Overwegingen
1. Het oordeel van de voorzieningenrechter heeft een voorlopig karakter en bindt de rechtbank in een (eventueel) bodemgeding niet.
2. Op 16 juli 2009 is aan verzoekster een revisievergunning verleend voor het uitvoeren van activiteiten aan de [weg] [huisnummer] te [plaats] . Deze activiteiten betroffen met name het op- en overslaan en sorteren/bewerken van bouw- en sloopafval en bedrijfsafvalstoffen. Vanaf 2015 is de inname en sortering van plastic verpakkingen, metalen verpakkingen en drankpakken (PMD) de hoofdactiviteit geworden.
3. Bij het bestreden besluit heeft verweerder op grond van artikel 2.31, tweede lid, aanhef en onder b, van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht ambtshalve een voorschrift van de revisievergunning gewijzigd en dertien voorschriften toegevoegd. De nieuwe vergunningvoorschriften 1.1.1 tot en met 1.1.12 zijn gericht op – kort gezegd – het zoveel mogelijk beperken van de aantrekkende werking van de inrichting voor insecten, knaagdieren en ongedierte, het voorkomen van de ontwikkeling van deze dieren binnen de inrichting en het beperken van overlast door deze dieren buiten de inrichting. Daarnaast zijn de vergunningvoorschriften 1.1.13 en 1.1.14 toegevoegd voor het verder beperken van geuremissie vanuit de inrichting. Verweerder heeft aan deze ambtshalve wijziging twee rapporten van het Kennis- en Adviescentrum Dierenplagen (KAD) uit 2019 en 2020 ten grondslag gelegd.
3. Allereerst dient, gelet op artikel 8:81, eerste lid, van de Algemene wet bestuursrecht, te worden beoordeeld of verzoekster een voldoende spoedeisend belang heeft bij de verzochte voorlopige voorziening. Verzoekster heeft in dit verband ter zitting onbestreden toegelicht dat inwerkintreding van de nieuwe vergunningvoorschriften haar voor omvangrijke investeringen plaatst en een wijziging van haar bedrijfsvoering verlangt. Als gevolg van inwerkingtreding van het bestreden besluit kan onder meer tussen 1 april en 30 september geen overslag van afval van de wal naar duwbakken plaatsvinden. De hiermee gemoeide kosten worden door verzoekster geraamd op enkele tonnen. Verweerder heeft dit niet betwist. Naar het oordeel van de voorzieningenrechter levert dit omvangrijke financiële belang aan de zijde van verzoekster een voldoende spoedeisend belang op.
4. Ter zitting heeft verzoekster verduidelijkt dat haar verzoek geen betrekking heeft op de vergunningvoorschriften 1.1.13 en 1.1.14, die betrekking hebben op het beperken van geuremissie vanuit de inrichting. Het verzoek om een voorlopige voorziening beperkt zich dus tot de vergunningvoorschriften 1.1.1 tot en met 1.1.12.
5. Verweerder heeft het bestreden besluit genomen in verband met meldingen van vliegenoverlast vanuit de woonwijk Heijplaat, die nabij de inrichting ligt. Verweerder heeft een tabel overgelegd waarin staat hoeveel klachten over vliegen per jaar bij DCMR Milieudienst Rijnmond zijn gemeld. In deze tabel is te zien dat in 2015 de eerste klacht is ontvangen en dat het aantal klachten in de loop der tijd is gestegen tot 557 in 2020. Verweerder heeft geconstateerd dat deze stijging samenhangt met het moment waarop verzoekster zich is gaan richten op de inname en sortering van PMD in 2015. In 2018 heeft verweerder daarom een eerste onderzoek laten uitvoeren door het KAD. In de rapportage naar aanleiding van dit onderzoek staat dat de ervaren overlast met name kon worden toegerekend aan de kleine en gewone kamervlieg. De KAD heeft vastgesteld dat de grootste aantallen gewone kamervliegen werden gemeten op het terrein van verzoekster, maar concludeerde op basis van de toen voorhanden zijnde gegevens, gecombineerd met de kennis over de leefwijze van de gewone kamervlieg, dat het niet waarschijnlijk was dat deze vliegen vanaf het terrein van verzoekster werden aangevoerd en voor overlast in de woonwijk zorgden. In de onderzoeken van het KAD uit 2019 en 2020 is daarentegen geconcludeerd dat de werkzaamheden met PMD bij verzoekster wel degelijk als overlast gevende bron moeten worden aangemerkt. Deze conclusie is getrokken op basis van vangstaantallen in vliegenvallen in de omgeving van de inrichting van verzoekster. Het KAD heeft vastgesteld dat de overlast met name te wijten is aan de gewone kamervlieg en vooral voorkomt in het zuidelijk deel van de woonwijk. Op het terrein van de inrichting en in de directe nabijheid hiervan zijn de grootste aantallen gewone kamervliegen gevangen. Volgens het KAD is sprake van een significante toename van het aantal gewone kamervliegen naarmate de inrichting van verzoekster wordt genaderd. Dit geldt ook voor het aantal vleesvliegen en aasvliegen. Verder is vastgesteld dat het PMD-materiaal dat binnen de inrichting wordt gehanteerd, een uitstekende ontwikkelingsbron voor vliegen is.
