Uitspraak
202403329/1/R2.
Datum uitspraak: 15 juli 2026
AFDELING
BESTUURSRECHTSPRAAK
Uitspraak op het hoger beroep van:
[appellant], wonend in [woonplaats],
appellant,
tegen de uitspraak van de rechtbank Noord-Nederland van 18 april 2024 in zaak nr. 22 / 2226 in het geding tussen:
[appellant]
en
het college van gedeputeerde staten van Fryslân.
Procesverloop
Bij besluit van 29 april 2022 heeft het college de aanvraag van [appellant] voor een vergunning op grond van artikel 2.7 van de Wet natuurbescherming (Wnb) voor de melkveehouderij aan de [locatie] in Kolderwolde afgewezen.
Bij uitspraak van 18 april 2024 heeft de rechtbank het door [appellant] daartegen ingestelde beroep ongegrond verklaard.
Tegen deze uitspraak heeft [appellant] hoger beroep ingesteld.
Het college heeft een schriftelijke uiteenzetting gegeven.
[appellant] heeft nadere stukken ingediend.
De Afdeling heeft de zaak op 16 juni 2026 op zitting behandeld. Daar zijn [appellant] en [partij], bijgestaan door mr. ir. J.M.M. Kroon, advocaat in Utrecht, en het college, vertegenwoordigd door A.G. de Vries en mr. M. van Duin, verschenen.
Overwegingen
Overgangsrecht inwerkingtreding Omgevingswet
1. Op 1 januari 2024 zijn de Omgevingswet en de Aanvullingswet natuur Omgevingswet in werking getreden. Als een aanvraag om een natuurvergunning is ingediend vóór het tijdstip van inwerkingtreding van de Omgevingswet, dan blijft op grond van artikel 2.9, eerste lid, aanhef en onder a, van de Aanvullingswet natuur Omgevingswet het recht zoals dat gold onmiddellijk vóór dat tijdstip van toepassing tot het besluit op die aanvraag onherroepelijk wordt.
De aanvraag om een natuurvergunning is ingediend op 24 augustus 2020. Dat betekent dat in dit geval de Wnb, zoals die gold vóór 1 januari 2024, van toepassing blijft.
Inleiding
2. [appellant] exploiteert een melkveehouderij aan de [locatie] in Kolderwolde. [appellant] heeft een natuurvergunning aangevraagd voor het houden van 110 melkkoeien en 40 stuks jongvee. In de aanvraag is aangegeven dat de aangevraagde situatie na intern salderen met de referentiesituatie niet tot een toename van stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden leidt. De referentiesituatie is in de aanvraag ontleend aan de melding die [appellant] op 28 juli 2013 op basis van het Activiteitenbesluit milieubeheer (Activiteitenbesluit) heeft gedaan voor het houden van 100 melkkoeien en 50 stuks jongvee.
2.1. Het college heeft de vergunning geweigerd. De referentiesituatie moet volgens het college ontleend worden aan de melding die in 1992 op grond van het Besluit melkrundveehouderijen Hinderwet is gedaan voor het houden van 69 melkkoeien en 36 stuks jongvee. De aanvraag om een natuurvergunning is afgewezen, omdat de aangevraagde situatie ten opzichte van die referentiesituatie leidt tot een toename van stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden en de gevolgen van die toename niet zijn onderzocht.
2.2. De rechtbank is van oordeel dat het college terecht de melding uit 1992 als referentiesituatie heeft aangemerkt. Dat, zoals [appellant] betoogt, hij pas na de uitspraak over het Programma Aanpak Stikstof (PAS) op 29 mei 2019 vergunningplichtig is geworden en tot dat moment in overeenstemming met de natuurregelgeving heeft gehandeld, betekent volgens de rechtbank niet dat uit oogpunt van rechtszekerheid of legaliteit van een latere referentiedatum uitgegaan moet worden. Ook volgt de rechtbank [appellant] niet in zijn betoog dat de weigering van de natuurvergunning in strijd is met artikel 1 van Pro het Eerste Protocol (EP) bij het EVRM.
