5. De beoordeling van het geschil
5.1 Het geschil tussen partijen betreft de vraag of aan appellante terecht MEP-subsidies zijn verleend met toepassing van het nultarief zoals dat ná inwerkingtreding van het Wijzigingsbesluit met terugwerkende kracht met ingang van 18 augustus 2006 gold.
5.2 Ingevolge artikel 8:2, aanhef en onder a, van de Algemene wet bestuursrecht (hierna: Awb) kan geen beroep worden ingesteld tegen een besluit inhoudende een algemeen verbindend voorschrift. Deze bepaling staat er evenwel niet aan in de weg dat de rechtmatigheid van dit algemeen verbindend voorschrift in het kader van een beroep tegen een concreet, appellante rechtstreeks in haar belang treffend besluit, bij wege van exceptieve toetsing wordt beoordeeld. Het College volgt verweerder dan ook niet in zijn opvatting dat appellante ten onrechte in haar bezwaren is ontvangen.
5.3 Het betoog van appellante dat het Wijzigingsbesluit wegens strijd met artikel 72p van de Wet onverbindend moet worden geacht, faalt. Weliswaar voorziet deze bepaling niet expliciet in de bevoegdheid om eenmaal vastgestelde vaste bedragen nadien nog te wijzigen, maar het bestaan van een dergelijke bevoegdheid is in deze bepaling ook niet uitgesloten. Zoals blijkt uit de Memorie van Toelichting bij de wijziging van de Wet ten behoeve van de stimulering van de milieukwaliteit, is met deze bepaling, die voorziet in een jaarlijkse aanpassing bij ministeriële regeling van de hoogte van de subsidies aan de marktomstandigheden, beoogd een zekere mate van flexibiliteit te scheppen binnen het systeem van de MEP-subsidieregeling (TK 2002-2003, 28 665, nr. 3, p. 7). Voorts volgt uit het eerste lid van deze bepaling dat het vaste bedrag 0 eurocent per kilowattuur kan bedragen. Gelet hierop is het College van oordeel dat artikel 72p van de Wet zich er niet tegen verzet dat vaste bedragen die op grond van deze bepaling zijn vastgesteld, nadien nog worden gewijzigd en worden vastgesteld op € 0,00 per kilowattuur.
5.4 Evenmin acht het College het Wijzigingsbesluit onverbindend wegens strijd met het vertrouwensbeginsel. Het College is van oordeel dat, gelet op het hiervoor onder 5.3 overwogene, aan de enkele vaststelling van de vaste bedragen ter stimulering van de MEP voor het jaar 2007 bij besluit van 20 december 2004 niet het gerechtvaardigd vertrouwen kon worden ontleend dat deze bedragen nadien niet meer zouden worden gewijzigd.
5.5.1 Dat neemt niet weg dat de toepassing van het Wijzigingsbesluit in een concreet geval strijd met het vertrouwensbeginsel kan opleveren. Deze situatie doet zich naar het oordeel van het College hier voor. Dienaangaande overweegt het College als volgt.
5.5.2 Bij brief van 31 augustus 2004 (TK 2003-2004, 28 665, nr. 49) heeft verweerder aan de Tweede Kamer de eerste evaluatie van de MEP-subsidieregeling aangeboden en de uitkomst van deze tussenevaluatie in hoofdlijnen toegelicht. Blijkens deze toelichting kan de MEP-subsidieregeling op het punt van zekerheid voor investeerders en financiers in duurzame projecten – één van de belangrijkste uitgangspunten van die regeling – nog worden verbeterd. Daarbij is als maatregel om deze verbetering te bewerkstelligen genoemd, vaststelling van de nieuwe vaste bedragen ter stimulering van de MEP twee jaar voordat de betreffende periode ingaat. Dit is een half jaar eerder dan tot dan toe gebruikelijk was.
5.5.3 Verweerder heeft aan deze maatregel uitvoering gegeven door in december 2004 de vaste bedragen voor het jaar 2007 vast te stellen. Desgevraagd heeft appellante ter zitting toegelicht dat zij in het vertrouwen dat deze vastgestelde bedragen voor dat jaar zouden blijven gelden, vanaf eind 2005 heeft geïnvesteerd in de aanschaf van nieuwe motoren voor en renovatie van de productie-installaties waarop de bestreden besluiten betrekking hebben en aanzienlijke kosten heeft gemaakt om deze investeringen te realiseren. Dat is door verweerder niet weersproken. Naar het oordeel van het College is het onder deze omstandigheden in strijd met het vertrouwensbeginsel, indien vervolgens ten nadele van appellante bij de verlening van de door haar aangevraagde subsidies wordt gerekend met het nultarief in plaats € 0,013 per kilowattuur.
5.6 Het hiervoor overwogene leidt het College tot de slotsom dat verweerder in het beroep van appellante op het vertrouwensbeginsel ten onrechte geen aanleiding heeft gezien om in de hier voorliggende gevallen ten aanzien van haar het Wijzigingsbesluit, voorzover het de vaststelling van het nultarief (artikel II, onder C) en het verlenen van terugwerkende kracht (artikel IV) betreft, buiten toepassing te laten.
5.7 Het beroep is derhalve gegrond en de bestreden besluiten moeten worden vernietigd. Gelet hierop behoeven de overige gronden geen bespreking. Verweerder dient opnieuw op de bezwaarschriften van 16 augustus 2007 (AWB 08/532 en AWB 08/533) en 23 januari 2008 (AWB 08/534) te beslissen, met inachtneming van deze uitspraak. Dit laatste betekent, onder meer, dat verweerder in de nieuw te nemen besluiten dient uit te gaan van de vaste bedragen ter stimulering van de MEP die zijn vastgesteld bij besluit van 20 december 2004, en nadien gewijzigd bij besluiten van 8 december 2005 en 9 juni 2006.
5.8 Het College ziet aanleiding voor een proceskostenveroordeling met toepassing van artikel 8:75 van de Awb. Op de voet van het Besluit proceskosten bestuursrecht (hierna: Bpb) worden de kosten voor beroepsmatig verleende rechtsbijstand vastgesteld op € 644,--. Er is sprake van samenhangende zaken als bedoeld in artikel 3 Bpb, als gevolg waarvan voor deze zaken gezamenlijk 1 punt voor het indienen van de beroepschriften en 1 punt voor het verschijnen ter zitting, met een wegingsfactor 1 en een waarde van € 322,-- per punt, wordt toegekend.