Overwegingen
1. Vergunninghouder exploiteert een varkenshouderij aan de [adres] in Agelo. Op 11 december 2015 heeft verweerder aan haar een vergunning op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 (Nbwet) verleend voor het wijzigen en uitbreiden van de varkenshouderij. In het vervolg van deze uitspraak wordt deze vergunning aangeduid als: de Nbwet-vergunning. In deze vergunning heeft belanghebbende toestemming gekregen voor het houden van 599 kraamzeugen (inclusief biggen tot spenen), 12.520 gespeende biggen,
2.070 guste en dragende zeugen, 5 dekberen (ouder dan 7 maanden), 609 vleesvarkens (opfokberen van circa 25 kg tot 7 maanden, opfokzeugen van circa 25 kg tot eerste dekking), 10 volwassen paarden (ouder dan 3 jaar) en 4 volwassen pony’s (ouder dan 3 jaar). De dieren worden gehouden in meerdere stallen (stal 2, een tussenbouw, stal 3, stal 4, stal 5, stal 6a, stal 6b, stal 7, stal 8, stal 9a en stal 9b).
2. In augustus 2017 is het bedrijf van vergunninghouder getroffen door een brand, waarbij twee stallen (de stallen 6a en 6b) zijn verwoest. Omdat vergunninghouder deze stallen iets anders gesitueerd weer wilde opbouwen, in deze nieuwe stallen biologische gecombineerde luchtwassers (type BWL.2009.12.V4) in plaats van chemische luchtwassers wilde plaatsen en een wijziging in de dieraantallen binnen haar bedrijf wilde doorvoeren, heeft zij daarvoor op 20 februari 2018 bij verweerder een Wnb-vergunning aangevraagd. Vervolgens heeft de besluitvorming plaatsgevonden zoals vermeld onder ‘Procesverloop’. Naar aanleiding van de uitspraak van deze rechtbank van 8 augustus 2019 heeft vergunninghouder haar aanvraag van 20 februari 2018 gewijzigd en meerdere keren met nadere gegevens aangevuld.
3. De in de Nbwet-vergunning genoemde stallen 7, 8, 9a en 9b zijn nooit gerealiseerd. Ook is vergunninghouder nooit met de bouw van die stallen begonnen. De nieuwe stallen 6a en 6b, waarvoor in het bestreden besluit vergunning is verleend, heeft vergunninghouder inmiddels gerealiseerd.
4. In het bestreden besluit heeft vergunninghouder toestemming gekregen voor het houden van 5.208 gespeende biggen, 307 kraamzeugen (inclusief biggen tot spenen),
3 dekberen, 1.104 guste en dragende zeugen, 134 vleesvarkens, 2 volwassen paarden (3 jaar en ouder) en 1 paard in opfok (jonger dan 3 jaar). De dieren worden gehouden in meerdere stallen (stal 2 voor, stal 2 achter, stal 2a, stal 3, stal 4, stal 5, stal 6a (nieuw) en stal 6b (nieuw).
5. In het bestreden besluit heeft verweerder geconcludeerd dat de door vergunninghouder gevraagde vergunning kan worden verleend, omdat deze vergunning ten opzichte van de Nbwet-vergunning geen verslechtering van de kwaliteit van Natura 2000-gebieden oplevert. Volgens verweerder blijkt namelijk uit de depositieberekening met AERIUS Calculator van 7 februari 2020 dat de stikstofdepositie in de aangevraagde situatie gelijk of lager is dan de stikstofdepositie die optreedt als gevolg van de Nbwet-vergunning. Daarom kan de gevraagde Wnb-vergunning worden verleend zonder dat een passende beoordeling nodig is, aldus verweerder in het bestreden besluit.
