2. Overwegingen
2.1. Appellante sub 1 heeft aangevoerd dat verweerders de grondslag van de aanvraag hebben verlaten omdat in het bestreden besluit substantieel andere geluidschermen zijn voorgeschreven dan de schermen waarop de aanvraag om vergunning betrekking heeft, de zogenoemde ES?variant.
2.2. Verweerders hebben er op gewezen dat in de aanvraag en de daarvan deel uitmakende akoestische rapporten verschillende schermvarianten zijn uitgewerkt. Hoewel appellante sub 1 expliciet heeft aangegeven dat zij voorkeur heeft voor het realiseren van de ES-variant laat dit volgens verweerders onverlet dat de verschillende varianten deel uitmaken van de aanvraag, zodat met het voorschrijven van de zogenoemde vergunningvariant niet de grondslag van de aanvraag wordt verlaten.
2.3. Appellante sub 1 heeft in de van de aanvraag deel uitmakende brief van 3 juni 1999 onder meer het volgende opgemerkt: “Wij hebben met u overleg gevoerd over de wijze waarop de aanvulling op de aanvraag moet worden vormgegeven. Na zorgvuldige overwegingen zijn wij tot de slotsom gekomen dat wij duidelijk en inzichtelijk moeten aangeven in de vergunningaanvraag welke maatregelen onzerzijds getroffen zullen worden. Dit is naar onze overtuiging ook in het belang van de omwonenden en belanghebbenden. Gezien het bovenstaande vraagt NS Railinfrabeheer u de geluidruimte te vergunnen die hoort bij de zogenaamde ES-variant, in het rapport G.96.0812.E ook wel variant 5 genoemd, met de daarbij horende schermhoogte zoals beschreven in de kolom “variant 5” in tabel 2 op pagina 11.”. Naar het oordeel van de Afdeling kan het hiervoor weergegeven verzoek van appellante sub 1 niet anders worden begrepen dan dat een milieuvergunning wordt gevraagd voor (het spoorwegemplacement en) het realiseren van de in de aanvraag genoemde ES-variant en het daarbij behorende beschermingsniveau tegen geluidhinder en niet voor het realiseren van de overige in de akoestische rapporten uitgewerkte schermvarianten.
2.4. Het vorenstaande laat onverlet dat door middel van het stellen van voorschriften maatregelen kunnen worden voorgeschreven die tot gevolg hebben dat wordt afgeweken van hetgeen is aangevraagd. Een dergelijk afwijken van de aanvraag om vergunning kan, zo volgt ook uit eerdere uitspraken van de Afdeling, niet zover gaan dat de grondslag van de aanvraag wordt verlaten. In verband met de vraag of daarvan in het onderhavige geval sprake is, is van belang dat de voorgeschreven schermvariant op grond van de in vergunningvoorschrift D.1.7 gegeven tabel 7 in die zin van de aangevraagde ES-variant afwijkt, dat meer en deels hogere schermen dienen te worden geplaatst. De in de ES-variant niet opgenomen schermen die op grond van voornoemd voorschrift wel dienen te worden geplaatst, hebben een totale lengte van enkele honderden meters en een hoogte, variërend van 4 tot 5,5 meter. Voorts is de hoogte van een aantal schermen in de ES-variant in het aan de vergunning verbonden voorschrift D.1.7 gewijzigd. Zo moet bijvoorbeeld scherm 230 (lengte 39 meter) 6 in plaats van 2 meter hoog worden. Het verschil in kosten van de ES-variant en de vergunningvariant bedraagt uitgaande van de door appellante sub 1 gehanteerde berekeningen globaal 5,5 miljoen euro (12 miljoen gulden) en uitgaande van de door verweerders gehanteerde berekeningen globaal 3,2 miljoen euro (7 miljoen gulden).
Gelet op vorenstaande verschillen is de Afdeling van oordeel dat verweerders door in plaats van de aangevraagde ES-variant de vergunningvariant voor te schrijven de grondslag van de aanvraag hebben verlaten, hetgeen in strijd is met het systeem van de Wet milieubeheer.
Verweerders hadden bij de beslissing op de door appellante sub 1 ingediende aanvraag dienen te beoordelen of ten aanzien van de aangevraagde ES-variant binnen het kader van de grondslag van de aanvraag voldoende bescherming tegen geluidhinder kan worden geboden op de verschillende beoordelingspunten en, zo zij menen dat dit niet het geval is, de gevraagde vergunning dienen te weigeren. Nu verweerders bij het bestreden besluit zijn uitgegaan van een verkeerde veronderstelling ten aanzien van de strekking van de aanvraag, kan de vraag of verweerders een juist beschermingsniveau tegen geluidhinder hebben vastgesteld in het kader van het onderhavige geding niet aan de orde komen. Het beroep van appellante sub 1 is gegrond.
2.5. De Afdeling ziet in het vorenstaande aanleiding om het gehele besluit te vernietigen en een beoordeling van de overige bezwaren van appellanten achterwege te laten. Omdat de bezwaren van appellanten sub 2, 3 en 4 niet los kunnen worden gezien van het hiervoor aangegeven gebrek ziet de Afdeling voorts aanleiding om de door hen ingestelde beroepen gegrond te verklaren.
2.6. Verweerders dienen op na te melden wijze in de proceskosten van appellanten sub 2 en 4 te worden veroordeeld. Ten aanzien van appellanten sub 1 en 3 is niet gebleken van proceskosten die voor vergoeding in aanmerking komen.