2.1 Het college van burgemeester en wethouders van de gemeente Harlingen (B&W) hebben de besloten vennootschap Schelpkalkbranderij B.V. (hierna: Schelpkalkbranderij) op 23 januari 1990 een oprichtingsvergunning in de zin van de Hinderwet verleend voor het oprichten en in werking hebben van een kalkfabriek op het perceel Kanaalweg 33 te Harlingen. Tenzij hierna anders wordt aangegeven, zal Schelpkalkbranderij in dit vonnis worden aangeduid met de naam Schelpkalk.
2.2 Schelpkalk huurde het perceel aan de Kanaalweg sinds 28 februari 1989 van Philipse. De huurovereenkomst had een looptijd van tien jaar.
2.3 B&W hebben in 1992 de voorschriften van de hinderwetvergunning aangescherpt op het gebied van de beperking van stankoverlast. De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (verder: de Afdeling) heeft het hiertegen gerichte beroep van Schelpkalk in 1996 wegens een zorgvuldigheidsgebrek gegrond verklaard en het bestreden besluit vernietigd.
2.4 Philipse heeft begin 1998 de huurovereenkomst tegen 1 februari 1999 opgezegd en tegen deze datum de ontruiming aangezegd. De kantonrechter heeft op verzoek van Schelpkalk de ontruimingsverplichting tot 1 februari 2000 geschorst.
2.5 Bij besluit van 11 november 1998 hebben B&W opnieuw besloten om de aan de vergunning (die inmiddels aangemerkt moest worden als een vergunning in de zin van de Wet milieubeheer) verbonden voorschriften op het gebied van de beperking van stankoverlast aan te scherpen. Op grond van de gewijzigde vergunningvoorschriften moesten de stof- en stankveroorzakende emissies per 1 april 1999 gereduceerd worden.
2.6 Schelpkalk heeft tegen het sub 2.5 genoemde besluit beroep ingesteld bij de Afdeling en tevens een verzoek om voorlopige voorziening (schorsing van de vergunning) bij de Voorzitter van de Afdeling ingediend.
2.7 De Voorzitter heeft het schorsingsverzoek bij uitspraak van 10 maart 1999 afgewezen. De gewijzigde vergunning werd daarmee van kracht.
2.8 B&W en Schelpkalk zijn daarna in overleg getreden om een planning van de te treffen maatregelen te maken. B&W heeft in dat kader aan Schelpkalk meegedeeld dat zij de in de vergunning genoemde termijnen niet meteen strikt zou handhaven, mits Schelpkalk een gedetailleerd plan van aanpak zou overleggen, waaruit zou blijken dat daadwerkelijk binnen afzienbare termijn tot een geuremissiereductie zou worden gekomen.
2.9 Schelpkalk heeft vervolgens een plan van aanpak opgesteld. In het kader van de correspondentie die naar aanleiding van dat plan tussen Schepkalk en de gemeente is gewisseld, is van de zijde van de gemeente steeds benadrukt dat de te treffen maatregelen c.q. voorzieningen uiterlijk per 1 januari 2000 getroffen moesten zijn, bij gebreke waarvan overwogen zou worden om tot handhaving -in de zin van sluiting van de inrichting of het opleggen van een last onder dwangsom- over te gaan.
2.10 De toenmalige bestuurder van Schelpkalk (H. Coster) heeft B&W bij brief van 21 december 1999 verzocht om de termijn voor het voldoen aan de vergunningvoorschriften met drie maanden te verlengen. B&W hebben bij brief van 23 december 1999 dit verzoek afgewezen en Schelpkalk voorts geschreven: