Beoordeling van het geschil
4.1. Indien enig feit grond oplevert voor het vermoeden dat een aanslag tot een te laag bedrag is vastgesteld, kan de inspecteur op grond van artikel 16, eerste lid, van de AWR de te weinig geheven belasting navorderen. Een feit, dat de inspecteur bekend was of redelijkerwijs bekend had kunnen zijn, kan geen grond voor navordering opleveren, behoudens in de gevallen waarin de belastingplichtige ter zake van dit feit te kwader trouw is.
4.2. Volgens vaste jurisprudentie (onder andere Hoge Raad 7 december 2007 nr. 43.489 VN 2007/58.14) mag verweerder bij het vaststellen van de aanslag uitgaan van de juistheid van de gegevens die eiser in zijn aangifte heeft verstrekt. Gelet op het feit dat eiser zijn aangiften liet verzorgen door een professionele gemachtigde en de aangiften een verzorgde indruk maakten, oordeelt de rechtbank dat verweerder bij de primitieve aanslagregeling in beginsel terecht van de juistheid van de aangiften is uitgegaan.
4.3. Eveneens volgens vaste jurisprudentie bestaat er slechts dan reden tot het doen van nader onderzoek wanneer er bijzondere omstandigheden zijn die verweerder aan de juistheid van de aangifte zouden moeten doen twijfelen. De rechtbank oordeelt dat een dergelijk bijzondere omstandigheid zich in onderhavige jaren niet voordeed. Ook de naar aanleiding van de aangifte IB/PVV 1999 gestelde vragen nopen niet tot een ander oordeel. Wat betreft de aftrek van partner-alimentatie weken de aangiften IB/PVV van onderhavige jaren slechts in cijfermatige zin, en bovendien in beperkte mate, af van de aangifte IB/PVV 1999.
Weliswaar heeft eisers gemachtigde toen niet het gevraagde echtscheidingsconvenant meegezonden, de vraag voor wie de alimentatie was bedoeld is stellig en zonder enig voorbehoud door de (professionele) gemachtigde beantwoord. Ook de verklaring waarom het echtscheidingsconvenant niet werd meegezonden ("is helaas niet meer in het bezit van onze cliënt") acht de rechtbank zodanig aannemelijk, mede gezien het tijdsverloop tussen eisers echtscheiding en de dagtekening van de vragenbrief, dat verweerder hieraan redelijkerwijs niet hoefde te twijfelen. Daarenboven doet de toevoeging "niet meer in het bezit" vermoeden dat eiser deze stukken in bezit had gehad en de aftrek van partner-alimentatie daarop was gebaseerd. De rechtbank oordeelt dan ook dat verweerder gezien de vastgestelde feiten hieraan, gelet op de omstandigheden van dit geval, in redelijkheid niet hoefde te twijfelen, zodat verweerder met betrekking tot de onderhavige jaren niet tot (nader) onderzoek gehouden was.
4.4. De rechtbank oordeelt overigens dat eisers beroep op het vertrouwensbeginsel faalt, omdat eisers gemachtigde de vragen naar aanleiding van de aangifte IB/PVV 1999 onjuist heeft beantwoord. Gelet op de onjuistheid van deze namens eiser verstrekte informatie, mocht eiser daaraan niet het vertrouwen ontlenen dat verweerder akkoord ging met de aldus gevolgde handelwijze.
4.5. Indien het met betrekking tot een belasting welke bij wege van aanslag wordt geheven aan opzet of grove schuld van de belastingplichtige is te wijten dat de aanslag tot een te laag bedrag is vastgesteld, vormt dit, ingevolge artikel 67e van de AWR, een vergrijp ter zake waarvan de inspecteur, gelijktijdig met de vaststelling van de navorderingsaanslag, een boete kan opleggen van ten hoogste 100 procent van het bedrag van de navorderingsaanslag.
4.6. Volgens paragraaf 25 van het Besluit bestuurlijke boeten belastingdienst 1998 legt de inspecteur in geval van opzet, waaronder mede wordt verstaan voorwaardelijk opzet, een vergrijpboete op van 50 procent. In geval van grove schuld, waaronder wordt verstaan een in laakbaarheid aan opzet grenzende mate van verwijtbaarheid inclusief grove onachtzaamheid, legt de inspecteur een vergrijpboete van 25 procent op.
4.7. Naar de rechtbank opmaakt uit hetgeen partijen over en weer hebben aangevoerd, is tussen partijen niet in geschil dat door eiser ten onrechte alimentatie in aftrek is gebracht op zijn belastbaar inkomen uit werk en woning voor de onderhavige jaren. Partijen houdt evenwel verdeeld het antwoord op de vraag of eiser bij het laten verzorgen van zijn aangifte IB/PVV voor de jaren 2001, 2002 en 2003 persoonlijk een verwijt treft waardoor het aan zijn opzet of grove schuld is te wijten dat de primitieve aanslag te laag is vastgesteld.
