De veehouderij aan een adres nabij meerdere Natura 2000-gebieden diende een natuurvergunning aan voor het houden van jongvee en vleesvarkens, inclusief een emissiearm stalsysteem. Verweerder verleende de vergunning op basis van een Aerius-berekening die stelde dat de stikstofdepositie niet zou toenemen ten opzichte van de referentiesituatie.
Eisers voerden aan dat de referentiesituatie onjuist was vastgesteld omdat verweerder ten onrechte ook milieuvergunde situaties van andere veehouderijen meenam die pas na de referentiedatum waren overgenomen. Ook was het onjuist om zonder meer uit te gaan van de Rav-emissiefactoren voor het emissiearme stalsysteem vanwege wetenschappelijke onzekerheden.
De rechtbank oordeelde dat verweerder niet van de juiste referentiesituatie was uitgegaan en dat niet kon worden uitgesloten dat het project significante gevolgen zou hebben voor Natura 2000-gebieden. De vergunning is daarom onrechtmatig verleend zonder passende beoordeling. Het beroep is gegrond verklaard, het besluit vernietigd en verweerder opgedragen een nieuw besluit te nemen.