Overwegingen
1. Na afloop van de zitting is de voorzieningenrechter tot de conclusie gekomen dat nader onderzoek niet kan bijdragen aan de beoordeling van de zaak. De voorzieningenrechter doet daarom op grond van artikel 8:86 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) niet alleen uitspraak op het verzoek om voorlopige voorziening, maar ook op het beroep.
2. De voorzieningenrechter gaat bij haar beoordeling uit van de volgende feiten.
Eiseres heeft het pand aan het [adres] te [woonplaats] (het pand) in september 2010 aangekocht. Bij besluit van 17 januari 2011 heeft verweerder aan eiseres ontheffing verleend van het destijds van toepassing zijnde bestemmingsplan voor gebruik van het pand voor kamergewijze verhuur. Op 18 februari 2013 heeft een controle in het pand plaatsgevonden door een inspecteur handhaving. Blijkens het controlerapport is geconstateerd dat het pand is omgebouwd naar 3 appartementen zonder dat hiervoor een omgevingsvergunning is aangevraagd of verleend. Deze bevindingen hebben niet geleid tot besluitvorming dan wel nadere acties van de zijde van verweerder. In 2016 heeft een toezichthouder van verweerder meerdere keren een controle uitgevoerd in het pand naar aanleiding van meldingen van prostitutie. Omdat tijdens deze controles overtredingen zijn geconstateerd, is op 22 juli 2016 door zowel verweerder als de burgemeester een vooraanschrijving aan eiseres gestuurd. Vervolgens zijn de onder Procesverloop weergegeven besluiten genomen.
3. Verweerder heeft aan het bestreden besluit ten grondslag gelegd dat het gebruik van het pand voor drie zelfstandige woningen in strijd is met het vigerende bestemmingsplan en dat de woning, in strijd met de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo) en het Besluit omgevingsrecht (Bor), is gesplitst zonder een daarvoor verleende omgevingsvergunning.
4. Eiseres voert aan dat het bestreden besluit in strijd is met diverse algemene beginselen van behoorlijk bestuur, waaronder het motiveringsbeginsel en het vertrouwensbeginsel.
5. Uit de gedingstukken en ter zitting is gebleken dat de prostitutie in het pand tijdens de bezwaarfase is beëindigd en dat in het bestreden besluit daarover, met instemming van partijen, geen beslissing is genomen.
6. Uit het primaire besluit blijkt dat verweerder aan de last ten grondslag heeft gelegd dat de woning illegaal is gesplitst en dat sprake is van strijd met de Wabo, het Bor en het Bouwbesluit. In bezwaar heeft eiseres aangevoerd dat er blijkens het primaire besluit sprake is van twee onzelfstandige woningen en een zelfstandige woning. Dat betekent volgens eiseres dat, gelet op de bij besluit van 17 januari 2011 verleende ontheffing voor kamergewijze verhuur, het pand in ieder geval mag worden gebruikt voor twee onzelfstandige woningen. De Commissie bezwaarschriften is in haar advies ingegaan op het gebruik van het pand. Verweerder heeft dit advies, onder handhaving van het primaire besluit, overgenomen en heeft ook in zoverre dus - en anders dan eiseres stelt - op de grondslag van het bezwaar beslist. De beroepsgrond dat sprake is van strijd met het motiveringsbeginsel slaagt daarom niet.
7. Tussen partijen is niet in geschil dat, mits wordt voldaan aan de eisen die het Bouwbesluit in verband met brandveiligheid stelt aan de (sub)compartimentering van het gebouw, de strijdigheid voor wat betreft de bouwkundige splitsing van het pand op zichzelf op eenvoudige wijze bouwtechnisch kan worden opgeheven en door het verlenen van een hiertoe strekkende omgevingsvergunning kan worden gelegaliseerd.
8. Ten aanzien van het huidige gebruik van het pand als drie zelfstandige woningen overweegt de voorzieningenrechter als volgt. Verweerder heeft bij besluit van 17 januari 2011 aan eiseres ontheffing verleend van het destijds van toepassing zijnde bestemmingsplan voor gebruik van het pand voor kamergewijze verhuur. Uit het primaire besluit van 5 oktober 2016 blijkt dat verweerder ook het gebruik van het pand voor begeleid wonen vergund acht omdat de vergunningaanvraag daarop betrekking had. Bij het besluit van 17 januari 2011 behoren als bijlagen de tekeningen van de begane grond, de eerste en de tweede verdieping van het pand. Ter zitting is vastgesteld dat op de tekeningen twee zelfstandige en één onzelfstandige woning (op de eerste verdieping) zijn ingetekend. Eiseres heeft ter zitting erkend dat het pand feitelijk wordt gebruikt voor drie zelfstandige woningen. Daarmee is naar het oordeel van de voorzieningenrechter sprake van met het bestemmingsplan strijdig gebruik.
