4. Beoordeling van het geschil
4.1. In hoger beroep klaagt belanghebbende in de eerste plaats erover dat de Rechtbank zich niet heeft gehouden aan de termijn van zes weken voor het doen van een uitspraak. Die klacht kan belanghebbende niet baten. De termijn van zes weken, zoals opgenomen in artikel 8:66 van de Algemene wet bestuursrecht betreft immers een termijn van orde. Op overschrijding ervan bestaat geen sanctie (Kamerstukken II 1996-1997, 25 175, nr. 3, blz. 21). Voor vernietiging van de uitspraak van de Rechtbank op deze grond bestaat, anders dan belanghebbende bepleit, geen aanleiding.
4.2. Belanghebbende klaagt kennelijk voorts erover dat de uitspraak op bezwaar van 17 november 2009 buiten de wettelijke – in artikel 7:10 van de Algemene wet bestuursrecht vervatte – termijn voor het doen van een uitspraak op bezwaar is gedaan. In aanmerking genomen dat de uitspraak van 17 november 2009 reeds door de Rechtbank bij uitspraak van 2 december 2010 is vernietigd en daartegen door partijen geen rechtsmiddelen zijn aangewend – zodat die beslissing onherroepelijk is geworden – heeft belanghebbende in zoverre geen belang bij zijn klacht. Voor zover belanghebbende betoogt dat de overschrijding van de termijn voor het doen van een uitspraak op bezwaar meebrengt dat de aanslagen worden verminderd, is dat betoog – gelijk de Rechtbank heeft geoordeeld – onjuist. Bij overschrijding van bedoelde termijn is een belastingplichtige – onder voorwaarden – gerechtigd zich rechtstreeks tot de belastingrechter te wenden.
4.3. Opmerking verdient evenwel nog het volgende. De Inspecteur heeft, naar hij heeft erkend en volgt uit de in onderdeel 2 van deze uitspraak beschreven gang van zaken, in deze procedure verschillende formeelrechtelijke steken laten vallen. Dit vormt reeds grond de Inspecteur te veroordelen in de proceskosten die belanghebbende in deze procedure redelijkerwijs heeft moeten maken.
4.4. Voorts dient te worden opgemerkt dat de Inspecteur in zijn herziene uitspraak op bezwaar het door belanghebbende tegen de onderhavige aanslag IB/premie VV 2006 ingediende bezwaar ongegrond heeft verklaard. De Rechtbank heeft die uitspraak bevestigd. De Inspecteur en de Rechtbank hebben hierbij echter over het hoofd gezien dat de aanslag, naar tussen partijen niet in geschil, in ieder geval dient te worden verminderd tot een aanslag, berekend naar een belastbaar inkomen uit werk en woning van € 205.056. Het Hof zal die fout in ieder geval herstellen.
4.5. Met betrekking tot het perceel heeft belanghebbende zich op het standpunt gesteld dat, nu het perceel sinds het begin van de jaren tachtig van de vorige eeuw niet langer een functie vervulde in zijn onderneming, het destijds verplicht naar het privévermogen had moeten worden overgebracht. Deze fout kan, aldus belanghebbende, in het onderhavige jaar worden hersteld met toepassing van de zogenoemde foutenleer. De Inspecteur heeft dit standpunt gemotiveerd bestreden.
4.6. Bij de beoordeling van de vraag of het standpunt van belanghebbende als juist kan worden aanvaard, dient te worden vooropgesteld dat tussen partijen niet in geschil is dat het perceel in de jaren zeventig terecht tot het ondernemingsvermogen is gerekend. Voorts dient te worden vooropgesteld dat het perceel verplicht tot het privévermogen dient te worden gerekend wanneer het voortaan geheel of nagenoeg geheel wordt gebezigd voor privédoeleinden.
4.7. Tegenover de gemotiveerde betwisting door de Inspecteur, is belanghebbende erin geslaagd aannemelijk te maken dat het perceel vanaf het begin van de jaren tachtig geen, althans nagenoeg geen enkele functie meer vervult in zijn onderneming. Uit de vastgestelde feiten, het onderzoek ter plaatse door het Hof en de geloofwaardige verklaringen van belanghebbende op dit punt, heeft het Hof die overtuiging gekregen. De omstandigheid dat in de koopovereenkomst de hiervoor in 2.9 genoemde bepalingen zijn opgenomen, doet hieraan niet af, aangezien aannemelijk is, zoals belanghebbende ter zitting desgevraagd heeft verklaard, dat destijds bij het tekenen van de koopovereenkomst geen aandacht is besteed aan de betreffende bepalingen van de door de notaris opgestelde koopovereenkomst en deze bepalingen niet stroken met de feiten. De omstandigheid dat het perceel incidenteel wordt bezocht door de klanten van de kwekerij, doet evenmin af aan die conclusie, aangezien zulks – naar het Hof aannemelijk acht – niet in die mate geschiedt dat niet langer kan worden gezegd dat het perceel nagenoeg geheel voor privédoeleinden wordt aangewend. Hetgeen de Inspecteur overigens nog heeft aangevoerd, doet evenmin af aan voormelde conclusie dat het perceel vanaf het begin van de jaren tachtig geen (of nagenoeg geen) enkele functie meer in de onderneming van belanghebbende vervulde. Dit betekent dat het perceel in die jaren tachtig – en in ieder geval uiterlijk per 31 december 1985 – verplicht naar het privévermogen van belanghebbende had moeten worden overgebracht.
