Overwegingen
1. Op grond van de stukken en de behandeling ter zitting gaat de rechtbank uit van de volgende feiten en omstandigheden.
Op 9 april 2014 heeft eiseres bij de havenmeester een verzoek ingediend voor een ligplaats in de Binnenhaven van Vlissingen. Op 15 september 2015 heeft eiseres het college meegedeeld dat de termijn om te beslissen op de aanvraag van 9 april 2014 is verstreken, zodat een liglaatsvergunning van rechtswege is ontstaan. Eiseres heeft het college verzocht om binnen twee weken over te gaan tot bekendmaking van de aan haar verleende liglaatsvergunning. Daarbij heeft eiseres het college in gebreke gesteld. Op 1 oktober 2015 heeft eiseres beroep ingesteld tegen het door het college niet tijdig bekend maken van een van rechtswege ontstane ligplaatsvergunning en subsidiair heeft zij beroep ingesteld tegen het niet tijdig beslissen op een aanvraag. Tevens heeft zij de voorzieningenrechter verzocht om een voorlopige voorziening te treffen.
In de uitspraak van 27 oktober 2015 (ECLI:NL:RBZWB:2015:6883) heeft de voorzieningenrechter het beroep niet-ontvankelijk verklaard en het verzoek om voorlopige voorziening afgewezen. Tegen deze uitspraak heeft eiseres hoger beroep ingesteld. In de uitspraak van 1 februari 2017 heeft de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (AbRS) het hoger beroep gegrond verklaard, de uitspraak van de voorzieningenrechter vernietigd en het college opgedragen om binnen acht weken na de verzending van de uitspraak een besluit te nemen en dit besluit op de wettelijk voorgeschreven manier bekend te maken.
Ter uitvoering van de uitspraak van de AbRS van 1 februari 2017 heeft het college op 21 maart 2017 (primair besluit) besloten om de gevraagde ligplaatsvergunning te weigeren. Eiseres heeft tegen dit besluit bezwaar gemaakt.
Bij besluit van 25 september 2017 heeft het college het bezwaar niet-ontvankelijk verklaard wegens het ontbreken van procesbelang. Bij uitspraak van 25 september 2018 (zaaknummer: 17/7052) heeft de rechtbank het beroep tegen het besluit van 25 september 2017 gegrond verklaard en dat besluit vernietigd. Daarbij heeft de rechtbank het college opgedragen om binnen zes weken na verzending van de uitspraak een nieuw besluit op bezwaar te nemen.
Bij het bestreden besluit heeft het college opnieuw op het bezwaar beslist. Het college heeft het bezwaar gegrond verklaard, het primaire besluit herroepen en voor de periode van oktober 2014 tot en met april 2015 een ligplaats geweigerd.
Het college heeft aan de weigering om een ligplaatsvergunning aan eiseres te verlenen ten grondslag gelegd dat in het gebied waarop de Havenverordening 2009 van toepassing is (het beheersgebied) geen ligplaats beschikbaar is, en zeker geen permanente.
2. Eiseres voert, kort samengevat, aan dat de ligplaatsvergunning voorrang heeft boven de privaatrechtelijke (feitelijke) situatie ter plaatse. Ten tijde van belang waren er nog voldoende ligplaatsvergunningen beschikbaar en zij heeft als eerste een ligplaatsvergunning aangevraagd.
3. Ingevolge artikel 1.3 van de Havenverordening 2009 kan het college vergunningen en toestemmingen verlenen alsmede aanwijzingen doen en/of geven en aan deze vergunningen, toestemmingen of aanwijzingen in de zin van artikel 9.1 beperkingen en voorschriften verbinden. De beperkingen en voorschriften mogen slechts strekken tot bescherming van het belang in verband waarmede de vergunning, toestemming of aanwijzing is vereist.
In het tweede lid is bepaald dat toestemmingen worden verleend voor een eenmalige gedraging of handeling. Vergunningen worden verleend voor een geldigheidsduur van ten hoogste 24 maanden; het college kan de geldigheidsduur telkens verlengen met ten hoogste 24 maanden.
Artikel 2.2 van de Havenverordening 2009 bepaalt:
1. Het is verboden met een schip ligplaats te nemen of zich met het schip op een ligplaats te bevinden, tenzij dit geschiedt in een geval als hierna bedoeld
a. in overeenstemming met ter plaatse aangebrachte, in artikel 2.1 bedoelde, tekens en nadere aanduidingen;
b. met uitdrukkelijke instemming van de eigenaar, huurder of erfpachter van een aan de ligplaats gelegen terrein;
c. met toestemming van het college.
2. Het college kan bij de in het eerste lid, onder c, bedoelde toestemming aanvullende voorwaarden verbinden.
3. Het college kan in afwijking van het eerste lid, onder b, het nemen of houden van ligplaats verbieden uit het oogpunt van orde, ordening, veiligheid of milieubelangen.
3. Ter beoordeling ligt aan de rechtbank de vraag voor of het college op goede gronden de aanvraag van eiseres om een ligplaatsvergunning in het beheersgebied voor de periode van oktober 2014 tot en met april 2015 heeft afgewezen.
