2. De beoordeling van het geschil
2.1 Ingevolge artikel 8:75a Awb kan, in geval van intrekking van het beroep omdat het bestuursorgaan geheel of gedeeltelijk aan de indiener van het beroepschrift is tegemoetgekomen, het bestuursorgaan op verzoek van de indiener bij afzonderlijke uitspraak met toepassing van artikel 8:75 Awb in de kosten worden veroordeeld. Het verzoek moet worden gedaan tegelijk met de intrekking van het beroep.
Aangezien appellantes beroep is ingetrokken omdat verweerder bij besluit van 1 september 2003 aan haar is tegemoetgekomen en appellante bij brief van 18 februari 2005 het beroep heeft ingetrokken en daarbij tegelijk heeft verzocht om een proceskostenveroordeling, komt het verzoek voor inwilliging in aanmerking.
2.2 Appellante is van mening dat zij recht heeft op (volledige) vergoeding van de zowel in de bezwaarfase als in de beroepsfase gemaakte proceskosten, omdat verweerder het primaire besluit en het bestreden besluit tegen beter weten in heeft genomen. Verweerders standpunt dat hij, gelet op de beschikking van de Commissie, gehouden was tot terugvordering over te gaan, is immers onhoudbaar. Appellante heeft verzocht op grond van artikel 2, derde lid, van het Besluit proceskosten bestuursrecht (hierna: het Besluit) een hogere dan de forfaitaire vergoeding toe te kennen.
2.3 Verweerder heeft gemotiveerd verweer gevoerd.
2.4 Het College stelt vast dat, nu de thans in de Awb opgenomen regels over de vergoeding van in bezwaar gemaakte kosten geen toepassing vinden in het onderhavige geval, er volgens vaste rechtspraak slechts plaats is voor vergoeding van de kosten van de bezwaarprocedure, indien de primaire besluitvorming dermate ernstige gebreken vertoont dat gezegd moet worden dat het bestuursorgaan tegen beter weten in een onrechtmatig besluit heeft genomen.
Anders dan appellante meent, is er geen grond voor het oordeel dat verweerder het primaire besluit van 7 april 1999 tegen beter weten in heeft genomen. Verweerder is bij het nemen van het primaire besluit uitgegaan van de juistheid van de opvatting van de Commissie dat de productie van EMHV niet steunwaardig was. Er is rechtens geen grond om te oordelen dat verweerder met het oog op zijn verantwoordelijkheid als nationale uitvoeringsinstantie deze opvatting van de Commissie vooralsnog niet tot de zijne mocht maken. Dat met eerdergenoemd arrest van het Hof van Justitie uiteindelijk is gebleken dat deze opvatting onjuist was, is evenmin grond om te oordelen dat de primaire besluitvorming dermate ernstige gebreken vertoont dat gezegd moet worden dat verweerder tegen beter weten in het besluit van 7 april 1999 heeft genomen.
Dit brengt mee dat er geen grond is verweerder met toepassing van artikel 8:73a Awb juncto artikel 8:73 Awb te veroordelen tot vergoeding van de door appellante in bezwaar gemaakte proceskosten.
2.5 Ingevolge artikel 2, derde lid, van het Besluit kan in bijzondere omstandigheden van de forfaitaire bedragen van het eerste lid worden afgeweken. Blijkens de nota van toelichting bij het Besluit (Stb. 1993, 673) is de mogelijkheid tot afwijking bedoeld voor uitzonderlijke gevallen waarin strikte toepassing van de regeling onrechtvaardig kan uitpakken. Als voorbeeld wordt genoemd het geval waarin de burger door gebrekkige informatievoorziening door de overheid op uitzonderlijk hoge kosten voor het verzamelen van het benodigde bewijsmateriaal is gejaagd.
Appellante is van opvatting dat van een uitzonderlijk geval sprake is, nu verweerder het primaire besluit, dat in het bestreden besluit is gehandhaafd, tegen beter weten in heeft genomen. Deze opvatting kan reeds gelet op hetgeen onder 2.4 is overwogen, niet slagen. Ook overigens is niet gebleken dat het hier een uitzonderlijk geval in voornoemde zin betreft.
Het College komt tot de conclusie dat verweerder voor de beroepsfase in de proceskosten dient te worden veroordeeld, welke met toepassing van het Besluit worden vastgesteld op
€ 724,50 (1 punt voor het beroepschrift en 0,5 punt voor de zienswijze van 25 april 2003;
€ 322,- per punt, wegingsfactor 1,5).
Voorts dient verweerder ingevolge artikel 8:41, vierde lid, Awb het door appellante betaalde griffierecht te vergoeden.