4.8. Wanneer, zoals hier, een onroerende zaak diende te worden overgebracht naar het privévermogen van een ondernemer, doch de gevolgen daarvan in de aangegeven en bij de vaststelling van de aanslagen in aanmerking genomen jaarwinsten niet tot uitdrukking zijn gekomen, moet die onroerende zaak voorshands als ondernemingsvermogen worden behandeld (HR 29 juni 1988, nr. 24 899, LJN ZC3858, BNB 1989/1).
4.9. In een zodanig geval staat het echter zowel aan de inspecteur als aan de belastingplichtige vrij de onjuistheid te herstellen. De uit de waardering van de onroerende zaak voortvloeiende stille reserve die bij de overgang tot uitdrukking diende te komen, wordt alsdan in aanmerking genomen als winst van het jaar waarin dit herstel plaatsvindt; deze winst wordt gesteld op het dan bestaande verschil tussen de waarde in het economische verkeer en de boekwaarde van de betrokken zaak. Een en ander lijdt evenwel uitzondering indien en voor zover de belastingplichtige aannemelijk maakt dat aldus een hoger bedrag als belasting wordt geheven dan uit een juiste wetstoepassing zou zijn voortgevloeid, of dat herstel op deze wijze anderszins tot een onredelijke uitkomst leidt. Alsdan dient de inspecteur de belastingplichtige hetzij met betrekking tot het bedrag van de verschuldigde belasting, hetzij met betrekking tot het tijdstip waarop het herstel plaatsvindt, een redelijke tegemoetkoming te bieden (HR 29 juni 1988, nr. 24 899, LJN ZC3858, BNB 1989/1).
4.10. Belanghebbende wenst – met een beroep op de zogenoemde foutenleer – de onjuistheid van de etikettering van het perceel in het onderhavige jaar (2006) te herstellen. Zoals volgt uit het zo-even genoemde arrest dient bij de overgang in 2006 van het perceel naar het privévermogen als regel een winst in aanmerking te worden genomen die bestaat uit het verschil tussen de waarde in het economische verkeer van het perceel op dat moment en de boekwaarde ervan. Gelet op de door belanghebbende met de projectontwikkelaars op 13 februari 2006 gesloten koopovereenkomst met betrekking tot het perceel, waarbij een koopsom van € 1.650.000 is overeengekomen, acht het Hof aannemelijk – in aanmerking genomen dat ervan mag worden uitgegaan dat aan de koopovereenkomst een periode van onderhandelingen is vooraf gegaan – dat het perceel aan het begin van het jaar 2006 een waarde in het economische verkeer had van € 1.650.000. Dit betekent dat in beginsel een winst van € 1.650.000 -/- € 25.238 is € 1.624.762 in aanmerking zou moeten worden genomen.
4.11. In de stellingen van belanghebbende ligt besloten dat hij zich erop beroept dat aldus een hoger bedrag als belasting wordt geheven dan uit een juiste wetstoepassing zou zijn voortgevloeid en daarom een redelijke tegemoetkoming dient te worden geboden. Naar het oordeel van het Hof treft dat beroep doel. In aanmerking genomen dat het hier gaat om grond waarop niet kan worden afgeschreven en ook – naar tussen partijen niet in geschil is – anderszins de jaarwinstbepaling in het verleden niet heeft geraakt, is – gezien de onder overweging 2.21 opgenomen resultaten van de gezamenlijke taxatie – aannemelijk dat wanneer de berekening in overweging 4.10 zou worden gevolgd, een veel hoger bedrag als belasting wordt geheven dan uit een juiste wetstoepassing zou zijn voortgevloeid. In het kader van een redelijke tegemoetkoming acht het Hof het voor de berekening van de stille reserve die bij de overgang van de onroerende zaak in het onderwerpelijke jaar tot uitdrukking dient te komen redelijk om uit te gaan van de door belanghebbende – ter zitting van het Hof van 18 april 2013 desgevraagd – bepleite waarde in het economische verkeer van € 68.067, zoals door de taxateurs in het kader van de gezamenlijke taxatie is bepaald, verminderd met de boekwaarde van € 25.238, derhalve € 42.829. Opmerking verdient nog dat het Hof onderkent dat bij toepassing van de wettelijke bepalingen inzake de inkomstenbelasting zoals die golden in de jaren 1982 of 1985 dit bedrag mogelijk onder de reikwijdte van de landbouwvrijstelling zou zijn gevallen, maar het Hof is niet bevoegd buiten de rechtsstrijd van partijen te treden.
4.12. Uit het vorenoverwogene volgt dat de Inspecteur ten onrechte het bedrag van € 250.000 tot de belastbare winst van belanghebbende heeft gerekend, aangezien dit bedrag in de privésfeer is opgekomen. De correctie dient beperkt te blijven tot een bedrag van € 42.829, zodat € 207.171 teveel is gecorrigeerd door de Inspecteur. De aanslag IB/premie VV 2006 dient, mede gelet op het overwogene in 4.4, te worden verminderd tot een aanslag, berekend naar een belastbaar inkomen uit werk en woning van negatief € 2.115.
4.13. Hieruit volgt voorts dat de aanslag in de Zvw ten onrechte aan belanghebbende is opgelegd.
4.14. Het hoger beroep wordt mede geacht te zijn gericht tegen de in rekening gebrachte heffingsrente. Gelet op de vermindering van de aanslag IB/premie VV 2006 tot nihil en de vernietiging van de aanslag in de Zvw, dienen de bij die aanslagen opgelegde beschikkingen heffingsrente te worden vernietigd.