4.8. Naar volgt uit het arrest van de Hoge Raad van 1 december 2006, nr. 40 369, gepubliceerd in onder andere BNB 2007/151, kan (voorwaardelijke) opzet van de gemachtigde niet automatisch worden toegerekend aan de belastingplichtige. De Hoge Raad overweegt daarbij dat de omstandigheid dat de belastingplichtige een adviseur heeft ingeschakeld, aan wie opzet of grove schuld kan worden verweten, kan samengaan met de mogelijkheid dat bij de belastingplichtige zelf (voorwaardelijk) opzet of grove schuld aanwezig is geweest. In dat verband kan van belang zijn of de belastingplichtige de zorg heeft betracht die redelijkerwijs van hem kan worden gevergd bij de keuze van zijn adviseur en bij de samenwerking met die adviseur. Wat in dit opzicht redelijkerwijs van de belastingplichtige kan worden gevergd, zal intussen van geval tot geval sterk kunnen verschillen, bij voorbeeld naar gelang zijn hoedanigheid en zijn kennis en ervaring omtrent de ter zake relevante fiscale en andere aspecten. De inspecteur heeft van een en ander de stelplicht en de bewijslast. Het bewijs van opzet of grove schuld van de belastingplichtige kan worden geleverd met behulp van vermoedens.
4.9. Naar volgt uit het arrest van de Hoge Raad van 29 februari 2008, nr. 43 274, gepubliceerd in onder meer VN 2008/12.10, rust op verweerder bij betwisting, zoals hier, de last te bewijzen dat (i) eiser zijn gemachtigde niet adequaat heeft geïnformeerd over het feit dat hij in 2001, 2002 en 2003 geen alimentatie ten behoeve van zijn ex-echtgenote heeft overgemaakt, (ii) het gevolg van het aan zijn gemachtigde onthouden van die informatie is dat de aanmerkelijke kans in het leven is geroepen dat te weinig belasting is geheven, (iii) eiser van die aanmerkelijke kans heeft geweten en (iv) eiser die kans bewust heeft aanvaard (op de koop toe heeft genomen). Naar het oordeel van de rechtbank is verweerder niet geslaagd in dit bewijs, reeds omdat uit de vastgestelde feiten volgt dat eisers gemachtigde, namens eiser de bedragen voor alimentatie in aftrek heeft gebracht. De bij eisers gemachtigde (eventueel) aanwezige (voorwaardelijke) opzet kan niet aan eiser worden toegerekend.
4.10. Verweerder is subsidiair van opvatting dat het aan eisers grove schuld is te wijten dat te weinig belasting is geheven. De rechtbank overweegt dat voor grove schuld vereist is dat (i) aan eiser persoonlijk een gedraging (of: nalating) kan worden verweten die (ii) tot gevolg heeft gehad dat te weinig belasting is geheven, terwijl (iii) eiser redelijkerwijs had moeten of kunnen begrijpen dat zijn gedraging tot dat gevolg zou kunnen leiden, waarbij (iv) die gedraging in laakbaarheid grenst aan opzet.
4.11. De rechtbank overweegt dat eisers gemachtigde wat betreft de betaalde alimentatie onjuist, althans onvolledig, heeft geïnformeerd en niet van de benodigde stukken inzake zijn echtscheiding, waaronder de stukken vermeld onder 2.2. en 2.3 heeft voorzien, welke gedraging tot gevolg heeft gehad dat te weinig belasting is geheven en hij, mede gelet op de eenduidige inhoud van de onder 2.2 en 2.3 vermelde stukken, redelijkerwijs had moeten of kunnen begrijpen dat deze gedraging tot dit gevolg heeft geleid. Deze gedraging grenst in laakbaarheid aan opzet. De rechtbank is derhalve van oordeel dat het aan eisers grove schuld is te wijten dat te weinig belasting is geheven. De rechtbank acht in dat geval, overeenkomstig verweerders subsidiaire conclusie, een boete, zijnde 25 procent van de nagevorderde belasting, passend en geboden.
4.12. De rechtbank is op grond van het arrest van de Hoge Raad van 22 april 2005, nr. 37 984, gepubliceerd in onder meer VN 2005/22.6, gehouden ambtshalve te onderzoeken of inbreuk is gemaakt op de garantie van artikel 6, eerste lid, EVRM dat een beboete recht heeft op behandeling van zijn zaak binnen een redelijke termijn. Daarbij heeft de Hoge Raad geoordeeld dat, behoudens bijzondere omstandigheden, de berechting van een boetezaak door de rechtbank niet binnen een redelijke termijn geschiedt als de rechtbank niet binnen twee jaar nadat die termijn is aangevangen, uitspraak doet en dat in voorkomend geval overschrijding van de redelijke termijn behoort te leiden tot vermindering van de boete, afhankelijk van de mate waarin de redelijke termijn is overschreden.
4.13. De rechtbank stelt vast dat de mededeling van verweerder van zijn voornemen een vergrijpboete op te leggen op 23 juni 2006 is geweest. Sindsdien zijn meer dan twee jaren verstreken, terwijl bijzondere omstandigheden ontbreken die een overschrijding van die termijn rechtvaardigen. Derhalve is de redelijke termijn als bedoeld in artikel 6, eerste lid, EVRM overschreden. Op grond daarvan zal de rechtbank het bedrag van de opgelegde vergrijpboete verder verlagen met 10 procent. Dit betekent dat de boete voor 2001 wordt verminderd tot € 210,--, voor 2002 tot € 237,-- en voor 2003 tot € 266,--.
4.14. Gelet op het vorenoverwogene dient het beroep gegrond te worden verklaard.