De rechtbank heeft het beroep gegrond verklaard, waarbij zij heeft overwogen:
“4.1. Ingevolge artikel 11, derde lid, van de Algemene wet inzake rijksbelastingen (hierna: AWR) vervalt de bevoegdheid tot het vaststellen van de aanslag door verloop van drie jaren na het tijdstip waarop de belastingschuld is ontstaan. Indien voor het doen van aangifte uitstel is verleend, wordt deze termijn met de duur van dit uitstel verlengd.
4.2 Gelet op artikel 11, vierde lid, van de AWR wordt de belastingschuld, waarvan de grootte eerst kan worden vastgesteld na afloop van het tijdvak waarover belasting wordt geheven, geacht te zijn ontstaan op het tijdstip waarop dat tijdvak eindigt. De aanslag inkomstenbelasting over het jaar 2001 had derhalve uiterlijk op 31 december 2004 moeten zijn opgelegd, behoudens in geval van verleend uitstel voor het doen van aangifte. De aanslag is opgelegd in april 2005, derhalve na de driejaarstermijn.
4.3.Tussen partijen is niet in geschil dat om uitstel is verzocht voor het indienen van de aangifte inkomstenbelasting van belanghebbende voor het jaar 2001. Eiser stelt dat de bevoegdheid tot het vaststellen van de onderhavige aanslag is vervallen op 31 december 2004 en bestrijdt dat uitstel voor het indienen van de aangifte is verleend op een voor hem kenbare wijze. Verweerder stelt dat uitstel tot het inleveren van het aangiftebiljet IB/PVV over 2001 is verleend tot 1 januari 2003 en dat dit tevens schriftelijk is bevestigd door middel van een geautomatiseerde brief en dat de termijn waarbinnen de aanslag kon worden vastgesteld dientengevolge is verlengd met negen maanden, zodat de bevoegdheid tot het vaststellen van aanslag is komen te vervallen op 1 oktober 2005.
4.4. Een redelijke bewijslastverdeling brengt mee dat verweerder zijn stelling dat uitstel is verleend voor het indienen van de onderhavige aangifte, en dat zulks voor belanghebbende althans diens toenmalige gemachtigde duidelijk kenbaar was, aannemelijk maakt.
4.5. Het geschil spitst zich toe op het vereiste of het uitstel op een voor eiser - althans diens gemachtigde- duidelijk kenbare wijze is verleend. Dit vereiste vindt zijn grondslag in de rechtszekerheid voor de belastingplichtige, die de norm van artikel 11 AWR beoogt te waarborgen. De enkele omstandigheid dat eiser uit de gedragingen van verweerder heeft kunnen opmaken dat het gevraagde uitstel – stilzwijgend - is verleend, is daartoe onvoldoende (vergelijk de arresten HR 5 december 1990, nr. 26 521, BNB 1991/25 en HR 29 januari 1997, nr. 31.872, BNB 1997/159). Uit de stukken blijkt niet dat verweerder aan eiser duidelijk kenbaar heeft gemaakt dat uitstel is verleend. Naar het oordeel van de rechtbank maakt verweerder, op wie de bewijslast rust, tegenover de uitdrukkelijke weerspreking door eiser, met het enkel overleggen van de ‘schermprints’ uit zijn eigen administratie onvoldoende aannemelijk dat aan eiser op haar verzoek uitstel is verleend en dit verleende uitstel aan haar kenbaar is gemaakt. Ook de stelling van verweerder dat uit de zinsnede “nog enig uitstel verlenen” (zie hiervoor onder 2.4 en 2.5) blijkt dat eiser bekend was met eerder door verweerder verleend uitstel, volgt de rechtbank niet. Mitsdien moet worden aangenomen dat de bevoegdheid tot het vaststellen van de betreffende aanslag als vermeld in artikel 11, derde lid, AWR ten tijde van het opleggen van de aanslag was komen te vervallen, zodat die aanslag moet worden vernietigd.
4.6. Eisers stelling dat de in de aanslag verrekende voorheffing dient te worden teruggeven nu de aanslag wordt vernietigd, kan niet worden gevolgd. Zoals de Hoge Raad heeft overwogen (Hoge Raad 16 oktober 1991, BNB 1991, 339)is de loonbelasting een zelfstandige heffing die mede strekt tot vooruitbetaling op een materiële belastingschuld, die door de vooruitbetaling (gedeeltelijk) wordt voldaan. De overschrijding van de termijn van artikel 11, derde lid, AWR brengt niet met zich mee dat de belastingschuld teniet gaat. In deze zaak is geen sprake van voorheffingen die het bedrag van de materiële belastingschuld overtreffen, hetgeen meebrengt dat geen plaats is voor enige teruggave van voorheffingen aan eiser.”