4. Het college stelt zich op het standpunt dat de aanvraag van eiseres moet worden afgewezen omdat in de bedoelde periode er geen ligplaatsen in het beheersgebied beschikbaar waren. Blijkens het verhandelde ter zitting heeft het college voor de kades in het beheersgebied in eigendom van de gemeente voor de in geding zijnde periode geen ligplaatsvergunningen afgegeven. De gemeente heeft evenmin
privaatrechtelijke toestemmingen verleend om ligplaats in te nemen. Omdat zowel eiseres als het college voorts van mening zijn dat er in de in geding zijnde periode geen schepen op ligplaatsen lagen in verband met een ter plaatse aangebracht teken of nadere aanduiding, moet de conclusie zijn dat er geen rechtsgrond was voor de schepen die in die periode in het beheersgebied een ligplaats hadden ingenomen.
Het college heeft erop gewezen dat de rechtspersoon die voor de gemeente beheerder was van het beheersgebied, in het verleden toestemmingen heeft gegeven aan bepaalde schepen om ligplaatsen in te nemen en dat die schepen in oktober 2014 nog steeds die ligplaatsen innamen, alhoewel die schepen in oktober 2014 niet beschikten over een vergunning of toestemming om die ligplaatsen in te nemen. Daarmee erkent het college dat hij handhavend had kunnen optreden tegen deze schepen, waarmee het college een mogelijke ligplaats voor eiseres in het beheersgebied had kunnen creëren. Door van dit handhavend optreden af te zien, heeft het college een ongerechtvaardigde voorrangspositie voor deze schepen gecreëerd ten opzichte van het schip van eiseres. Uit het voorgaande volgt dat het college niet inzichtelijk heeft gemaakt dat aan de betreffende kades in het beheersgebied geen ligplaatsen beschikbaar waren, zodat het college aan de weigering om aan eiseres een liglaatsvergunning te verlenen ten onrechte ten grondslag heeft gelegd dat er geen ligplaats beschikbaar is. Dit betekent dat het college de door eiseres gevraagde ligplaatsvergunning op onjuiste gronden heeft geweigerd.
5. Het voorgaande leidt tot de conclusie dat het beroep gegrond is. Het bestreden besluit zal worden vernietigd.
6. De rechtbank ziet geen aanleiding de rechtsgevolgen van het bestreden besluit in stand te laten of zelf in de zaak te voorzien. Ook ziet de rechtbank geen aanleiding om een bestuurlijke lus toe te passen, omdat dat naar het zich laat aanzien geen doelmatige en efficiënte afdoeningswijze zou inhouden
7. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, moet het college aan eiseres het door haar betaalde griffierecht vergoeden.
8. De rechtbank veroordeelt het college in de door eiseres gemaakte proceskosten. De proceskosten worden berekend volgens het Besluit proceskosten bestuursrecht. Het college wordt veroordeeld om de kosten van rechtsbijstand te vergoeden. Deze kosten stelt de rechtbank vast op € 1.312,50 (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen op de zitting en 0,5 punt voor het verschijnen op de nadere zitting, met een waarde per punt van € 525,- en een wegingsfactor 1).
9. Eiseres heeft ter zitting verzocht om schadevergoeding wegens overschrijding van de redelijke termijn als bedoeld in artikel 6 van het Europees Verdrag voor de bescherming van de rechten van de mens en de fundamentele vrijheden (EVRM).
De redelijke termijn is voor een procedure in drie instanties in zaken zoals deze in beginsel niet overschreden als die procedure in haar geheel niet langer dan vier jaar heeft geduurd (uitspraak van de CRvB van 26 januari 2009, ECLI:NL:CRVB:2009:BH1009). De behandeling van het bezwaar mag ten hoogste een half jaar, de behandeling van het beroep ten hoogste anderhalf jaar en de behandeling van het hoger beroep ten hoogste twee jaar duren, terwijl doorgaans geen sprake is van een te lange behandelingsduur in de rechterlijke fase in haar geheel, als deze niet meer dan drie en een half jaar heeft geduurd. De omstandigheden van het geval kunnen aanleiding geven een langere behandelingsduur te rechtvaardigen. 10. Gerekend van (de ontvangst van) het beroepschrift van 1 oktober 2015 tot de datum van deze uitspraak zijn meer dan twee jaar verstreken. De rechtbank heeft noch in de zaak zelf, die niet als complex is aan te merken, noch in de opstelling van eiseres aanknopingspunten gevonden voor het oordeel dat in dit geval de totale lengte van de procedure meer dan twee jaar (zijnde een half jaar voor de behandeling van het bezwaar plus anderhalf jaar voor de behandeling van het beroep) zou mogen bedragen. De redelijke termijn is derhalve op 1 oktober 2017 overschreden. Vanaf de datum van ontvangst van het beroepschrift tot de datum van deze uitspraak zijn 4 jaar en 6 maanden verstreken. Dat betekent dat de redelijke termijn met 2 jaar en 6 maanden is overschreden. Gelet op het in rechtsoverweging 1 geschetste verloop van de procedure bedraagt de aan het college toe te rekenen overschrijding van de redelijke termijn in de twee bezwaarfasen 10 maanden. De overschrijding van de redelijke termijn in de rechterlijke fase bedraagt 1 jaar en 8 maanden.
11. De rechtbank zal, uitgaande van het forfaitaire tarief van € 500,- per half jaar dat de redelijke termijn is overschreden, waarbij het totaal van de overschrijding naar boven wordt afgerond, het college veroordelen tot betaling van een bedrag van € 1.000,- en de Staat der Nederlanden tot betaling van een bedrag van € 2.000,- aan eiseres als vergoeding voor de door haar geleden immateriële schade. De rechtbank zal het verzoek om schadevergoeding dan ook tot deze bedragen toewijzen.