9. Uit het voorgaande volgt dat verweerder in beginsel bevoegd is handhavend op te treden.
10. Gelet op het algemeen belang dat is gediend met handhaving zal, volgens vaste rechtspraak, in geval van overtreding van een wettelijk voorschrift het bestuursorgaan dat bevoegd is om met een last onder bestuursdwang of dwangsom op te treden, in de regel van deze bevoegdheid gebruik moeten maken. Slechts onder bijzondere omstandigheden mag van het bestuursorgaan worden gevergd dit niet te doen. Dit kan zich voordoen indien concreet zicht op legalisatie bestaat. Voorts kan handhavend optreden zodanig onevenredig zijn in verhouding tot de daarmee te dienen belangen dat van optreden in die concrete situatie behoort te worden afgezien.
11. Niet in geschil is dat eiseres geen omgevingsvergunning heeft aangevraagd voor de splitsing van het pand en het gebruik daarvan voor drie zelfstandige woningen. Voorts blijkt uit de gedingstukken en ook uit de verklaring van verweerder ter zitting dat verweerder niet bereid is aan legalisatie van dit gebruik van het pand mee te werken. Naar het oordeel van de voorzieningenrechter bestaat er dan ook geen concreet zicht op legalisatie. De rechtbank verwijst hierbij naar de vaste rechtspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State, zie bijvoorbeeld de uitspraak van 26 juni 2014, ECLI:NL:RVS:2014:2466, waaruit volgt dat het enkele feit dat verweerder niet bereid is gebruik te maken van zijn bevoegdheid om een omgevingsvergunning te verlenen, volstaat voor het oordeel dat geen concreet zicht op legalisatie bestaat. 12. Eiseres heeft aangevoerd dat zij aan de hele gang van zaken vanaf de zomer 2010 het vertrouwen heeft mogen ontlenen dat de bouwkundige situatie in het pand en het gebruik van het pand voor meerdere woningen conform de wet- en regelgeving was. Zij heeft slechts verzuimd op een etage een douche in te tekenen op de aanvraag voor toestemming voor begeleid wonen. Eiseres wijst er in dit verband op dat het pand het tiende pand was dat zij in Lelystad heeft aangekocht, dat zij dus al veelvuldig had samengewerkt met de gemeente, dat vóór de aankoop al contact is geweest met de vaste contactpersonen van de gemeente, dat, zoals gebruikelijk was, samen met hen is uitgezocht welke vergunningen mogelijk nog aangevraagd moesten worden en dat het pand op dat moment feitelijk al gesplitst was. Verder is in februari 2011 een ontheffing verleend voor kamerverhuur in het pand. Pas na klachten over prostitutie in 2016 heeft verweerder bij eiseres aangegeven dat sprake is van een illegale situatie. Eiseres mocht er op dat moment op vertrouwen dat alle benodigde vergunningen waren aangevraagd en verleend. Toen dit niet het geval bleek te zijn had verweerder daarom dienen af te zien van handhaving.
13. De voorzieningenrechter volgt eiseres niet in dit standpunt. Eiseres is immers bedrijfsmatig actief in het onroerend goed en het pand is, zoals eiseres zelf heeft verklaard, het tiende pand dat zij in Lelystad heeft aangekocht. Eiseres is dan ook een professionele partij, van wie mag worden verwacht dat zij zich er zelf (eventueel met professionele hulp) van vergewist dat de benodigde omgevingsvergunningen zijn verleend. De voorzieningenrechter ziet hierin dan ook geen bijzondere omstandigheid die meebrengt dat verweerder van handhavend optreden moet afzien.
14. Eiseres voert tot slot aan dat handhavend optreden onevenredig is gelet op de ratio van verweerders beleid inzake woningsplitsing, namelijk het voorkomen van overlast in de wijk door een hogere bevolkingsdruk. Van overlast of hinder is, op een kleine uitzondering na, volgens eiseres immers geen sprake. Naar het oordeel van de voorzieningenrechter brengt de enkele omstandigheid dat geen sprake zou zijn van hinder niet mee dat handhavend optreden onevenredig is in verhouding tot de daarmee te dienen belangen. De beroepsgrond slaagt niet.
15. Ook overigens zijn er geen zodanig zwaarwegende belangen gesteld, dat verweerder daaraan in redelijkheid meer betekenis had moeten toekennen dan aan het belang van een strikte handhaving
16. Het beroep is ongegrond.
17. Omdat het beroep ongegrond is, is er geen aanleiding om een voorlopige voorziening te treffen.
18. Voor een proceskostenveroordeling bestaat geen aanleiding.