De beoordeling van het geschil
4.1 Ingevolge artikel 2, categorie III, ten 4°, van de WWM worden - voor zover hier van belang - onder vuurwapens in de zin van deze wet verstaan alarm- en startpistolen en -revolvers, met uitzondering van alarm- en startpistolen die geen loop of een kennelijk verkorte, geheel gevulde loop hebben. Op grond van artikel 3, eerste lid, van de WWM zijn de bepalingen betreffende wapens mede van toepassing op onderdelen en hulpstukken die specifiek bestemd zijn voor die wapens en van wezenlijke aard zijn.
4.2 Op grond van artikel 7, tweede lid, van de WWM kan de korpschef het verlof intrekken onder meer indien er aanwijzingen zijn dat de houder daarvan het onder zich hebben van wapens of munitie niet langer kan worden toevertrouwd (sub b), in geval van misbruik van het verlof dan wel van wapens of munitie (sub c) en bij niet inachtneming van een aan het verlof verbonden beperking of voorschrift (sub e).
4.3 Op grond van artikel 41, eerste lid, aanhef en onder c, van de Flora- en faunawet (Ffw) wordt een jachtakte in ieder geval ingetrokken indien de houder misbruik heeft gemaakt van wapens of munitie dan wel van de bevoegdheid om wapens of munitie voorhanden te hebben, of indien er anderszins aanwijzingen zijn dat aan hem het voorhanden hebben van wapens en munitie niet langer kan worden toevertrouwd.
4.4 Ingevolge artikel 38, tweede lid, van de WWM volgen de korpschefs bij de uitvoering van deze wet de aanwijzingen van de minister van Justitie. De Circulaire wapens en munitie (hierna: de Circulaire) vormt een geheel van aanwijzingen als bedoeld in artikel 38, tweede lid, van de WWM. In paragraaf 1.2 van deel B van de Circulaire is aangegeven dat de termen "vrees voor misbruik" en "het niet langer kunnen toevertrouwen" in de WWM en de termen in de Ffw inhoudelijk samenvallen. Hetgeen in de Circulaire omtrent "vrees voor misbruik" en "het niet langer kunnen toevertrouwen" is aangegeven, geldt derhalve ook bij de toepassing van de Ffw.
4.5 Op grond van deel B, onder 8.2, van de Circulaire wordt als een deugdelijke bergplaats voor wapens en/of munitie uitsluitend aangemerkt een speciaal voor de opslag van wapens vervaardigde wapenkast/wapenkluis of een andere kluis die qua uitvoering en inbraakwerendheid daarmee kan worden gelijkgesteld. Een kluis dient deugdelijk te worden verankerd in de vloer of de muur van het gebouw tenzij de kluis van een dusdanig gewicht is dat het zo goed als uitgesloten is dat de kluis bij een inbraak kan worden meegenomen.
4.6 In deel B van de Circulaire is tot uitgangspunt genomen dat degene aan wie een vergunning wordt verleend voor het voorhanden hebben van wapens en/of munitie in een bijzondere positie komt te verkeren ten opzichte van zijn medeburgers, voor wie immers het algemene wettelijke verbod geldt om wapens of munitie voorhanden te hebben. Die positie brengt volgens de Circulaire met zich mee dat van de houder van een verlof stipte naleving van de (wapen)wettelijke voorschriften moet kunnen worden verlangd en dat van hem tevens wordt verwacht dat hij zich onthoudt van overtredingen die kunnen worden beschouwd als een (ernstige) aantasting van de rechtsorde. Volgens paragraaf 1.2 vormen wapens en munitie een potentieel ernstige bedreiging voor de veiligheid in de samenleving indien zij in handen komen van personen die onvoldoende betrouwbaar zijn om wapens en munitie voorhanden te hebben.
4.7 Derhalve wordt een restrictief beleid gevoerd waar het de toepassing van het criterium "geen vrees voor misbruik" betreft. Volgens dezelfde paragraaf is het intrekken van een verlof uitdrukkelijk geen strafrechtelijke sanctie, maar een maatregel ter bescherming van de veiligheid in de samenleving. Tegen de achtergrond van dit maatschappelijke belang, strekt het in de Circulaire neergelegde beleid er toe dat reeds geringe twijfel aan het verantwoord zijn van de gemaakte uitzondering voldoende reden wordt geacht om een jachtakte en een verlof in te trekken (zie de uitspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State van 31 december 2008, gepubliceerd op rechtspraak.nl, onder LJN BG8631).
