4.De Raad overweegt als volgt.
4.1.De Raad stelt voorop dat de aanvraag van appellant van 20 mei 2009 een tweeledig karakter draagt: het is enerzijds een nieuwe aanvraag om toeslag en anderzijds een verzoek om terug te komen op het besluit van 31 oktober 2007. Op het eerste aspect ziet het besluit van 28 juli 2011, op het tweede het besluit van 6 november 2009. De Raad zal allereerst ingaan op het eerstgenoemde besluit.
Het besluit van 28 juli 2011.
4.2.Tussen partijen is niet in geschil dat, gezien artikel 49 van de WAO, het recht op toeslag van appellant is geëindigd per 1 mei 2009. Zoals de Raad reeds meermalen heeft overwogen is een na de beëindiging van het recht ingediende nieuwe aanvraag om een toeslag geen herhaalde aanvraag als bedoeld in artikel 4:6 van de Awb, voor zover deze aanvraag betrekking heeft op een periode gelegen na bedoelde beëindigingstermijn. Zo’n aanvraag dient in zoverre te worden behandeld conform de regels en beginselen in de TW en de regels en beginselen die anderszins de beslissing op een aanvraag beheersen. Dat brengt mee dat artikel 11, zevende lid, van de TW, waarin de terugwerkend kracht van één jaar is neergelegd, in zo’n geval toepassing kan vinden tot de beëindigingsdatum (zie CRvB 30 juni 2006, LJN AY0194). Nu de aanvraag van appellant dateert van 20 mei 2009 en appellant vanaf 1 mei 2009 geen recht meer heeft op een toeslag ontbreekt, conform het vorenstaande, temporeel de ruimte voor het honoreren van de aanspraak van betrokkene op de terugwerkende kracht van de aanvraag. Het beroep van appellant slaagt in zoverre niet.
Het besluit van 6 november 2009.
4.3.Tussen partijen is niet in geschil dat in dit geval geen sprake is van een novum, zodat het verzoek om terug te komen van het besluit van 31 oktober 2007 beoordeeld naar nationaal recht in zoverre de rechterlijke toetsing kan doorstaan. Daarbij dient wel te worden opgemerkt dat het in dit geval gaat om een duuraanspraak die wordt ontleend aan het gemeenschapsrecht (artikel 95ter, van Verordening 1408/71). Uit het arrest van het Hof van de Europese Unie van 3 oktober 2012, C-249/11 (Byankov) blijkt dat, nu het besluit van 31 oktober 2007 definitief is geworden zonder in hoogste instantie te zijn aangevochten, het arrest Kühne & Heitz (Hof 13 januari 2004, C-453/00) voor de onderhavige zaak relevantie mist. In een geval als het onderhavige geldt het beginsel van de procedurele autonomie van de lidstaten, met dien verstande dat de rechtsmiddelen die ertoe strekken de rechten te beschermen die justitiabelen aan het gemeenschapsrecht ontlenen, niet ongunstiger mogen zijn dan die welke voor soortgelijke nationale situaties gelden (gelijkwaardigheidsbeginsel) en de uitoefening van de door het gemeenschapsrecht verleende rechten in de praktijk niet onmogelijk of uiterst moeilijk mogen maken (zie bijv. Hof 14 december 1995, Petersbroeck, C-312-93). Tussen partijen is niet in geschil dat de regeling neergelegd in artikel 4:6 van de Awb geen onderscheid maakt tussen “nationale” vorderingen en vorderingen gebaseerd op het gemeenschapsrecht. Uit het arrest Byankov (zie hierboven) kan bovendien worden afgeleid dat (ook) het doeltreffendheidsbeginsel zich niet verzet tegen de regeling neergelegd in artikel 4:6 van de Awb, als uitgelegd door de Raad, waar het gaat om (aan het gemeenschapsrecht ontleende) duuraanspraken.
4.4.Resteert de vraag of het besluit van 6 november 2009 in strijd moet worden geacht met het (bestuursrechtelijk) gelijkheidsbeginsel. In de uitspraak van de Raad van 30 juni 2006, LJN AY0194, heeft de Raad geoordeeld over toeslaggerechtigden te Marokko, die tegen de intrekking van de toeslag in 2000, geen bezwaar hebben aangetekend. Aan Marokkaanse uitkeringsgerechtigden die enkel bezwaar hadden gemaakt tegen de intrekking van de toeslag, is de toeslag met terugwerkende kracht hergeven. Ten aanzien van het beroep van betrokkenen op het gelijkheidsbeginsel is door het Uwv verklaard dat voor deze handelwijze is gekozen omdat deze gerechtigden door het instellen van bezwaar blijk hebben gegeven het niet eens te zijn met de afbouw van hun toeslag. Daarnaast is door betrokkenen een beroep gedaan op het gelijkheidsbeginsel ten aanzien van Turkse toeslaggerechtigden. Aan hen is de toeslag met terugwerkende kracht hergeven, hoewel in het geheel geen rechtsmiddelen zijn ingesteld. Het Uwv en in navolging daarvan, de Raad, heeft in dit geval het verschil in behandeling gerechtvaardigd geacht omdat, kort gezegd, het bij de Turkse toeslaggerechtigden zou gaan om een beperkte periode waarin nog recht op toeslag bestond.
4.5.Door appellant is bezwaar aangetekend tegen de intrekking van de toeslag bij besluit van 31 oktober 2007. Daarnaast betreft het in geval van appellant een beperkte periode waarin nog recht op toeslag kan bestaan. Het recht vervalt immers per 1 mei 2009, de datum waarop geen recht meer bestaat op een WAO-uitkering. Ter zitting kon de gemachtigde van het Uwv geen antwoord kunnen geven op de vraag of de situatie van appellant vergelijkbaar is met de Turkse en/of Marokkaanse toeslaggerechtigden bedoeld in 4.4, en zo ja, welke objectieve en redelijke rechtvaardiging er (dan) is voor het gemaakte onderscheid.
4.6.De Raad concludeert dat het besluit van 6 november 2009 een deugdelijke motivering mist. Nu de Raad niet kan uitsluiten dat het Uwv dit besluit alsnog deugdelijk motiveert kan de Raad niet zelf in de zaak voorzien. De Raad ziet aanleiding om met toepassing van artikel 21, zesde lid, van de Beroepswet, het Uwv op te dragen het geconstateerde gebrek te herstellen, eventueel door het nemen van een nieuw besluit op bezwaar.