Nieuw standpunt verweerder en vergunninghouder
6. Verweerder en vergunninghouder hebben zich in beroep, onder verwijzing naar de uitspraken van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (hierna: de Afdeling) van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71, en 27 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:175, op het standpunt gesteld dat vergunninghouder sinds 1 januari 2020 voor de aangevraagde bedrijfsvoering geen Wnb-vergunning meer nodig heeft, omdat de aangevraagde wijziging van de varkenshouderij volgens hen geen significante gevolgen voor een Natura 2000-gebied kan hebben. Omdat sinds 1 januari 2020 voor de aangevraagde bedrijfssituatie geen Wnb-vergunning meer is vereist, zijn verweerder en vergunninghouder van mening dat de gevraagde vergunning had moeten worden geweigerd. Ontvankelijkheid van het beroep
7. De rechtbank stelt allereerst vast dat verweerder op 6 december 2019 het ontwerpbesluit tot verlening van de gevraagde vergunning heeft gepubliceerd, waarna dit zes weken ter inzage heeft gelegen. Eisers hebben tegen het ontwerpbesluit geen zienswijze ingediend.
De rechtbank ziet in de uitspraak van de Afdeling van 14 april 2021, ECLI:NL:RVS: 2021:786, aanleiding om het beroep ontvankelijk te achten. In die uitspraak oordeelde de Afdeling naar aanleiding van het arrest van het Hof van Justitie van de Europese Unie van
14 januari 2021, ECLI:EU:C:2021:7, dat, totdat hierover een wetswijziging heeft plaatsgevonden, in omgevingsrechtelijke zaken waarin de uitgebreide openbare voorbereidingsprocedure is toegepast artikel 6:13 van de Algemene wet bestuursrecht (Awb) niet aan belanghebbenden zal worden tegengeworpen (rechtsoverweging 4.8).
Beoordeling van het beroep
8. Artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb, zoals dit sinds 1 januari 2020 luidt, bepaalt dat het verboden is om zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied.
9. In de hiervoor genoemde uitspraak van 20 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:71, overweegt de Afdeling dat het vaste rechtspraak is dat voor de vraag of de wijziging of uitbreiding van een bestaand project significante gevolgen kan hebben, een vergelijking wordt gemaakt van de gevolgen van het bestaande project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging of uitbreiding. Indien aanwezig, wordt de referentiesituatie ontleend aan de geldende natuurvergunning. Als de wijziging of uitbreiding van een project niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie (= intern salderen), dan is volgens de rechtspraak van de Afdeling op grond van objectieve gegevens uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen heeft. Zie rechtsoverweging 17.2 van die uitspraak. Verder concludeert de Afdeling in die uitspraak dat, als de rechtspraak van de Afdeling over intern salderen wordt bezien in het licht van de op 1 januari 2020 gewijzigde vergunningplicht, moet worden vastgesteld dat projecten die met intern salderen niet tot een toename van stikstofdepositie leiden niet langer vergunningplichtig zijn. Zie rechtsoverweging 17.3 van de uitspraak.
Uit de hiervoor genoemde uitspraak van 27 januari 2021, ECLI:NL:RVS:2021:175, blijkt dat bij het bepalen van de referentiesituatie moet worden uitgegaan van de vergunde situatie en niet van de feitelijke. 10. Eisers hebben aangevoerd dat met de Nbwet-vergunning vergunning is verleend voor een ammoniakemissie van 3.265 kg per jaar. Volgens eisers wordt deze emissie ten onrechte als uitgangspunt voor de referentiesituatie genomen, omdat de Nbwet-vergunning nooit volledig is gerealiseerd en voor enkele stallen uit die vergunning (stal 7, 8, 9a en 9b) ook nooit de noodzakelijke vergunning op grond van de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo) is verleend. Volgens eisers is dan ook niet gebleken dat wordt voldaan aan alle voorwaarden van de Beleidsregel Natuur Overijssel 2017 (hierna: de Beleidsregel).