2.3. De relevante wet- en regelgeving is opgenomen in de bijlage die onderdeel is van deze uitspraak.
Het hoger beroep van [appellant]
3. [appellant] betwist het oordeel van de rechtbank dat de referentiesituatie ontleend moet worden aan de melding uit 1992. De referentiesituatie kan volgens hem ontleend worden aan de melding van 28 juli 2013, omdat hij voor die datum niet natuurvergunningplichtig was. Hij wijst erop dat de rekenmodellen die gangbaar waren voordat AERIUS in 2015 werd ingevoerd, de depositie tot 10 kilometer van het bedrijf berekenden. Binnen die afstand liggen geen Natura 2000-gebieden, zodat hij niet vergunningplichtig was. Ook met de invoering van het PAS was het bedrijf niet vergunning- of meldingsplichtig, omdat de depositie van het bedrijf minder dan 0,05 mol/ha/jr was. De vergunningplicht is volgens [appellant] pas ontstaan na de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019 over het PAS. Het rechtszekerheidsbeginsel brengt volgens [appellant] mee dat hij moet kunnen terugvallen op een referentiedatum en referentiesituatie kort voordat hij vergunningplichtig werd. Vasthouden aan de bestaande jurisprudentielijn betekent volgens [appellant] dat de Wnb met terugwerkende kracht wordt toegepast, wat in strijd is met het legaliteitsbeginsel. Ook leidt dat tot een regulering die in strijd is met artikel 1 van Pro het EP bij het EVRM.
Beoordeling hoger beroep in het licht van de 18 december-uitspraak
4. De insteek van het beroep en het hoger beroep van [appellant] is dat hij geen natuurvergunning nodig heeft, omdat de aangevraagde situatie ten opzichte van de referentiesituatie niet zal leiden tot een toename van stikstofdepositie op Natura 2000-gebieden. Deze insteek, waarin ervan uitgegaan werd dat intern salderen betrokken kan worden in de voortoets, paste bij de rechtspraak zoals die luidde op het moment waarop [appellant] (hoger) beroep instelde. De Afdeling heeft echter in de uitspraak van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923 (de 18 december-uitspraak), haar rechtspraak over intern salderen gewijzigd. Die wijziging houdt in dat bij de beoordeling van de vraag of een project vergunningplichtig is, niet langer een vergelijking mag worden gemaakt van de gevolgen van de bestaande toegestane situatie (de referentiesituatie) en de gevolgen van het voorgenomen project. Dit betekent dat in de voortoets bij de beoordeling of significante gevolgen op voorhand op grond van objectieve gegevens zijn uitgesloten, de gevolgen van het project op zichzelf, inclusief standaardonderdelen in het ontwerp van het project, maar zonder mitigerende maatregelen, worden onderzocht. De referentiesituatie mag onder voorwaarden wel als mitigerende maatregel in een passende beoordeling worden betrokken bij de verlening van de natuurvergunning.
De Afdeling zal de beroepsgronden in het licht van de 18 december-uitspraak beoordelen. Dat betekent dat zij zal bezien of [appellant] terecht het oordeel van de rechtbank betwist dat de referentiesituatie ontleend kan worden aan de melding uit 1992.
4.1. In 18.1 van de 18 december-uitspraak heeft de Afdeling overwogen dat de referentiesituatie die in een passende beoordeling betrokken kan worden, ontleend wordt aan de natuurvergunning voor het toegestane project op de locatie waar de beoogde activiteit is voorzien. De referentiesituatie wordt bij het ontbreken van een natuurvergunning ontleend aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (dat is het moment waarop artikel 6 van Pro de Habitatrichtlijn van toepassing werd op het betrokken Natura 2000-gebied). Onder het verlenen van een milieutoestemming moet de vergunning of de melding op basis van de Wet milieubeheer of de daaraan voorafgaande Hinderwet worden verstaan. Wanneer daarna een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen voor Natura 2000-gebieden dan de op de referentiedatum toegestane activiteit, dan wordt de referentiesituatie ontleend aan die latere toestemming.
