De rechtbank overweegt als volgt.
2.3 De rechtbank ziet zich allereerst geplaatst voor de vraag of verweerder eisers bezwaar terecht niet-ontvankelijk heeft verklaard. Hiertoe wordt, onder verwijzing naar de uitspraak van de Centrale Raad van Beroep (hierna: de Raad) van 13 juni 2005 (LJN: AT7365), als volgt overwogen. Verweerder was op grond van het bepaalde in artikel 6:18, eerste lid, Awb bevoegd om, ondanks het aanhangige bezwaar tegen het besluit van 13 november 2006 een nieuw (gewijzigd) besluit te nemen. Vervolgens stelt de rechtbank vast dat verweerder met het besluit van 16 januari 2007 volledig aan het bezwaar is tegemoetgekomen zodat verweerder, gelet op artikel 6:19, eerste lid, Awb, het bezwaar terecht niet mede tegen dat besluit gericht heeft geacht. De rechtbank volgt eiseres niet in haar standpunt dat zij, ondanks de totstandkoming van het besluit van 16 januari 2007, belang heeft gehouden bij de vaststelling in bezwaar van de rechtmatigheid van het gewijzigde besluit van 13 november 2006. Uit artikel 6:19, derde lid, Awb vloeit, nog daargelaten de vraag of deze bepaling voor het bezwaar feitelijk wel betekenis heeft, niet voort dat aan een beslissing op een verzoek om vergoeding van de kosten van de behandeling van het bezwaar steeds vernietiging van het bestreden besluit vooraf dient te gaan. Het bestuursorgaan kan en dient bij de - gelet op de systematiek van artikel 7:15, derde lid, Awb: afzonderlijke - beslissing op een dergelijk verzoek te erkennen of te betwisten dat het besluit waartegen bezwaar is gemaakt onrechtmatig was. Uit het voorgaande volgt dat eiseres geen belang meer heeft bij het bezwaar tegen het besluit van 13 november 2006, zodat verweerder dit terecht niet-ontvankelijk heeft verklaard.
2.4 Vervolgens ziet de rechtbank zich geplaatst voor de vraag of verweerder op juiste gronden het verzoek om vergoeding van proceskosten in bezwaar heeft afgewezen. Verweerder heeft volstaan met de stelling dat dit verzoek dient te worden afgewezen, omdat het bezwaar van eiseres niet-ontvankelijk is verklaard. De rechtbank volgt verweerder - wederom onder verwijzing naar de hierboven genoemde uitspraak van de Raad - niet in deze opvatting.
2.5 Ingevolge artikel 7:15, tweede lid, Awb worden de kosten die belanghebbende in verband met de behandeling van het bezwaar redelijkerwijs heeft moeten maken, door het bestuursorgaan uitsluitend vergoed op verzoek van de belanghebbende voorzover het bestreden besluit wordt herroepen wegens aan het bestuursorgaan te wijten onrechtmatigheid. De Raad heeft in bovengenoemde uitspraak geoordeeld dat het naar aanleiding van een daartegen gemaakt bezwaar geheel of gedeeltelijk intrekken van een primair besluit wegens gebleken onrechtmatigheid, voor de toepassing van artikel 7:15, tweede lid, Awb op één lijn moet worden gesteld met het geheel of gedeeltelijk herroepen - met toepassing van artikel 7:11 Awb - van een primair besluit wegens gebleken onrechtmatigheid. De Raad heeft voor dit oordeel uitdrukkelijke steun gevonden in de geschiedenis van de totstandkoming van de Wet van 24 januari 2002 (Stb. 55) tot wijziging van de Algemene wet bestuursrecht met betrekking tot de kosten van bezwaar en administratief beroep (kosten bestuurlijke voorprocedures) en heeft in dit verband verwezen naar de nota naar aanleiding van het verslag aan de Eerste Kamer (Kamerstukken I 2001/02, 27 024, nr. 17, p. 3).
2.6 De rechtbank stelt vast dat verweerder zich in dit verband niet heeft uitgelaten over de (on)rechtmatigheid van het besluit van 13 november 2007. Verweerder heeft enkel het verzoek om vergoeding van proceskosten afgewezen omdat het bezwaar niet-ontvankelijk is verklaard. Gelet op het voorstaande kon verweerder hier niet mee volstaan en had verweerder een (afzonderlijke) beslissing dienen te nemen op het verzoek om proceskostenvergoeding in bezwaar en de vraag of sprake was van een onrechtmatig besluit.
2.7 Het beroep zal dan ook gegrond worden verklaard. Het bestreden besluit moet worden vernietigd voor zover het betreft de afwijzing van het verzoek om vergoeding van proceskosten.
2.8 Voorts bestaat aanleiding voor een proceskostenveroordeling ten aanzien van verweerder.