4.8 De hoofdagent van politie [Y] heeft op 26 maart 2009 op ambtseed een proces-verbaal van bevindingen opgemaakt, waarin hij verklaart dat hij met verbalisant [Z] de wapencontrole bij [X] heeft uitgevoerd. Ook uit de aangifte van [Z] en uit het mutatierapport van 25 maart 2009 blijkt dat [Y], en niet een vrouwelijke agent, met [Z] aan de controle deelnam. De rechtbank ziet geen aanleiding te twijfelen aan de juistheid van de processen-verbaal.
4.9 Tussen partijen is niet in geschil dat het vogelafweerpistool van [X], bestaande uit een alarmpistool van het merk Rohm, type RG3, met schietbeker, verlofplichtig is. Naar het oordeel van de rechtbank heeft de minister zich, mede onder verwijzing naar de door [X] aangehaalde Bijlage 3, terecht op het standpunt gesteld dat het alarmpistool van [X], dat onweersproken een schroefdraad heeft, en de daarbij behorende schietbeker beschouwd moeten worden als essentiële onderdelen van een vuurwapen als bedoeld in artikel 2 van de WWM. Dit betekent dat, gelet op artikel 3 van de WWM, de bepalingen betreffende wapens, waaronder artikel 7 van de WWM, op beide onderdelen van toepassing zijn. Om die reden kan [X] niet gevolgd worden in zijn standpunt dat de WWM niet van toepassing is op zijn alarmpistool. In dat licht bezien is niet relevant dat [X] het alarmpistool in de praktijk ook zonder schietbeker placht te gebruiken. Ook dan is het wapen immers een essentieel onderdeel van een vuurwapen als bovenbedoeld.
4.10 Vervolgens is de rechtbank van oordeel dat de minister zich terecht en op goede gronden op het standpunt heeft gesteld dat [X] het vogelafweerpistool niet conform de voorschriften heeft opgeborgen. Gelet op het bepaalde in deel B, onder 8.2, van de Circulaire heeft de minister terecht aangenomen dat [X], door het vogelafweerpistool op te bergen in een compartiment in de kofferbak van zijn auto in plaats van in een speciaal voor de opslag van wapens vervaardigde wapenkast of -kluis, niet overeenkomstig dit voorschrift heeft gehandeld. De rechtbank kan het betoog van de minister dat dit een aanwijzing vormt om te vrezen dat [X] het onder zich hebben van wapens of munitie niet langer kan worden toevertrouwd of er reden is te vrezen voor misbruik, geheel volgen. Het feit dat de schietbeker volgens de verklaring van [X] wél in zijn wapenkast was opgeborgen, maakt dit, gelet op het bepaalde in artikel 3 WWM en het onder 4.9 overwogene, niet anders. Het feit dat de manier waarop hij het wapen in zijn auto opborg, bij eerdere controles niet tot opmerkingen heeft geleid, faalt reeds omdat hij daarvoor geen enkele onderbouwing heeft aangedragen.
4.11 Ook ten aanzien van het schietincident heeft de minister terecht aangenomen dat dit misbruik van het wapen vormt en de aanwijzing oplevert, dat [X] het onder zich hebben van wapens niet langer kan worden toevertrouwd. Het feit dat [X] onverwachts, op de openbare weg, met het alarmpistool op geringe afstand van het hoofd van [Z] een schot heeft gelost, rechtvaardigt dit standpunt van de minister. Dat het voor wat betreft dit incident voor [X] uiteindelijk is gebleven bij het betalen van een transactie, doet aan dat standpunt niet af, omdat de minister bij de vraag of een wapenverlof of jachtakte moet worden ingetrokken, een eigen beoordeling van de ernst van de overtreding van de voorschriften dient te maken. Daarbij heeft de minister terecht gesteld dat ook een transactie als deze bevestigt dat [X] het voorhanden hebben van wapens niet kan worden toevertrouwd.
4.12 In aanmerking genomen dat de minister zijn standpunt uitdrukkelijk niet alleen heeft gebaseerd op het - door de korpschef doorslaggevend geachte - schietincident, maar ook op het niet naleven van de voorschriften, komt de rechtbank dan ook tot de conclusie dat de minister in redelijkheid heeft kunnen oordelen dat het verlof en - gelet op artikel 41, eerste lid, aanhef en onder c, van de Ffw en paragraaf 1.2 van deel B van de Circulaire - de jachtakte van [X] moesten worden ingetrokken. In redelijkheid heeft hij daarbij het belang van de samenleving bij veiligheid laten prevaleren boven het belang van [X] bij het behoud van het verlof en de jachtakte.
4.13 De rechtbank zal het beroep ongegrond verklaren. Zij ziet geen aanleiding om een partij in de proceskosten te veroordelen.