Overwegingen
1. Op 1 maart 2012 heeft eiseres een aanvraag om een omgevingsvergunning ingediend voor de activiteit milieu voor een nieuwe, de gehele inrichting omvattende vergunning als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, onder e, van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo) en het veranderen van de inrichting als bedoeld in artikel 2.6 van de Wabo. Naar aanleiding van de tegen de aanvraag ingediende zienswijzen is de aanvraag aangepast. Door deze aanpassingen is tevens de activiteit het bouwen van een bouwwerk aangevraagd. De aanvraag is volgens verweerder in strijd met het bestemmingsplan “Buitengebied 2011”, aangezien de aangepaste aanvraag ook het gebruiken van hal E1, E2, en J voor (geconditioneerde) statische opslag van eieren betreft, welke opslag tevens de niet toegestane niet agrarische bedrijfsvoering omvat. Derhalve heeft verweerder de aangepaste aanvraag op grond van artikel 2.10, tweede lid, van de Wabo mede aangemerkt als een aanvraag om een omgevingsvergunning voor de activiteit het gebruiken van gronden of bouwwerken in strijd met een bestemmingsplan.
2. Verweerder stelt zich in het bestreden besluit - voor zover, gelet op de beroepsgronden, van belang - op het standpunt dat voor zover de aanvraag betrekking heeft op de beperkte opslag van eieren, verband houdend met de agrarische bedrijfsvoering op het perceel, dit is toegestaan. Dit geldt niet voor zover die opslag de niet toegestane niet-agrarische bedrijfsvoering betreft. In zoverre is de aanvraag in strijd met het bestemmingsplan “Buitengebied 2011”. De afwijkingsmogelijkheid van artikel 2.12, eerste lid, onder a, onder 3° van de Wabo acht verweerder niet toepasbaar. Het belang van de bescherming van het milieu verzet zich niet tegen het verlenen van de omgevingsvergunning voor zover het de activiteit milieu betreft. Omdat de gevraagde activiteit milieu echter onlosmakelijk is verbonden met de aangevraagde activiteiten bouwen en gebruik van de gebouwen in strijd met een bestemmingsplan, heeft verweerder de aangevraagde vergunning voor de activiteit milieu eveneens geweigerd.
3. Eiseres voert in beroep aan dat geen sprake is van activiteiten die onlosmakelijk met elkaar zijn verbonden als bedoeld in artikel 2.7, eerste lid, van de Wabo, omdat voor de (geconditioneerde) statische opslag van eieren in gebouw J eerder al een milieuvergunning is verleend en het derhalve een bestaand recht als bedoeld in artikel 2.6, derde lid, van de Wabo betreft. De (geconditioneerde) statische opslag van eieren is reeds voor het in werking treden van het vigerende bestemmingsplan aangevangen en betreft een toegelaten gebruik, zodat daarop het gebruiksovergangsrecht van toepassing is. Op grond van het bestemmingsplan ‘Buitengebied 1998” is statische opslag toegestaan. Onder statische opslag valt volgens eiseres mede de opslag van eieren van derden van derden, zolang deze eieren niet worden bewerkt of verhandeld. Gelet hierop heeft verweerder de activiteit opslag van eieren ten onrechte aangemerkt als strijdig met het bestemmingsplan.
4. In artikel 1.1 van de Wabo is bepaald dat onder onlosmakelijke activiteit wordt verstaan: activiteit die behoort tot verschillende categorieën activiteiten als bedoeld in de artikelen 2.1 en 2.2.
In artikel 2.7, eerste lid, van de Wabo is bepaald dat onverminderd het bepaalde in de artikelen 2.10, tweede lid, en 2.11, tweede lid, de aanvrager van een omgevingsvergunning er zorg voor draagt dat de aanvraag betrekking heeft op alle onlosmakelijke activiteiten binnen het betrokken project. In afwijking van de eerste volzin en onverminderd artikel 2.5 kan, indien één van die onlosmakelijke activiteiten een activiteit is als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, onder c, voor die activiteit voorafgaand aan en los van de overige onlosmakelijke activiteiten een aanvraag om een omgevingsvergunning worden ingediend.
In artikel 2.10, eerste lid, onder c, van de Wabo is bepaald dat voor zover de aanvraag betrekking heeft op een activiteit als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, onder a, de omgevingsvergunning wordt geweigerd indien de activiteit in strijd is met het bestemmingsplan.