11. In het bestreden besluit heeft verweerder de situatie zoals vergund in de Nbwet-vergunning als referentiesituatie gehanteerd. Daarbij heeft verweerder betrokken dat in artikel 2.2.5, vijfde lid, van de Beleidsregel, zoals dit luidde ten tijde van het bestreden besluit, is bepaald dat, kort gezegd, alleen gebruik mag worden gemaakt van de in de toestemming opgenomen stikstofemissie in de referentiesituatie, voor zover de capaciteit aantoonbaar feitelijk is gerealiseerd. Artikel 2.2.5, zesde lid, van de Beleidsregel, zoals dit luidde ten tijde van het bestreden besluit, bepaalt dat verweerder bij de beoordeling van de feitelijk gerealiseerde capaciteit, bedoeld in het vijfde lid, uitgaat van de op het moment van indienen van de aanvraag op grond van een toestemming volledig opgerichte installaties en gebouwen, of gerealiseerde infrastructuur en overige voorzieningen die noodzakelijk zijn voor het uitvoeren van de activiteit. Artikel 2.2.5, achtste lid, aanhef en onder a, van de Beleidsregel, zoals dit luidde ten tijde van het bestreden besluit, bepaalt dat verweerder, in afwijking van het vijfde lid, de referentiesituatie als uitgangspunt kan hanteren indien op het moment van inwerkingtreding van dit artikel het project nog niet volledig is gerealiseerd, maar wel aantoonbaar stappen zijn gezet met het oog op volledige realisatie.
12. In het bestreden besluit heeft verweerder geconcludeerd dat de uitzonderingsbepaling uit artikel 2.2.5, achtste lid, aanhef en onder a, van de Beleidsregel in dit geval van toepassing is, omdat de fundering en keldervloeren van de beoogde nieuwbouw al in 2019 zijn gerealiseerd. Uit het verweerschrift en het verhandelde ter zitting blijkt dat verweerder zich hiermee in het bestreden besluit op het standpunt heeft gesteld dat de volledige vergunde situatie uit de Nbwet-vergunning, dus inclusief de nooit gerealiseerde stallen 7, 8, 9a en 9b, als referentiesituatie geldt, omdat de fundering en keldervloeren van de nieuwe stallen 6a en 6b al in 2019 waren gerealiseerd.
13. De rechtbank is van oordeel dat verweerder in het bestreden besluit ten onrechte heeft geconcludeerd dat op grond van de Beleidsregel de stikstofemissie als gevolg van de stallen 7, 8, 9a en 9b mag worden meegenomen in de referentiesituatie. Gesteld noch gebleken is dat op het moment van inwerkingtreding van artikel 2.2.5 van de Beleidsregel stappen waren gezet met het oog op volledige realisatie van deze stallen, zodat ten tijde van het bestreden besluit geen sprake was van een situatie als bedoeld in artikel 2.2.5, achtste lid, aanhef en onder a, van de Beleidsregel. Dat de fundering en keldervloeren van de nieuwe stallen 6a en 6b ten tijde van de inwerkingtreding van artikel 2.2.5 van de Beleidsregel al wel waren gerealiseerd, maakt dit niet anders. De Nbwet-vergunning heeft geen betrekking op deze nieuwe stallen 6a en 6b en die zijn daarom geen onderdeel van de referentiesituatie, zoals die wordt ontleend aan die vergunning. Dat in 2019 een begin is gemaakt met de bouw van de nieuwe stallen 6a en 6b betekent gelet hierop niet dat stappen zijn gezet met het oog op volledige realisatie van het met de Nbwet-vergunning vergunde project.
14. De rechtbank is echter eveneens van oordeel dat verweerder de bepalingen uit de Beleidsregel over intern salderen in het bestreden besluit niet heeft mogen toepassen, als gevolg van de wijziging van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb per 1 januari 2020 en de wijze waarop dat artikel blijkens de hiervoor genoemde uitspraken ECLI:NL:RVS:2021:71 en ECLI:NL:RVS:2021:175 moet worden uitgelegd. Vergunninghouder heeft namelijk een wijziging van haar varkenshouderij aangevraagd en sinds 1 januari 2020 is daarvoor geen vergunning op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb nodig, indien de aangevraagde wijziging geen significante gevolgen voor een Natura 2000-gebied kan hebben. Uit de genoemde uitspraken van de Afdeling volgt dat moet worden aangenomen dat, als de aangevraagde wijziging niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie, op grond van objectieve gegevens is uitgesloten dat die wijziging significante gevolgen heeft. De referentiesituatie wordt ontleend aan de geldende natuurvergunning, in dit geval de Nbwet-vergunning. Daarbij moet van de vergunde en niet van de feitelijk gerealiseerde situatie worden uitgegaan. 15. Uit het voorgaande volgt dat de rechtbank van oordeel is dat verweerder, zij het op onjuiste gronden, terecht de volledige Nbwet-vergunning als referentiesituatie heeft gehanteerd. Overigens heeft verweerder ook zelf al onderkend dat hij de bepalingen uit de Beleidsregel over intern salderen niet meer mag toepassen. Per 27 april 2021 heeft verweerder daarom de Beleidsregel hierop aangepast.
