F dezelfde, ten algemene nutte werkzaamheden verrichten (waarbij zij opgemerkt dat activiteiten die uitsluitend bestaan in de exploitatie van onroerende zaken niet worden aangemerkt als werkzaamheden ten algemene nutte). Ten slotte is, gelet op de koopsom die verkrijger voor de over te dragen woningen moet betalen, niet voldaan aan de voorwaarden dat commerciële factoren geen rol mogen spelen. De kwijtscheldingsresolutie kan, gelet op het vorenstaande, niet van toepassing zijn. (…)"
2.9 In de loop van 2005 is de onder 2.6 vermelde intentieovereenkomst ontbonden en zijn belanghebbende en F nader overeengekomen dat uitsluitend het Friese vastgoedbezit door belanghebbende zal worden overgenomen. Dit vastgoed bestaat uit 11 complexen van aan senioren verhuurde ouderenwoningen en twee aan zorgstichtingen verhuurde verzorgingshuizen met in totaal 173 verzorgingsplaatsen. De koopsom voor deze onroerende zaken is blijkens de overeenkomst van koop en verkoop van 23 september 2005 vastgesteld op € 43.000.000. Deze koopsom is gebaseerd op de boekwaarde van de onroerende zaken bij F. Deze boekwaarde is de som van de contante waarden van de toekomstige verhuuropbrengsten van de onroerende zaken verminderd met de som van de toekomstig verhuurkosten daarvan. Op de aldus vastgestelde boekwaarde van € 45.962.567 (per 31 december 2004) is een korting toegepast wegens de door belanghebbende mogelijk verschuldigde overdrachtsbelasting.
2.10 Bij akte van levering van 1 november 2005 heeft belanghebbende voornoemde onroerende zaken verkregen van de F. Belanghebbende heeft ten aanzien van de geleverde onroerende zaken de contractspositie van F als verhuurder overgenomen.
2.11 Huurders hadden bij de F serviceabonnementen afgesloten op grond waarvan bepaalde onderhouds- en reparatiekosten die normaal voor rekening van de huurder zouden komen, door de F werden uitgevoerd. Het F had de uitvoering van deze diensten alsmede haar eigen onderhoudswerkzaamheden middels onderhoudscontracten uitbesteed aan derden. Belanghebbende heeft deze serviceabonnementen en onderhoudscontracten overgenomen.
2.12 Bij het onderdeel considerans in de bij punt 2.10 vermelde akte staat het volgende:
"De comparanten verklaren het navolgende.
In aanmerking nemende:
- dat verkoper specifieke know-how heeft terzake van de huisvesting van ouderen;
- dat deze know-how betreft, zonder uitputtend te zijn, kennis op het gebied van WoonServiceZones, kennis ten aanzien van het initiëren/ontwikkelen van nieuwbouw projecten, alsmede (in dit kader) een netwerk aan relaties;
- dat verkoper in dit kader een pakket onroerende goederen bezit in Friesland, specifiek gericht op de huisvesting van ouderen;
- dat koper dit totale pakket in eigendom wenst te verwerven en dat zij tevens gebruik wenst te maken van de know-how van verkoper;"
2.13 In een verklaring gehecht aan de akte van levering geeft de notaris aan dat ter zake van de verkrijging een bedrag van € 2.580.000 aan overdrachtsbelasting is verschuldigd. Dit bedrag is door de notaris namens belanghebbende op aangifte voldaan.