1. In artikel 5.4, eerste lid, is sprake van een discretionaire bevoegdheid. Het gebruik daarvan dient te geschieden na afweging van de betrokken belangen. Daartoe behoort in het licht van de formele rechtskracht het belang van de rechtszekerheid voor de vergunninghouder. (ro 6.5.).
2. Uit de woorden ‘in elk geval’ in artikel 5.4, tweede lid, en de geschiedenis van de totstandkoming van artikel 5.4 volgt dat het eerste en tweede lid van artikel 5.4 in samenhang moeten worden gelezen. Als de c- of d-grond uit het eerste lid van toepassing is én uit de herbeoordeling van de vergunde activiteit volgt dat deze, anders dan ten tijde van de vergunningverlening werd verondersteld, leidt tot een (dreigende) verslechtering of significante verstoring van natuurwaarden, dan is ook artikel 5.4, tweede lid, van belang. Het bevoegd gezag kan dan niet volstaan met een afweging van de belangen, maar moet tevens beoordelen of de intrekking of wijziging van de vergunning nodig is om verslechteringen of significante verstoringen te voorkomen. (ro 6.5.).
3. Uit de woorden ‘in elk geval’ volgt ook dat artikel 5.4, tweede lid, van de Wnb een zelfstandige grond voor intrekking of wijziging van de natuurvergunning oplevert. Hierin ligt besloten dat een grond voor intrekking of wijziging van een natuurvergunning aanwezig is / een passende maategel is als sprake is van een - dreigende - verslechtering of verstoring met significante gevolgen van een habitattype of soort waarvoor een Natura-2000 is aangewezen en de activiteit waarvoor de natuurvergunning is verleend effecten heeft op die natuurwaarden. (ro 6.6.).
4. Uit artikel 6, tweede lid, van de Hrl volgt dat er een beoordelingsmarge is voor de lidstaten welke maatregelen worden getroffen, mits gewaarborgd is dat er geen verslechtering of verstoring plaatsvindt / deze maatregelen worden uitgevoerd als verslechteringen of verstoringen met significante gevolgen dreigen. (ro 7.).
5. Deze beoordelingsruimte brengt in de gegeven omstandigheden met zich dat er beslist moet worden of de intrekking of wijziging van de natuurvergunning als passende maatregel wordt ingezet, dan wel dat andere passende maatregelen (zullen) worden getroffen. Als intrekking of wijziging de enige passende maatregel is, dan moet de natuurvergunning worden ingetrokken. Ook als andere passende maatregelen getroffen kunnen worden kan binnen de beoordelingsruimte gekozen worden voor de intrekking of wijziging van de natuurvergunning en is dat een passende maatregel bij voorbeeld als onderdeel van een pakket van maatregelen bij (cumulatieve) gevolgen van (veel) verschillende activiteiten (bronnen), zoals bij stikstofdepositie. (ro 7.1.).
6. Het bevoegd gezag zal in het besluit op een verzoek om intrekking of wijziging van de natuurvergunning inzichtelijk moeten maken op welke wijze invulling is gegeven aan de beoordelingsruimte bij de keuze van de te treffen passende maatregelen. Als die intrekking of wijziging niet wordt ingezet als passende maatregel terwijl dat wel zou kunnen, dan dient inzichtelijk te worden dat die intrekking of wijziging niet de enige passende maatregel is en als dat zo is, waarom die geen onderdeel hoeft uit te maken van de maatregelen die wel worden getroffen. Dat kan worden gedaan door uit te leggen welke andere maatregelen worden getroffen, binnen welk tijdpad die worden uitgevoerd en wanneer verwacht wordt dat deze effectief zijn. (ro 7.2.).
7. Daar waar sprake is van een natuurvergunning voor een activiteit die stikstofdepositie veroorzaakt op (zwaar) overbelaste natuurwaarden die onder druk staan en dreigen te verslechteren en er een pakket van maatregelen nodig is (zie onder 5.) is nog het volgende van belang. Als niet gekozen wordt voor intrekking of wijziging terwijl dat wel zou kunnen, kan niet worden volstaan met de enkele constatering dat andere maatregelen kunnen, zullen of al worden getroffen. Inzichtelijk moet zijn met welke maatregelen uitvoering wordt of zal worden gegeven aan de noodzakelijke daling van de stikstofdepositie binnen een afzienbare termijn. Als er een pakket van maatregelen of een programma in uitvoering is, dat is gericht op die daling en dat zo nodig vergezeld gaat van monitoring van de uitvoering en effecten en dat voorziet in bijsturing of aanvulling indien nodig, dan kan daarnaar verwezen worden. Is er geen zicht op de uitvoering van andere stikstof reducerende maatregelen binnen afzienbare termijn, dan komt de intrekking of wijziging van één of meer andere natuurvergunningen, nadrukkelijk in beeld, met name als die intrekking(en) of wijziging(en) wel binnen afzienbare termijn tot relevante verbetering kan of kunnen leiden. (ro 7.3.).
8. De rechtszekerheid van de vergunninghouder staat er niet aan in de weg dat voor intrekking van de natuurvergunning wordt gekozen als ook voor andere passende maatregelen kan worden gekozen. Die rechtszekerheid kan bij de keuze van de te treffen maatregelen wel een rol spelen maar begrenst in dit verband de invulling van de beoordelingsruimte niet. (ro 8.1.).