16. De rechtbank dient vervolgens de vraag te beantwoorden of verweerder op goede gronden heeft geconcludeerd dat de aangevraagde wijziging van de varkenshouderij niet leidt tot een toename van stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie.
17. Eisers hebben aangevoerd dat verweerder de aanvraag niet-ontvankelijk had moeten verklaren dan wel niet in behandeling had moeten nemen, omdat deze onvoldoende gegevens bevat om een zorgvuldige beoordeling van de stikstofdepositie te kunnen maken. In dit verband hebben eisers allereerst gesteld dat de aanvraag ten onrechte geen informatie bevat over (het eiwitgehalte van) het veevoer dat binnen het bedrijf wordt gebruikt. Hierdoor kan niet de emissie per dierplaats worden vastgesteld. Ter onderbouwing hiervan hebben eisers verwezen naar de categorieën D1.2 en D1.3 van bijlage 2 van de Regeling ammoniak en veehouderij (Rav). Daarnaast hebben zij aangevoerd dat in de AERIUS-berekening de transportemissies zijn beperkt tot de emissies van voertuigbewegingen tot enkele honderden meters van en naar de bedrijfslocatie. Hiermee is volgens eisers geen representatieve weergave gemaakt van de stikstofemissies als gevolg van de bedrijfstransporten en zijn deze emissies onderschat.
18. De rechtbank overweegt dat in artikel 2, eerste lid, van de Rav is bepaald dat voor de berekening van de ammoniakemissie van een veehouderij de emissiefactoren worden toegepast die zijn opgenomen in bijlage 1 bij deze regeling. Het tweede lid van dit artikel, zoals dit luidde ten tijde van het bestreden besluit, bepaalt dat, indien in een huisvestingssysteem een voer- of managementregel zoals opgenomen in bijlage 2 bij deze regeling wordt toegepast, de emissiefactor wordt verlaagd met het bij die maatregel vermelde reductiepercentage.
19. In dit geval zijn de ammoniakemissies van de veehouderij van vergunninghouder berekend zonder toepassing van één of meerdere van de reductiepercentages uit hoofdcategorie D van bijlage 2 bij de Rav. Toepassing van één of meerdere reductiepercentages uit deze hoofdcategorie vanwege het veevoer dat binnen het bedrijf van vergunninghouder wordt gebruikt kan, gelet op de in de Rav gehanteerde systematiek, alleen leiden tot een lagere ammoniakemissie dan de emissie waarvan verweerder nu in het bestreden besluit is uitgegaan. De rechtbank ziet daarom niet in hoe deze beroepsgrond van eisers kan leiden tot het oordeel dat verweerder in het bestreden besluit van een te lage ammoniakemissie is uitgegaan, doordat niet bekend is welk veevoer binnen het bedrijf van vergunninghouder wordt gebruikt.
20. Verder blijkt uit de AERIUS-berekening van 7 februari 2020 dat de bedrijfstransporten van de aangevraagde bedrijfssituatie in de beoordeling zijn meegenomen. Vergunninghouder heeft ter zitting onder verwijzing naar rechtsoverweging 15.14 van de uitspraak van de Afdeling van 19 mei 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1054, verklaard dat zij de bedrijfstransporten conform het geldende model in AERIUS Calculator heeft ingevoerd en dat de AERIUS-berekening op dit punt daarom kan worden gevolgd. De rechtbank volgt vergunninghouder hierin. De rechtbank ziet in wat eisers op dit punt hebben aangevoerd geen aanleiding voor het oordeel dat de stikstofemissies als gevolg van de bedrijfstransporten in het bestreden besluit zijn onderschat. 21. Eisers hebben in beroep ook aangevoerd dat bij de beoordeling van de vergunningaanvraag ten onrechte niet de stikstofemissies zijn betrokken die optreden door het bouwen van de stallen en de mestopslag. Ter zitting hebben zij verklaard deze beroepsgronden te laten vallen.