4.2. In dit geval is niet eerder een natuurvergunning verleend voor het bedrijf van [appellant]. Wel is voor de vroegste relevante referentiedatum - 7 december 2004 - de melding op grond van het Besluit melkrundveehouderijen Hinderwet uit 1992 gedaan. De melding op grond van het Activiteitenbesluit van 28 juli 2013 dateert van na de relevante referentiedatum. Deze melding ziet op een activiteit met grotere gevolgen voor Natura 2000-gebieden dan de op de referentiedatum toegestane activiteit. Dat betekent dat de rechtbank terecht heeft geoordeeld dat [appellant] wel een referentiesituatie kan ontlenen aan de melding uit 1992, maar niet aan de melding uit 2013.
4.3. De Afdeling ziet met de rechtbank geen aanleiding om [appellant] te volgen in zijn betoog dat het rechtszekerheidsbeginsel in zijn geval meebrengt dat de referentiesituatie ontleend zou moeten worden aan de toestemming die gold op het moment waarop hij op basis van de Nederlandse natuurwetgeving of door toepassing van nieuwe rekenmodellen, natuurvergunningplichtig werd. Die momenten zijn in het licht van de rechtspraak van het Hof van Justitie over artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn niet relevant voor de beoordeling die op grond van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn moet plaatsvinden. Het Hof acht in plaats daarvan de toestemming voor een activiteit die gold op het moment waarop artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn van toepassing werd voor een Natura 2000-gebied en het besluit waarbij met toepassing van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn toestemming werd verleend voor een project, relevant voor de beantwoording van de vraag of een activiteit beoordeeld moet worden op grond van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn. De rechtspraak over de toestemming waaraan een referentiesituatie kan worden ontleend die als mitigerende maatregel in een passende beoordeling mag worden betrokken, sluit bij die momenten aan.
De vraag wanneer voor de wijziging van een bestaand project een natuurvergunning nodig is, staat los van de vraag aan welke toestemming een referentiesituatie kan worden ontleend. Het rechtszekerheidsbeginsel verzet zich niet tegen de toepassing van deze vaste rechtspraak in dit geval. Dat [appellant], zoals hij stelt, in 2013 geen natuurvergunning kon aanvragen voor de bedrijfssituatie waarvoor hij toen een milieumelding deed, is voor het bepalen van de referentiesituatie niet van belang. Ook als [appellant] in 2013 wel een natuurvergunning had kunnen aanvragen, had hij voor de verlening van die natuurvergunning de milieumelding uit 1992 als referentiesituatie kunnen inzetten. Dat is bij de aanvraag die nu voorligt nog steeds het geval, mits voldaan wordt aan de voorwaarden uit de 18 december-uitspraak. Vergelijk ook de uitspraak van de Afdeling van 22 april 2026, ECLI:NL:RVS:2026:2259, waarin zij overwoog dat de te late implementatie van de natuurvergunningplicht niet meebrengt dat een referentiesituatie kan worden ontleend aan de toestemming die gold voor die implementatie.
De toepassing van deze vaste rechtspraak betekent niet dat in de Wnb met terugwerkende kracht is voorzien in een vergunningplicht voor het bedrijf van [appellant]. Het betoog over het legaliteitsbeginsel slaagt alleen al daarom niet.
4.4. Op de zitting is besproken dat de Afdeling in het beroep dat [appellant] doet op artikel 1 van Pro het EP bij het EVRM een beroep op artikel 17 van Pro het EU Handvest zal lezen, omdat in deze zaak Unierecht, namelijk de Habitatrichtlijn, van toepassing is. Het Hof heeft, onder verwijzing naar artikel 52, derde lid, van het EU Handvest, overwogen dat voor de uitleg van artikel 17 van Pro het EU Handvest aangesloten moet worden bij de rechtspraak van het Europees Hof voor de Rechten van de Mens (hierna: EHRM) over artikel 1 van Pro het EP bij het EVRM.
