Overwegingen
1. Deze uitspraak bouwt voort op de tussenuitspraak. De rechtbank blijft bij al wat zij in de tussenuitspraak heeft overwogen en beslist, tenzij hierna uitdrukkelijk anders wordt overwogen. Het staat de rechtbank niet vrij om terug te komen van zonder voorbehoud gegeven oordelen in de tussenuitspraak. Dit is alleen anders in zeer uitzonderlijke gevallen.
2. In de tussenuitspraak heeft de rechtbank, kort gezegd, geoordeeld dat het bouwplan voorziet in voldoende parkeergelegenheid voor het ter beoordeling voorliggende appartementencomplex, fase 1 van het gehele bouwplan. Ook heeft de rechtbank geoordeeld dat het college op goede gronden heeft gesteld dat sprake is van een goede ruimtelijke ordening. De rechtbank heeft ook geoordeeld dat het college in het bestreden besluit ten onrechte heeft verwezen naar een onjuist kadastraal perceel en ten onrechte de afwijkingen van de planregels met betrekking tot het bouwen uit het bestemmingsplan niet (expliciet) heeft vergund. De rechtbank heeft het college in de gelegenheid gesteld deze gebreken te herstellen.
3. In het herstelbesluit heeft het college besloten het bestreden besluit op een aantal punten te wijzigen: het perceelnummer wordt gewijzigd van [perceelnummer 1] naar [perceelnummer 2] en toegevoegd is dat het project niet voldoet aan artikel 13.2.1, aanhef en onder a en c, van het bestemmingsplan Woonwijken Zwartewaterland, omdat het bouwplan deels buiten het bouwvlak wordt gebouwd en de maximale toegestane bouwhoogte wordt overschreden. Ook wordt een motivering met betrekking tot de goede ruimtelijke ordening toegevoegd, onder verwijzing naar de ruimtelijke onderbouwing, de bouwtekeningen en de nota van zienswijzen.
4. Eisers voeren in de zienswijze naar aanleiding van het herstelbesluit aan dat de motivering van het college over de afwijking van de planregels met betrekking tot het bouwen feitelijk onjuist en onvoldoende daadkrachtig is. Volgens eisers is, gelet op de grote overschrijding van de maximale bouwhoogte, geen sprake van inpassing in de omgeving. Ook is het verwijzen naar het bouwvolume geen motivering voor een dergelijke grote overschrijding. Daarbij is het volgens eisers niet passend in de omgeving, omdat de omliggende woonhuizen één of twee bouwlagen hebben en het bouwplan voorziet in drie bouwlagen met kap of plat dak.
5. De rechtbank stelt vast dat eisers hiermee, zij het in andere bewoordingen, hebben herhaald wat zij al eerder in deze procedure naar voren hebben gebracht. De kern van dit betoog is dat het college zich ten onrechte op het standpunt heeft gesteld dat sprake is van een goede ruimtelijke onderbouwing, waardoor van het bestemmingsplan kan worden afgeweken. Hierover heeft de rechtbank zich echter al eerder uitgelaten in de tussenuitspraak en geoordeeld dat het college zich op het standpunt heeft mogen stellen dat sprake is van een goede ruimtelijke ordening. De rechtbank ziet geen aanleiding om tot een ander oordeel te komen, waarbij de rechtbank ook verwijst naar de onder 1. aangehaalde rechtspraak van de Afdeling.
6. De rechtbank is verder van oordeel dat het college met het herstelbesluit de in de tussenuitspraak geconstateerde gebreken heeft hersteld, nu naar het juiste kadastrale perceel is verwezen en expliciet is opgenomen dat ook van het bestemmingsplan wordt afgeweken, voor zover het gaat om de regels met betrekking tot bouwen.
7. Gelet op de in de tussenuitspraak geconstateerde gebreken, is het beroep tegen het besluit van 3 juli 2024 gegrond. De rechtbank vernietigt daarom het bestreden besluit. Omdat het college met het herstelbesluit de gebreken heeft hersteld, laat de rechtbank de rechtsgevolgen van het bestreden besluit in stand. Voor zover het beroep zich richt tegen het herstelbesluit, is het beroep ongegrond.
8. Omdat de rechtbank het beroep gegrond verklaart, moet het college aan eisers het door hen betaalde griffierecht vergoeden.
9. Omdat het beroep gegrond is, krijgen eisers een vergoeding voor de proceskosten die zij hebben gemaakt. Het college moet die vergoeding betalen. De vergoeding wordt met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht als volgt berekend. De bijstand door een gemachtigde levert 2,5 punten op (1 punt voor het indienen van het beroepschrift, 1 punt voor het verschijnen op de zitting en 0,5 punt voor het indienen van een schriftelijke zienswijze na een bestuurlijke lus met een waarde per punt van € 907,-), bij een wegingsfactor 1. Toegekend wordt € 2.267,50.