Overwegingen
1. Voor de van belang zijnde feiten, de standpunten van partijen en de toepasselijke regelgeving verwijst de rechtbank naar de tussenuitspraak.
2. In de tussenuitspraak heeft de rechtbank geoordeeld dat het bestreden besluit niet deugdelijk is gemotiveerd. Hiertoe heeft de rechtbank overwogen dat, terwijl verweerder een actueel zakelijk samenwerkingsverband tot uitgangspunt heeft genomen, eiseres voorshands voldoende aannemelijk heeft gemaakt dat het zakelijke samenwerkingsverband ten tijde van het bestreden besluit al was verbroken.
3. Verweerder heeft in zijn brief van 22 januari 2020 zijn standpunt dat het zakelijke samenwerkingsverband ten tijde van het bestreden besluit nog actueel was, nader gemotiveerd. Subsidiair heeft verweerder zich op het standpunt gesteld dat het zakelijke samenwerkingsverband, ervan uitgaande dat dit is verbroken, ten tijde van het bestreden besluit nog steeds een ernstig gevaar als bedoeld in artikel 3 van de Wet Bibob opleverde. Eiseres heeft beide standpunten bestreden.
4. De rechtbank ziet in wat verweerder heeft aangevoerd in zijn brief van 22 januari 2020 geen aanleiding om af te wijken van het voorlopige oordeel dat het zakelijke samenwerkingsverband ten tijde van het bestreden besluit al was verbroken. Verweerder heeft onvoldoende feiten en omstandigheden gesteld waaruit blijkt dat [naam 1] en [naam 2] ten tijde van het bestreden besluit nog bij het café betrokken waren, in financieel opzicht of anderszins. Het enkele feit dat mogelijk sprake is van openstaande rekeningen tussen eiseres / [naam 3] en [naam 1] en [naam 2] is onvoldoende om te spreken van een actueel zakelijk samenwerkingsverband. Met betrekking tot de stelling van verweerder dat [naam 1] en [naam 2] feitelijk mede-eigenaar van het café zijn, verwijst de rechtbank naar overweging 5.5 (slot) van de tussenuitspraak.
5. Verweerder heeft, ter onderbouwing van zijn subsidiaire standpunt, aangevoerd dat na het Bibob-advies de financiële relatie tussen eiseres / [naam 3] en [naam 1] en [naam 2] niet geheel is beëindigd. De rechtbank is van oordeel dat verweerder dit voldoende aannemelijk heeft gemaakt. Het Bibob-advies bevat concrete aanwijzingen dat [naam 1] en [naam 2] bepaalde (financiële) belangen hadden in het café. Verder is in het verslag van het zienswijzegesprek op 25 augustus 2017 vermeld dat [naam 3] heeft verklaard dat hij bij [naam 1] een schuld heeft van € 7.500,--, dat [naam 1] en [naam 2] € 3.000,-- hebben ingebracht in het café en dat hij nog geld krijgt van [naam 1] . Dat [naam 3] deze feiten later heeft betwist, betekent niet dat verweerder de inhoud van het verslag niet zou mogen meewegen. Eiseres heeft in haar brief van 18 februari 2020 gesteld dat de rekeningen al lang geleden zijn vereffend, maar deze stelling heeft zij naar het oordeel van de rechtbank onvoldoende aannemelijk gemaakt. De rechtbank is van oordeel dat verweerder zich op het standpunt heeft kunnen stellen dat er rekening mee moet worden gehouden dat [naam 1] en [naam 2] de openstaande rekeningen op enig moment zullen willen vereffenen.
6. Verder heeft verweerder aangevoerd dat familieleden van [naam 1] en [naam 2] als beheerder op de vergunning waren bijgeschreven, zodat [naam 1] en [naam 2] ook via hen invloed hebben kunnen aanwenden. Volgens verweerder heeft eiseres, nadat het Bibob‑advies bekend was geworden, geen verzoek tot wijziging van de lijst van beheerders ingediend. Verweerder heeft verwezen naar de tapverslagen. Hierin is een verslag van een telefoongesprek tussen [naam 3] en [naam 1] opgenomen, waarin [naam 3] vraagt om de gegevens van de oom van [naam 2] , kennelijk om deze als beheerder aan te melden. Eiseres heeft deze stellingen van verweerder onvoldoende gemotiveerd betwist. De rechtbank acht deze stellingen daarom voldoende aannemelijk.
7. Voorts heeft verweerder aangevoerd dat eiseres/ [naam 3] en [naam 1] en [naam 2] in het verleden vaker hebben samengewerkt, namelijk ook in het kader van de exploitatie van [naam horecagelegenheid] . Eiseres heeft dit niet betwist.
8. De rechtbank begrijpt de hiervoor in 5 tot en met 7 weergegeven motivering van verweerders subsidiaire standpunt aldus dat, ook als aangenomen moet worden dat van een – intensieve – samenwerking tussen eiseres/ [naam 3] en [naam 1] en [naam 2] geen sprake meer is, er niettemin aanwijzingen zijn dat de banden niet geheel zijn verbroken, en dat daarom het risico bestaat dat [naam 1] en [naam 2] in de toekomst opnieuw bij het café betrokken zullen raken. De rechtbank is van oordeel dat verweerder hiermee zijn standpunt dat het zakelijke samenwerkingsverband, ervan uitgaande dat dit is verbroken, ten tijde van het bestreden besluit nog steeds een ernstig gevaar als bedoeld in artikel 3 van de Wet Bibob opleverde, voldoende heeft gemotiveerd. De rechtbank let hierbij ook op het aantal, de duur en de aard van de in het advies van het Bureau Bibob ten aanzien van [naam 1] en [naam 2] vermelde strafbare feiten.
9. Hoewel dus het primaire standpunt van verweerder geen stand houdt, heeft verweerder met zijn subsidiaire standpunt alsnog toereikend gemotiveerd dat sprake is van een ernstig gevaar als bedoeld in artikel 3 van de Wet Bibob. Hieruit volgt dat verweerder het motiveringsgebrek heeft hersteld.
10. De beroepsgrond dat niet is voldaan aan het samenhangcriterium van artikel 3, derde lid, aanhef en onder a, van de Wet Bibob, faalt. Verweerder heeft kunnen oordelen dat aan drugs en geweld gerelateerde strafbare feiten zich met regelmaat voordoen in horecabedrijven, zodat op die grond samenhang kan worden aangenomen.
11. De beroepsgrond dat sprake is van een onevenredige maatregel, slaagt evenmin. Verweerder heeft het algemeen belang (het voorkomen dat de overheid het plegen van strafbare feiten faciliteert) zwaarder mogen laten wegen dan de nadelige gevolgen van de intrekking van de vergunningen voor eiseres.
12. Omdat het bestreden besluit een gebrek bevat, is het beroep gegrond. Het bestreden besluit moet worden vernietigd. Verweerder heeft het gebrek echter hersteld. Daarom zal de rechtbank (op grond van artikel 8:72, derde lid, aanhef en onder a, Awb) de rechtsgevolgen van het bestreden besluit in stand laten.
13. Omdat het beroep gegrond is, zal de rechtbank bepalen dat verweerder aan eiseres het door haar betaalde griffierecht vergoedt.
14. De rechtbank zal verweerder veroordelen in de door eiseres gemaakte proceskosten. Deze kosten stelt de rechtbank op grond van het Besluit proceskosten bestuursrecht voor de door een derde beroepsmatig verleende rechtsbijstand vast op € 1.312,50 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen ter zitting, 0,5 punt voor de brief van 18 februari 2020, met een waarde per punt van € 525,- en wegingsfactor 1).