2.1. Belanghebbende, geboren in 1954, oefende sinds 1981 voor eigen rekening een melkveebedrijf uit. De bedrijfsvoering is per ultimo 1999 gestaakt. De onderneming werd voordien uitgeoefend op 11,39 ha grond waarvan 2.75 ha in eigendom was, 8.08 ha grond in pacht was en 0.56 ha losse grond werd gehuurd.
De gepachte grond werd voor het merendeel (6.44.50 ha) gepacht van de gemeente Z. Deze pachtovereenkomst is aangegaan door de vader van belanghebbende en nadien van vader op zoon overgegaan.
De eigenaars/verpachters van de overige gepachte gronden waren het wezenfonds van Z en de parochies A en B te Z.
2.2. Bij de introductie van de zogenoemde superheffing per 1 april 1984 heeft belanghebbende volgens opgave van het productschap voor de zuivel een heffingsvrije hoeveelheid melk (hierna: melkquotum) toegewezen gekregen van 107.292 kg. Na de verkoop in 1992 van een gedeelte van het melkquotum had belanghebbende nog 65.871 kg melkquotum op zijn naam staan. In het kader van de bedrijfsbeëindiging werd hiervan in 1999 27.000 kg verkocht voor een koopsom van netto f 99.270. Deze koopsom werd door belanghebbende, zonder rekening te houden met een eventueel aandeel daarin van de verpachter, volledig als bijzondere bate uit onderneming verantwoord in de winst over 1999. Belanghebbende heeft het verkochte gedeelte van het melkquotum dat rustte op gepachte grond, aangemerkt als zijn (pachters)aandeel in het melkquotum. Met betrekking tot het resterende melkquotum, dat rustte op de gepachte grond, is gekozen voor langlopende liquidatie.
2.3. Uit de registratie bij de Centrale Organisatie Superheffing (COS) blijkt dat belanghebbende in de heffingsperiode 2000/2001 genoteerd stond voor 38.871 kg. In de heffingsperiode 2004/2005 was dat 0 kg.
2.4. Het nog resterende melkquotum van 38.871 kg is na 1999 vervolgens – per jaar – verhuurd aan (een) derde(n). Uit de verhuur van dit melkquotum na 1999 zijn opbrengsten genoten. Daarnaast heeft belanghebbende over de jaren 2000-2004 opbrengsten gerealiseerd uit de jaarlijkse verkoop van slachtvee en door hem op de gepachte grond verbouwde gewassen. Deze opbrengsten heeft belanghebbende in zijn aangiften IB/PV niet gepresenteerd als (nagekomen) winst uit onderneming doch als resultaat uit overige werkzaamheden.
2.5. Bij de pachtbeëindigingsovereenkomst, ondertekend door belanghebbende (pachter) op 23 november 2004 en door de burgemeester van Z (namens verpachter) op 20 december 2004, zijn partijen het volgende overeengekomen:
“(…)
d. de tegenprestatie voor beëindiging van de pachtrelatie erin zal bestaan dat verpachter geen aanspraak zal maken op de aan het pachtobject verbonden referentiehoeveelheid melkquotum, welke door partijen is begroot op thans totaal 62.306 kg met 4,16% waarvan ten tijde van het aangaan van deze overeenkomst 0% leverbaar is;