De Afdeling onderschrijft het oordeel van de rechtbank dat het college niet in strijd met het recht tot bescherming van eigendom heeft gehandeld door de natuurvergunning te weigeren. Voor zover de weigering van de natuurvergunning een inbreuk zou vormen op het recht tot bescherming van eigendom, is deze inbreuk naar het oordeel van de Afdeling gerechtvaardigd. Deze rechtvaardiging vloeit voort uit de in artikel 2.7 van de Wnb opgenomen vergunningplicht. Deze regulering in de Wnb dient een legitiem doel, te weten de bescherming van het milieu, in het bijzonder natuurwaarden, en het voldoen aan de verplichtingen die voortvloeien uit het Unierecht, in dit geval de Habitatrichtlijn. Er zijn geen omstandigheden gebleken op grond waarvan geoordeeld moet worden dat [appellant] op zo’n onevenredige wijze is getroffen dat geen sprake zou zijn van een "fair balance" tussen zijn belang en de belangen gediend met het in deze regels opgenomen vergunningenregime. Daarbij is van belang dat de vergunningplicht geldt voor alle projecten die significante gevolgen kunnen hebben voor Natura 2000-gebieden. Ook neemt de Afdeling daarbij in aanmerking dat het college de natuurvergunning terecht heeft geweigerd, omdat significante gevolgen van de aangevraagde activiteit op basis van de bij de aanvraag gevoegde gegevens niet op voorhand kunnen worden uitgesloten.
Met deze weigering staat niet vast dat [appellant] geen natuurvergunning kan krijgen voor zijn bedrijf. Voor het antwoord op de vraag of een natuurvergunning kan worden verleend, dient [appellant] een passende beoordeling van de gevolgen van de aangevraagde activiteit te laten maken. Het college heeft op de zitting de handreiking gedaan om met [appellant] te bezien wat daarvoor nodig is.
5. Het hoger beroep is ongegrond. De Afdeling bevestigt de uitspraak van de rechtbank.
6. Het college hoeft geen proceskosten te vergoeden.
Beslissing
De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State:
bevestigt de aangevallen uitspraak.
Aldus vastgesteld door mr. M.M. Kaajan, voorzitter, en mr. J. Gundelach en mr. J.A.W. Huijben, leden, in tegenwoordigheid van mr. J. Verbeek, griffier.
w.g. Kaajan
voorzitter
w.g. Verbeek
griffier
Uitgesproken in het openbaar op 15 juli 2026
388
Bijlage
Artikel 6, derde lid Habitatrichtlijn
3. Voor elk plan of project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van het gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo'n gebied, wordt een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Gelet op de conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en onder voorbehoud van het bepaalde in lid 4, geven de bevoegde nationale instanties slechts toestemming voor dat plan of project nadat zij de zekerheid hebben verkregen dat het de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten en nadat zij in voorkomend geval inspraakmogelijkheden hebben geboden.
Artikel 17 EU Pro Handvest
1. Eenieder heeft het recht de goederen die hij rechtmatig heeft verkregen, in eigendom te bezitten, te gebruiken, erover te beschikken en te vermaken. Niemand mag zijn eigendom worden ontnomen, behalve in het algemeen belang, in de gevallen en onder de voorwaarden waarin de wet voorziet en mits het verlies tijdig op billijke wijze wordt vergoed. Het gebruik van de goederen kan bij wet worden geregeld, voor zover het algemeen belang dit vereist.
Artikel 1 van Pro het EP bij het EVRM
Iedere natuurlijke of rechtspersoon heeft recht op het ongestoord genot van zijn eigendom. Aan niemand zal zijn eigendom worden ontnomen behalve in het algemeen belang en onder de voorwaarden voorzien in de wet en in de algemene beginselen van internationaal recht.
De voorgaande bepalingen tasten echter op geen enkele wijze het recht aan, dat een Staat heeft om die wetten toe te passen, die hij noodzakelijk oordeelt om het gebruik van eigendom te reguleren in overeenstemming met het algemeen belang of om de betaling van belastingen of andere heffingen of boeten te verzekeren.