5. De rechtbank stelt allereerst vast dat de gronden van beroep niet gericht zijn tegen de in het bestreden besluit opgenomen ‘overwegingen omtrent de activiteit milieu’, zodat de rechtbank dit gedeelte van het bestreden besluit buiten beoordeling laat. De beroepsgronden richten zich enkel tegen de in het bestreden besluit opgenomen ‘overwegingen activiteit gebruik van gronden of bouwwerken in strijd met een bestemmingsplan’ en ‘overwegingen bouwen’.
6. Voor wat betreft het betoog van eiseres dat geen sprake is van activiteiten die onlosmakelijk met elkaar zijn verbonden en dat sprake is van een bestaand recht als bedoeld in artikel 2.6, derde lid, van de Wabo, overweegt de rechtbank dat uit de beschikbare gegevens blijkt dat met de aanvraag om revisievergunning als aangevuld op 22 februari 2013 mede wordt beoogd om opslag van eieren van derden mogelijk te maken, met name in gebouw J (waar opslag eerder niet was vergund) en om daarvoor ook bouwactiviteiten te verrichten. Daaruit volgt dat de aangevraagde activiteiten niet los van elkaar kunnen worden gezien en tevens dat er sprake is van verdergaande activiteiten dan eerder waren vergund. Reeds daarom slaagt het betoog van eiseres niet.
7. De rechtbank stelt vervolgens vast dat verweerder de weigering in het bestreden besluit heeft gebaseerd op hetgeen in het bestemmingsplan “Buitengebied 2011” voor het betrokken perceel is bepaald. Dat plandeel is echter bij uitspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (Afdeling) van 5 februari 2015 vernietigd, waarbij de raad van de gemeente Weert is opgedragen om daarover opnieuw te beslissen. Tegen het ter uitvoering van die uitspraak door de raad genomen besluit tot vaststelling van het bestemmingsplan “Buitengebied 2011, 1e herziening” van 27 mei 2015 heeft eiseres beroep ingesteld bij de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State. Bij uitspraak van 30 september 2015 heeft de Voorzitter van de Afdeling dat verzoek afgewezen, hetgeen betekent dat genoemd reparatieplan vervolgens in werking is getreden. Nu de vernietiging van een bestemmingsplan in beginsel terugwerkende kracht heeft en er in een geval als dit geen reden is om van dat uitgangspunt af te wijken, terwijl de inwerkingtreding van het reparatieplan juist geen terugwerkende kracht heeft, moet de conclusie zijn dat het bestreden besluit wegens het hanteren van een toetsingskader dat onjuist moet worden geacht, in rechte geen stand kan houden.
8. Het beroep is gegrond en het bestreden besluit komt voor vernietiging in aanmerking.
9. De rechtbank ziet ervan af om te beoordelen of er reden is om de rechtsgevolgen van het vernietigde besluit in stand te laten dan wel zelf in de zaak te voorzien. Wat betreft het punt dat partijen inhoudelijk in de kern verdeeld houdt, te weten of de beoogde opslag van eieren voor derden als statische opslag is te beschouwen, is namelijk ter zitting gebleken dat zij verwachten hierover definitieve duidelijkheid te krijgen in het beroep dat eiseres bij de Afdeling heeft ingesteld tegen voormeld raadsbesluit van 27 mei 2015. Een inhoudelijk oordeel van de rechtbank over dat geschilpunt draagt dan ook niet bij aan definitieve geschillenbeslechting. Verweerder zal een nieuw besluit op de aanvraag moeten nemen. Gelet op het voorgaande ligt het in de rede dat verweerder de uitspraak in het bestemmingsplanberoep afwacht. De rechtbank zal dan ook met toepassing van artikel 8:72, vijfde lid, van de Algemene wet bestuursrecht als voorlopige voorziening treffen dat de termijn om een nieuw besluit te nemen wordt opgeschort tot de dag dat de uitspraak van de Afdeling in het bestemmingsplanberoep aan partijen wordt toegezonden dan wel dat het geding op andere wijze is beëindigd. Dit betekent dat de wettelijke beslistermijn feitelijk begint te lopen nadat de Afdeling uitspraak heeft gedaan.
10. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, bepaalt zij tevens dat verweerder aan eiseres het door haar betaalde griffierecht vergoedt.
11. De rechtbank veroordeelt verweerder in de door eiseres gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de rechtbank op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 980,- (1 punt voor het indienen van het beroepschrift en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een waarde per punt van € 490,- en een wegingsfactor 1).