6. Verzoekster voert aan dat de rapportages van het KAD uit 2019 en 2020 geen grondslag bieden voor het standpunt van verweerder dat de vliegenoverlast die omwonenden ervaren van haar bedrijf afkomstig is. Volgens verzoekster is het onderzoek niet deugdelijk opgezet zodat niet aannemelijk is geworden dat haar inrichting de veroorzaker is van de gestelde vliegenoverlast. Ter onderbouwing daarvan heeft verzoekster twee rapportages van Sedgwick overgelegd van 9 juni 2020 en van 29 januari 2021. In die rapporten plaatst Sedgwick kritische kanttekeningen bij de onderzoeksmethoden van het KAD. Deze kanttekeningen hebben onder meer betrekking op de locaties van de vliegenvallen, de gebruikte lokstof, de analyse van het effect van andere factoren (wind en temperatuur) en de invloed van andere bronnen. Verzoekster heeft daarnaast gesteld dat zij in het recente verleden al omvangrijke en kostbare maatregelen heeft getroffen om het aantal vliegen binnen haar inrichting te verminderen. De nieuwe voorschriften in de omgevingsvergunning zijn ook daarom wat haar betreft te verstrekkend.
7. Naar het oordeel van de voorzieningenrechter vergt de vraag of verweerder de rapportages van het KAD uit 2019 en 2020 terecht aan het bestreden besluit ten grondslag heeft gelegd en of deze rapportages aanleiding gaven tot het wijzigen van de vergunningvoorschriften zoals verweerder dat heeft gedaan, nader onderzoek. Deze vraag leent zich daarom niet voor beantwoording in de voorlopige voorzieningenprocedure, maar zal in de bodemprocedure moeten worden beantwoord. Dit betekent dat de voorzieningenrechter geen (voorlopig) oordeel zal geven over de rechtmatigheid van het bestreden besluit.
8. De vraag of het bestreden besluit in afwachting van de uitspraak op het beroep geschorst dient te worden, moet daarom worden beantwoord aan de hand een afweging van de betrokken belangen. De voorzieningenrechter weegt de belangen van verzoekster die pleiten vóór het treffen van een voorlopige voorziening en de belangen van verweerder – en in het verlengde daarvan die van omwonenden van de inrichting – die pleiten tegen het treffen daarvan, als volgt.
9. Verweerder heeft ter zitting naar voren gebracht dat het belang van het in werking laten treden van het bestreden besluit is gelegen in het verminderen van vliegenoverlast voor omwonenden. Ter zitting heeft verweerder toegelicht dat verschillende omwonenden psychische klachten ervaren door de vliegenoverlast en overwegen om te verhuizen. Verweerder heeft in dat verband verwezen naar de in het dossier gevoegde memo van de GGD Rotterdam-Rijnmond van 2 april 2020. Hieruit volgt – samengevat weergegeven – dat overlast van vliegen gezondheidsrisico’s met zich kan meebrengen voor omwonenden.
10. Verzoekster heeft daartegenover gesteld dat het voldoen aan de nieuwe voorschriften aanzienlijke financiële inspanningen vergt zoals overwogen onder 3, terwijl onzeker is of het bestreden besluit in beroep zal standhouden.
11. Bij afweging van de betrokken belangen is de voorzieningenrechter van oordeel dat de belangen van verzoekster bij het schorsen van de voorschriften 1.1.1 tot en met 1.1.12 zwaarder wegen dan het belang van verweerder bij onmiddellijke inwerkingtreding van deze voorschriften. Daarbij neemt de voorzieningenrechter in aanmerking dat uit het dossier noch uit het verhandelde ter zitting duidelijk is geworden wat de precieze omvang en ernst is van de overlast die omwonenden ervaren. Duidelijk is dat omwonenden sinds enige jaren overlast ervaren en zich hierover in toenemende mate bij verweerder beklagen, maar een nadere onderbouwing van de ernst en omvang van de ervaren overlast ontbreekt vooralsnog. De rapportages van het KAD en het door verweerder overgelegde overzicht van het aantal meldingen per jaar biedt geen antwoord op de vraag naar de ernst en de omvang van de overlast. Deze kan evenmin uit het memo van de GGD Rotterdam-Rijnmond worden opgemaakt. Dit memo geeft namelijk enkel in algemene zin weer wat de gevolgen kunnen zijn van vliegenoverlast. Dat deze gevolgen daadwerkelijk worden ondervonden door inwoners van Heijplaat, volgt niet uit het dossier. Verder ontbreken vooralsnog vergelijkingen van het aantal aangetroffen vliegen in de woonwijk Heijplaat met vergelijkbare woonwijken, waarmee de ervaren overlast nader getalsmatig geduid zou kunnen worden. Verweerder heeft ter zitting toegelicht dat dit onderzoek momenteel wordt uitgevoerd en dat de resultaten hiervan later dit jaar bekend worden.
12. Gelet op bovenstaande onduidelijkheden over het belang aan de zijde van verweerder – en de omwonenden – bij onmiddellijke inwerkingtreding van het bestreden besluit, bestaat aanleiding het verzoek toe te wijzen. De voorzieningenrechter treft de voorlopige voorziening dat het bestreden besluit van 11 februari 2021, met uitzondering van de voorschriften 1.1.13 en 1.1.14, wordt geschorst tot zes weken na verzending van de uitspraak op het beroep.
13. Omdat de voorzieningenrechter het verzoek toewijst, bepaalt de voorzieningenrechter dat verweerder aan verzoekster het door haar betaalde griffierecht vergoedt.
14. De voorzieningenrechter veroordeelt verweerder in de door verzoekster gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de voorzieningenrechter op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 1.068,- (1 punt voor het indienen van het verzoekschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting met een waarde per punt van € 534,- en een wegingsfactor 1).